More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3006 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3006  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
232 aa  457  9.999999999999999e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1512  ribulose-phosphate 3-epimerase  86.4 
 
 
236 aa  382  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.659208  normal  0.0217297 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1430  ribulose-phosphate 3-epimerase  86.05 
 
 
236 aa  374  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0377706 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2864  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  86.51 
 
 
236 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3710  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  80.09 
 
 
226 aa  370  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0845805 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  77.78 
 
 
226 aa  361  6e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0454  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  78.51 
 
 
243 aa  356  1.9999999999999998e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0801863 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2572  ribulose-phosphate 3-epimerase  80.18 
 
 
244 aa  354  5.999999999999999e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.712481  normal  0.356706 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.73 
 
 
225 aa  279  3e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.02 
 
 
225 aa  269  2e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2620  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.53 
 
 
233 aa  270  2e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0954  Ribulose-phosphate 3-epimerase  61.26 
 
 
227 aa  269  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.516916  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.02 
 
 
225 aa  269  2.9999999999999997e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1489  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.16 
 
 
226 aa  268  5e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0453865 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1739  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.95 
 
 
227 aa  268  7e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5429  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.95 
 
 
227 aa  263  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2218  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.83 
 
 
233 aa  261  8e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2419  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.17 
 
 
225 aa  260  1e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.176106  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0991  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.16 
 
 
234 aa  257  1e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.459485 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0827  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.32 
 
 
225 aa  255  5e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1024  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.01 
 
 
225 aa  254  5e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2125  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.21 
 
 
225 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00642843 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4340  Ribulose-phosphate 3-epimerase  58.08 
 
 
232 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  60.65 
 
 
219 aa  251  5.000000000000001e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1918  Ribulose-phosphate 3-epimerase  57.66 
 
 
225 aa  251  6e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.301545  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3689  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.41 
 
 
232 aa  249  2e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3927  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.18 
 
 
228 aa  249  3e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1941  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  57.27 
 
 
220 aa  248  4e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1771  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.17 
 
 
232 aa  248  7e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.617739 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4780  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.11 
 
 
221 aa  247  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.833549 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0005  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  58.41 
 
 
223 aa  246  2e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.591326  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1198  Ribulose-phosphate 3-epimerase  67.68 
 
 
227 aa  241  5e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00622607 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1614  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.18 
 
 
231 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.987779  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2925  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  61.57 
 
 
219 aa  241  9e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3128  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.11 
 
 
223 aa  240  1e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3557  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.01 
 
 
228 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1322  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.09 
 
 
220 aa  238  5.999999999999999e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.307834  hitchhiker  0.00000000745159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5332  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  60.29 
 
 
233 aa  237  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.137752  normal  0.671613 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0856  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.22 
 
 
230 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0271981  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0932  Ribulose-phosphate 3-epimerase  60.48 
 
 
227 aa  231  6e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.327749  normal  0.83421 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0022  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.41 
 
 
223 aa  229  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  56.78 
 
 
224 aa  229  2e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.36 
 
 
231 aa  226  3e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.29 
 
 
218 aa  225  5.0000000000000005e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  57 
 
 
214 aa  223  2e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.26 
 
 
224 aa  223  2e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.5 
 
 
214 aa  222  3e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.5 
 
 
214 aa  222  3e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.5 
 
 
214 aa  222  3e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.5 
 
 
214 aa  222  3e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.5 
 
 
214 aa  222  3e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.5 
 
 
214 aa  222  3e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.5 
 
 
214 aa  222  3e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2402  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  53.07 
 
 
228 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.5 
 
 
214 aa  221  7e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0626  Ribulose-phosphate 3-epimerase  54.13 
 
 
225 aa  220  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  56 
 
 
214 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.5 
 
 
214 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.36 
 
 
221 aa  219  3e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.5 
 
 
218 aa  219  3e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.28 
 
 
219 aa  217  1e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0924  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.8 
 
 
231 aa  217  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4082  Ribulose-phosphate 3-epimerase  55.51 
 
 
224 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349999  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4115  Ribulose-phosphate 3-epimerase  55.51 
 
 
224 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0155127  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2472  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50.67 
 
 
232 aa  215  4e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.78 
 
 
230 aa  214  8e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0287  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.02 
 
 
232 aa  214  9.999999999999999e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2371  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.55 
 
 
227 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.58 
 
 
220 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  51.58 
 
 
220 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.45 
 
 
235 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  50.88 
 
 
224 aa  212  4.9999999999999996e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.94 
 
 
222 aa  211  9e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2696  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.94 
 
 
227 aa  210  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2907  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.11 
 
 
243 aa  210  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.88 
 
 
216 aa  211  1e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3494  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.96 
 
 
238 aa  210  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00334689  hitchhiker  0.000085645 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  52.26 
 
 
220 aa  209  2e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3483  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50.23 
 
 
233 aa  210  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.237875  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.18 
 
 
235 aa  210  2e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1981  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.98 
 
 
236 aa  210  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.564168  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0494  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.66 
 
 
232 aa  209  3e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0463  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.45 
 
 
227 aa  209  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1327  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.54 
 
 
217 aa  208  5e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.95 
 
 
236 aa  208  7e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3573  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.37 
 
 
243 aa  207  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.715981  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1908  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.92 
 
 
231 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3581  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.92 
 
 
228 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0535  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.92 
 
 
231 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.353597  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3554  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.92 
 
 
228 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.442927  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0938  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.92 
 
 
231 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0642  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.92 
 
 
231 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.07 
 
 
234 aa  206  2e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2230  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  52.04 
 
 
227 aa  207  2e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.375841  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2446  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  51.71 
 
 
239 aa  206  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.87044 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.07 
 
 
234 aa  206  2e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2492  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.68 
 
 
223 aa  205  4e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2051  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.43 
 
 
224 aa  206  4e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.623176  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1432  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.99 
 
 
220 aa  205  4e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0307  Ribulose-phosphate 3-epimerase  49.32 
 
 
223 aa  205  5e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>