More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0491 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0396  3-dehydroquinate synthase  90.6 
 
 		 383 aa  672    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0491  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 383 aa  760    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0533  3-dehydroquinate synthase  78.95 
 
 		 382 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.630888 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7572  3-dehydroquinate synthase  78.31 
 
 		 382 aa  600  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0504  3-dehydroquinate synthase  76.12 
 
 		 381 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0293  3-dehydroquinate synthase  78.48 
 
 		 382 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0536  3-dehydroquinate synthase  77.43 
 
 		 382 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  64.38 
 
 		 594 aa  437  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3595  3-dehydroquinate synthase  60.05 
 
 		 376 aa  425  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3065  3-dehydroquinate synthase  61.04 
 
 		 375 aa  424  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497615  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3888  3-dehydroquinate synthase  59.62 
 
 		 376 aa  420  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0114459  decreased coverage  0.00292677 
 
 
-
 
NC_004310  BR2028  3-dehydroquinate synthase  59.42 
 
 		 378 aa  411  1e-114  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1131  3-dehydroquinate synthase  60.43 
 
 		 370 aa  414  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.547485  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2564  3-dehydroquinate synthase  58.31 
 
 		 380 aa  413  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.443147 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1950  3-dehydroquinate synthase  59.42 
 
 		 378 aa  411  1e-114  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1283  3-dehydroquinate synthase  60.27 
 
 		 367 aa  410  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.637861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0910  3-dehydroquinate synthase  58.31 
 
 		 378 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1717  3-dehydroquinate synthase  60.66 
 
 		 372 aa  406  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2169  3-dehydroquinate synthase  59.36 
 
 		 371 aa  404  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4051  3-dehydroquinate synthase  57.49 
 
 		 381 aa  392  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2487  3-dehydroquinate synthase  57.72 
 
 		 370 aa  388  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.0143197 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1608  3-dehydroquinate synthase  57.1 
 
 		 383 aa  385  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.511347 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  60 
 
 		 579 aa  383  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  57.49 
 
 		 615 aa  379  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  60 
 
 		 579 aa  381  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  60 
 
 		 604 aa  381  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1432  3-dehydroquinate synthase  57.18 
 
 		 373 aa  380  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.68619  normal  0.103295 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  55.86 
 
 		 593 aa  372  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1478  3-dehydroquinate synthase  56.45 
 
 		 370 aa  373  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.389848  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2818  3-dehydroquinate synthase  56.18 
 
 		 370 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1528  3-dehydroquinate synthase  55.65 
 
 		 370 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0261057  normal  0.35523 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0680  3-dehydroquinate synthase  58.79 
 
 		 379 aa  364  2e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.311145 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0037  3-dehydroquinate synthase  51.47 
 
 		 377 aa  354  1e-96  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0721  3-dehydroquinate synthase  53.95 
 
 		 369 aa  350  2e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1899  3-dehydroquinate synthase  51.49 
 
 		 369 aa  350  2e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1800  3-dehydroquinate synthase  54.7 
 
 		 368 aa  349  6e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3741  3-dehydroquinate synthase  53.48 
 
 		 385 aa  342  9e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0007  3-dehydroquinate synthase  52.45 
 
 		 369 aa  335  7.999999999999999e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  49.32 
 
 		 591 aa  313  2.9999999999999996e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  48.08 
 
 		 366 aa  311  2e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  49.17 
 
 		 361 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  47.14 
 
 		 359 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  47.4 
 
 		 361 aa  305  7e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0548  3-dehydroquinate synthase  50.14 
 
 		 367 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0216  3-dehydroquinate synthase  50.28 
 
 		 364 aa  302  6.000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.411301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  49.46 
 
 		 552 aa  299  5e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  48.07 
 
 		 364 aa  296  3e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1114  3-dehydroquinate synthase  44.08 
 
 		 362 aa  296  3e-79  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0407056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  48.07 
 
 		 364 aa  296  3e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0331  3-dehydroquinate synthase  49.59 
 
 		 359 aa  296  4e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274632  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5128  3-dehydroquinate synthase  49.72 
 
 		 376 aa  296  6e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2274  3-dehydroquinate synthase  47.31 
 
 		 367 aa  295  7e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.492898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  49.72 
 
 		 365 aa  295  8e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  49.72 
 
 		 365 aa  295  9e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3107  3-dehydroquinate synthase  46.05 
 
 		 370 aa  295  9e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  50 
 
 		 364 aa  295  1e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  49.01 
 
 		 367 aa  294  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0388  3-dehydroquinate synthase  48.59 
 
 		 365 aa  292  6e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2319  3-dehydroquinate synthase  47.31 
 
 		 369 aa  291  2e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.245464  normal  0.624104 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2136  3-dehydroquinate synthase  46.09 
 
 		 358 aa  290  3e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5775  3-dehydroquinate synthase  47.95 
 
 		 368 aa  290  4e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  47.77 
 
 		 368 aa  290  4e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0832  3-dehydroquinate synthase  45.68 
 
 		 365 aa  290  4e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.162832  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  47.2 
 
 		 374 aa  289  5.0000000000000004e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2167  3-dehydroquinate synthase  43.54 
 
 		 369 aa  288  8e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.563786  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0411  3-dehydroquinate synthase  49.3 
 
 		 366 aa  287  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0359503  normal  0.217295 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  42.74 
 
 		 358 aa  287  2e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1877  3-dehydroquinate synthase  42.6 
 
 		 388 aa  286  4e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.384735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3037  3-dehydroquinate synthase  49.2 
 
 		 370 aa  286  5e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2279  3-dehydroquinate synthase  44.36 
 
 		 373 aa  286  5.999999999999999e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  45.35 
 
 		 359 aa  285  7e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1146  3-dehydroquinate synthase  46.15 
 
 		 370 aa  285  7e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0401  3-dehydroquinate synthase  45.38 
 
 		 366 aa  284  1.0000000000000001e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294823 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66600  3-dehydroquinate synthase  46.83 
 
 		 368 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2257  3-dehydroquinate synthase  49.18 
 
 		 354 aa  283  4.0000000000000003e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3266  3-dehydroquinate synthase  44.95 
 
 		 368 aa  282  6.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.966202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0840  3-dehydroquinate synthase  49.03 
 
 		 360 aa  282  7.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0409  3-dehydroquinate synthase  48.19 
 
 		 367 aa  282  9e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0665  3-dehydroquinate synthase  43.41 
 
 		 355 aa  282  9e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000291417  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  44.95 
 
 		 368 aa  280  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3247  3-dehydroquinate synthase  46.37 
 
 		 368 aa  281  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1021  3-dehydroquinate synthase  42.35 
 
 		 359 aa  281  2e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2027  3-dehydroquinate synthase  47.41 
 
 		 359 aa  281  2e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3400  3-dehydroquinate synthase  45.3 
 
 		 373 aa  280  3e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5179  3-dehydroquinate synthase  42.62 
 
 		 364 aa  280  4e-74  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.981519  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0085  3-dehydroquinate synthase  43.38 
 
 		 361 aa  279  6e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165571 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0341  3-dehydroquinate synthase  43.25 
 
 		 358 aa  279  7e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5301  3-dehydroquinate synthase  40.38 
 
 		 367 aa  278  1e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0253  3-dehydroquinate synthase  46.85 
 
 		 359 aa  277  2e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45240  3-dehydroquinate synthase  49.58 
 
 		 367 aa  277  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5008  3-dehydroquinate synthase  42.93 
 
 		 363 aa  278  2e-73  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20809  3-dehydroquinate synthase  42.67 
 
 		 431 aa  277  2e-73  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4116  3-dehydroquinate synthase  45.2 
 
 		 368 aa  276  3e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102611 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5574  3-dehydroquinate synthase  45.75 
 
 		 372 aa  276  3e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.751857  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  45.76 
 
 		 368 aa  276  5e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1003  3-dehydroquinate synthase  46.32 
 
 		 376 aa  276  6e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3893  3-dehydroquinate synthase  43.41 
 
 		 359 aa  275  7e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000115633  normal  0.386529 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0287  3-dehydroquinate synthase  42.31 
 
 		 359 aa  275  8e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4112  3-dehydroquinate synthase  44.08 
 
 		 358 aa  275  8e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000335612  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2685  3-dehydroquinate synthase  44.26 
 
 		 362 aa  275  1.0000000000000001e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0391774 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>