164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1735 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  100 
 
 		 271 aa  547  1e-155  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  62.45 
 
 		 267 aa  344  8e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  60.62 
 
 		 271 aa  326  3e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  58.09 
 
 		 270 aa  325  4.0000000000000003e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  58.46 
 
 		 269 aa  319  3e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  60.77 
 
 		 266 aa  319  3.9999999999999996e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  61.69 
 
 		 262 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  58.18 
 
 		 268 aa  312  2.9999999999999996e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  59.54 
 
 		 267 aa  308  8e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  58.62 
 
 		 270 aa  308  9e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  62.07 
 
 		 262 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  56.06 
 
 		 275 aa  304  8.000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  58.43 
 
 		 264 aa  298  5e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  55.56 
 
 		 270 aa  297  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  57.56 
 
 		 268 aa  296  2e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  54.58 
 
 		 273 aa  290  2e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  43.7 
 
 		 327 aa  222  4.9999999999999996e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  42.59 
 
 		 333 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  42.7 
 
 		 312 aa  218  6e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  41.22 
 
 		 332 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  40.81 
 
 		 331 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  41.76 
 
 		 328 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  41.42 
 
 		 349 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  41.98 
 
 		 321 aa  208  8e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  41.6 
 
 		 278 aa  206  4e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  41.98 
 
 		 283 aa  206  5e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  41.51 
 
 		 310 aa  202  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  39.27 
 
 		 293 aa  201  7e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  39.54 
 
 		 293 aa  199  5e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  40.15 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  37.64 
 
 		 293 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  38.46 
 
 		 294 aa  194  9e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  38.46 
 
 		 291 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  38.46 
 
 		 294 aa  189  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  39.42 
 
 		 285 aa  187  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  38.85 
 
 		 287 aa  187  2e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  36.67 
 
 		 282 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  37.26 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  37.17 
 
 		 281 aa  181  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  36.02 
 
 		 285 aa  179  4e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  37.16 
 
 		 307 aa  177  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  35.19 
 
 		 299 aa  176  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  36.63 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  35.85 
 
 		 284 aa  175  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  37.78 
 
 		 267 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  34.22 
 
 		 284 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  37.17 
 
 		 267 aa  169  6e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  33.57 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  36.64 
 
 		 269 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  35.4 
 
 		 295 aa  162  7e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  37.33 
 
 		 267 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  34.51 
 
 		 285 aa  152  5e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  32.72 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  30.6 
 
 		 287 aa  145  6e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  32.72 
 
 		 274 aa  145  6e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  32.12 
 
 		 333 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  32.45 
 
 		 335 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  33.09 
 
 		 273 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  32.1 
 
 		 335 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  33.09 
 
 		 273 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  31.7 
 
 		 324 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  29.92 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  31.7 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  31.23 
 
 		 339 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  31.23 
 
 		 339 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  31.23 
 
 		 339 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  29.96 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  30.68 
 
 		 347 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  30.43 
 
 		 304 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  30.47 
 
 		 304 aa  128  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  31.99 
 
 		 283 aa  126  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  29.62 
 
 		 273 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  29.35 
 
 		 299 aa  125  7e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  30.89 
 
 		 318 aa  125  8.000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  29.5 
 
 		 282 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  32.44 
 
 		 286 aa  124  1e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  29.96 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  32.12 
 
 		 347 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  30.19 
 
 		 330 aa  123  3e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  31.14 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  29.37 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  28.96 
 
 		 317 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  30.38 
 
 		 301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  28.46 
 
 		 311 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  29.78 
 
 		 295 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  32 
 
 		 273 aa  118  7.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  28.83 
 
 		 347 aa  118  9e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  27.34 
 
 		 341 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  30.71 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  30.8 
 
 		 396 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  29.7 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1728  Ku protein  28.52 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.738787  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  29.56 
 
 		 299 aa  116  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  31.95 
 
 		 286 aa  116  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  27.54 
 
 		 346 aa  117  3e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2524  Ku domain-containing protein  28.47 
 
 		 347 aa  116  3e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000225561 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  29.37 
 
 		 368 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2989  Ku protein  29.37 
 
 		 368 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0677507  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  29.37 
 
 		 367 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0652  Ku protein  29.35 
 
 		 295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>