More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene NSE_0146 on replicon NC_007798
Organism: Neorickettsia sennetsu str. Miyayama



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007798  NSE_0146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  100 
 
 
330 aa  679    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.814185  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0138  putative RNA pseudouridylate synthase, truncation  94.78 
 
 
119 aa  230  3e-59  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.09 
 
 
343 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  41.47 
 
 
331 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.19 
 
 
321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.3 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  39.58 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  40.74 
 
 
318 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  39.35 
 
 
332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  41.9 
 
 
305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.45 
 
 
343 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.1 
 
 
332 aa  179  4.999999999999999e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  37.86 
 
 
304 aa  179  5.999999999999999e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  38.37 
 
 
343 aa  178  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  40.69 
 
 
305 aa  178  1e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.31 
 
 
325 aa  177  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3143  23S rRNA pseudouridine synthase D  39.67 
 
 
325 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  38.73 
 
 
346 aa  177  2e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0175  pseudouridine synthase, RluA family  38.34 
 
 
318 aa  177  2e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.31 
 
 
325 aa  177  2e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.93 
 
 
313 aa  177  2e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.1 
 
 
312 aa  177  3e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  40.19 
 
 
341 aa  176  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  38.19 
 
 
318 aa  176  6e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  38 
 
 
306 aa  175  9e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  38.38 
 
 
305 aa  174  9.999999999999999e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  40.39 
 
 
309 aa  175  9.999999999999999e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  39.6 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  38.11 
 
 
322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  35.98 
 
 
344 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  38 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  41.22 
 
 
315 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1136  23S rRNA pseudouridine synthase D  39.26 
 
 
325 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.339776  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.59 
 
 
318 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  40.56 
 
 
313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3214  23S rRNA pseudouridine synthase D  42.91 
 
 
327 aa  173  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000301584  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1002  pseudouridine synthase, RluA family  41.9 
 
 
325 aa  172  5.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.550845  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  40.6 
 
 
327 aa  172  6.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.16 
 
 
301 aa  171  1e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  38.71 
 
 
302 aa  171  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  38.38 
 
 
323 aa  171  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.21 
 
 
318 aa  171  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  40 
 
 
318 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  38.38 
 
 
323 aa  170  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  40 
 
 
318 aa  170  3e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  38.14 
 
 
436 aa  169  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.54 
 
 
323 aa  170  4e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  37.82 
 
 
306 aa  169  4e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40 
 
 
296 aa  169  5e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3074  23S rRNA pseudouridine synthase D  38.36 
 
 
326 aa  169  5e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.273549  normal  0.0295932 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  36.81 
 
 
327 aa  169  5e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  39.18 
 
 
341 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.18 
 
 
305 aa  169  6e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  37.38 
 
 
326 aa  169  7e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1127  pseudouridine synthase, RluD  36.99 
 
 
396 aa  169  8e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  37.9 
 
 
328 aa  168  9e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0884  23S rRNA pseudouridine synthase D  41.34 
 
 
325 aa  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0692792  normal  0.0818759 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  38.38 
 
 
323 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  36.77 
 
 
320 aa  168  1e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  38.06 
 
 
302 aa  168  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  37.65 
 
 
377 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  40.71 
 
 
325 aa  168  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  38.08 
 
 
482 aa  168  1e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.11 
 
 
306 aa  168  1e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  39.13 
 
 
319 aa  168  1e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.06 
 
 
302 aa  168  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.3 
 
 
335 aa  168  1e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.2 
 
 
296 aa  168  1e-40  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.81 
 
 
303 aa  168  1e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  38.41 
 
 
320 aa  167  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.06 
 
 
302 aa  167  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  40 
 
 
311 aa  167  2e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  38.06 
 
 
302 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.06 
 
 
302 aa  167  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  36.86 
 
 
329 aa  167  2e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.06 
 
 
302 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  37.07 
 
 
326 aa  167  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.42 
 
 
316 aa  167  2e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.06 
 
 
304 aa  167  2e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  39 
 
 
304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.33 
 
 
323 aa  167  2.9999999999999998e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  36.76 
 
 
326 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  36.76 
 
 
326 aa  166  4e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  38.78 
 
 
370 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.76 
 
 
326 aa  166  4e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000325368  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  37.07 
 
 
326 aa  166  4e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000664381  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  36.76 
 
 
326 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.76 
 
 
326 aa  166  4e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  0.000000284548 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.16 
 
 
325 aa  166  5e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.22 
 
 
403 aa  166  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  38 
 
 
370 aa  166  5e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2858  23S rRNA pseudouridine synthase D  37 
 
 
326 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0524542 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2991  23S rRNA pseudouridine synthase D  37 
 
 
326 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2774  23S rRNA pseudouridine synthase D  37 
 
 
326 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00023272  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2879  23S rRNA pseudouridine synthase D  37 
 
 
326 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.206538 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.54 
 
 
344 aa  166  5.9999999999999996e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  36.16 
 
 
376 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.76 
 
 
326 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2877  23S rRNA pseudouridine synthase D  37 
 
 
326 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.673786 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  37.16 
 
 
325 aa  166  6.9999999999999995e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>