More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3316 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
171 aa  340  4e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.04 
 
 
171 aa  107  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  37.18 
 
 
194 aa  86.7  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  39.6 
 
 
173 aa  85.5  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  35.8 
 
 
168 aa  85.5  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  32.7 
 
 
158 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.74 
 
 
234 aa  82.8  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  34.39 
 
 
188 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.95 
 
 
195 aa  81.6  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.1 
 
 
187 aa  80.1  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  34.19 
 
 
166 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.8 
 
 
171 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.94 
 
 
165 aa  77.4  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.64 
 
 
181 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.9 
 
 
170 aa  77  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.78 
 
 
181 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.91 
 
 
165 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.57 
 
 
171 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  30.07 
 
 
173 aa  75.1  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.07 
 
 
173 aa  75.1  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  30.07 
 
 
173 aa  75.1  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  30.07 
 
 
173 aa  75.1  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  32.39 
 
 
160 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  30.07 
 
 
173 aa  75.1  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  33.55 
 
 
166 aa  75.1  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.35 
 
 
165 aa  75.1  0.0000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  35.71 
 
 
166 aa  74.7  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.21 
 
 
169 aa  74.7  0.0000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.27 
 
 
167 aa  74.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  33.12 
 
 
159 aa  74.3  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.55 
 
 
191 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.55 
 
 
194 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  36.03 
 
 
175 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.74 
 
 
162 aa  73.2  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.06 
 
 
171 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  34.21 
 
 
166 aa  73.2  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  31.82 
 
 
166 aa  72.8  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.97 
 
 
175 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.48 
 
 
182 aa  71.6  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0642  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.48 
 
 
197 aa  71.2  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0843129 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.42 
 
 
191 aa  71.2  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  33.77 
 
 
174 aa  71.2  0.000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  33.76 
 
 
172 aa  70.9  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.65 
 
 
168 aa  70.9  0.000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.4 
 
 
171 aa  70.9  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2979  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.25 
 
 
170 aa  70.9  0.000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834183  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.72 
 
 
173 aa  70.1  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.87 
 
 
171 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.15 
 
 
175 aa  69.7  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  35.33 
 
 
172 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  32.34 
 
 
170 aa  69.3  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  30 
 
 
179 aa  68.9  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  30.2 
 
 
158 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  33.12 
 
 
172 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3577  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.84 
 
 
170 aa  68.6  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  33.55 
 
 
172 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.72 
 
 
173 aa  68.9  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.72 
 
 
165 aa  68.2  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46660  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  33.97 
 
 
246 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00128883  hitchhiker  0.00000365459 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.72 
 
 
161 aa  68.2  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2251  RNA polymerase sigma-70 factor  29.63 
 
 
193 aa  68.2  0.00000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4021  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30.97 
 
 
174 aa  67.8  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.09 
 
 
173 aa  68.2  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  36.81 
 
 
172 aa  67.8  0.00000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.41 
 
 
260 aa  67.8  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  31.45 
 
 
158 aa  67.8  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2301  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.87 
 
 
174 aa  67.4  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.288382  normal  0.197557 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0048  transcriptional regulator, LuxR family  34.38 
 
 
184 aa  67.4  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.426983  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2194  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.19 
 
 
170 aa  67.4  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.54 
 
 
171 aa  67.4  0.00000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  34.71 
 
 
172 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  33.13 
 
 
172 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  39.42 
 
 
193 aa  67.4  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  31.87 
 
 
374 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0700  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.8 
 
 
201 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00161913  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.87 
 
 
171 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  28.93 
 
 
172 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  32.48 
 
 
172 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.65 
 
 
169 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  26.67 
 
 
168 aa  66.2  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0443  RNA polymerase sigma-70 factor  30.91 
 
 
182 aa  65.9  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.87 
 
 
374 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30.59 
 
 
166 aa  65.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.48 
 
 
171 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.68 
 
 
184 aa  65.5  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21550  ECF sigma factor, FecI family  33.33 
 
 
175 aa  65.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  32.05 
 
 
214 aa  65.9  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1828  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.26 
 
 
169 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.528128  normal  0.28254 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.68 
 
 
222 aa  65.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4231  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.92 
 
 
168 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4366  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.92 
 
 
168 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.19 
 
 
161 aa  65.5  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4159  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.92 
 
 
168 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  32.68 
 
 
183 aa  65.1  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2337  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.55 
 
 
170 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.76938  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5187  RNA polymerase sigma factor  31.45 
 
 
172 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.879511  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22650  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  28.92 
 
 
174 aa  64.7  0.0000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.308383  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.53 
 
 
168 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  31.61 
 
 
174 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.3 
 
 
190 aa  63.9  0.0000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>