176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0291 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0291  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 403 aa  804    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.28159 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3284  extracellular ligand-binding receptor  72.12 
 
 		 425 aa  520  1e-146  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0404  extracellular ligand-binding receptor  50.7 
 
 		 403 aa  330  2e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.697779  normal  0.706576 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2940  extracellular ligand-binding receptor  52.49 
 
 		 421 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0422  extracellular ligand-binding receptor  47.87 
 
 		 399 aa  322  9.000000000000001e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0322  extracellular ligand-binding receptor  49.74 
 
 		 400 aa  319  7e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.809903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0472  extracellular ligand-binding receptor  51.6 
 
 		 399 aa  315  6e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0148  extracellular ligand-binding receptor  51.4 
 
 		 403 aa  315  9e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0437  extracellular ligand-binding receptor  51.29 
 
 		 401 aa  315  9e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0602967  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0398  extracellular ligand-binding receptor  47.88 
 
 		 399 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0026  Extracellular ligand-binding receptor  50.67 
 
 		 398 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0023  extracellular ligand-binding receptor  49.62 
 
 		 404 aa  302  6.000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0190  hypothetical protein  50 
 
 		 407 aa  299  8e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.613594  normal  0.386647 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0183  hypothetical protein  47.31 
 
 		 415 aa  294  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0327  extracellular ligand-binding receptor  51.61 
 
 		 399 aa  289  6e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19118  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3584  extracellular ligand-binding receptor  43.27 
 
 		 413 aa  258  1e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4012  hypothetical protein  39.41 
 
 		 402 aa  224  2e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101541  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3012  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  40.17 
 
 		 420 aa  223  4.9999999999999996e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3694  hypothetical protein  40.71 
 
 		 408 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.61828  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0470  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  36.57 
 
 		 391 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.10614 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3957  hypothetical protein  34.17 
 
 		 400 aa  187  3e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2085  extracellular ligand-binding receptor  34.93 
 
 		 356 aa  180  4e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.137371  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0447  extracellular ligand-binding receptor  34.28 
 
 		 394 aa  177  3e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.766827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1812  hypothetical protein  35.71 
 
 		 391 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0459  hypothetical protein  35.71 
 
 		 391 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2832  hypothetical protein  34.69 
 
 		 394 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0190613  normal  0.571034 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0264  extracellular ligand-binding receptor  36.44 
 
 		 378 aa  158  1e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241284  normal  0.379489 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1534  putative lipoprotein-like protein  32.29 
 
 		 402 aa  153  5.9999999999999996e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.75635  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0570  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  34.6 
 
 		 394 aa  150  5e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0898  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  32.76 
 
 		 370 aa  135  9e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3138  hypothetical protein  31.92 
 
 		 419 aa  108  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2581  hypothetical protein  32.93 
 
 		 354 aa  99  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0732986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1037  extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 		 643 aa  95.1  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000129321  unclonable  0.0000121148 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3300  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.18 
 
 		 676 aa  91.7  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464162 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  25.84 
 
 		 386 aa  84.3  0.000000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3118  hypothetical protein  36.81 
 
 		 494 aa  84.3  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.06 
 
 		 388 aa  72.4  0.00000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0105  ABC-type transport systems, periplasmic component  22.8 
 
 		 627 aa  65.5  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.86 
 
 		 376 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3105  extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 		 389 aa  64.7  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.64702 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  22.88 
 
 		 392 aa  62.8  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  27.24 
 
 		 376 aa  62  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 		 387 aa  62  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  22.67 
 
 		 373 aa  62  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.16 
 
 		 383 aa  61.2  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 		 381 aa  60.5  0.00000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0316  Putative lipoprotein-like protein  25.41 
 
 		 612 aa  60.1  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.915463  hitchhiker  0.000474295 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0143  lipoprotein, putative  25.41 
 
 		 612 aa  60.1  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  23.74 
 
 		 388 aa  60.1  0.00000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1695  extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 		 381 aa  59.7  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  24.37 
 
 		 383 aa  58.5  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.6 
 
 		 385 aa  57.8  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6587  Extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 		 388 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  22.25 
 
 		 383 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2212  LppC family lipoprotein  28.65 
 
 		 621 aa  57.4  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.228557 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.28 
 
 		 467 aa  57  0.0000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.68 
 
 		 399 aa  57  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2866  periplasmic ligand binding lipoprotein  24.64 
 
 		 662 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.691628  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 		 383 aa  56.6  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  23.37 
 
 		 381 aa  56.6  0.0000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.4 
 
 		 383 aa  55.8  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 		 382 aa  55.8  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6489  extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 		 387 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.225285  normal  0.518138 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6014  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 		 387 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00769519 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0572  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.44 
 
 		 382 aa  55.1  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  23.51 
 
 		 376 aa  55.5  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 		 390 aa  55.5  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2434  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.44 
 
 		 382 aa  55.1  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00891241  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2140  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 		 382 aa  55.1  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.250679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2846  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.44 
 
 		 382 aa  55.1  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0446  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 		 451 aa  55.5  0.000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2747  putative periplasmic substrate-binding protein  24.44 
 
 		 382 aa  55.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312608  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2807  putative periplasmic substrate-binding protein  24.44 
 
 		 382 aa  55.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1756  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.44 
 
 		 382 aa  55.1  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0548138  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1166  Extracellular ligand-binding receptor  23.21 
 
 		 387 aa  55.5  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.428965 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 382 aa  54.7  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1763  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.93 
 
 		 677 aa  54.3  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  27.39 
 
 		 395 aa  54.3  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  22.91 
 
 		 373 aa  54.3  0.000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 		 392 aa  53.5  0.000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.13 
 
 		 515 aa  53.1  0.000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0532  Extracellular ligand-binding receptor  25.35 
 
 		 370 aa  52.8  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0390708  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  23.43 
 
 		 383 aa  52.8  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  23.36 
 
 		 369 aa  52.4  0.00001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  23.74 
 
 		 390 aa  52.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 382 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.25 
 
 		 381 aa  52.4  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 461 aa  52.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 461 aa  52.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0562  extracellular ligand-binding receptor  22.5 
 
 		 385 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.419655  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 381 aa  50.8  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  23.38 
 
 		 379 aa  50.8  0.00004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1651  Extracellular ligand-binding receptor  26.48 
 
 		 392 aa  50.8  0.00004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3863  Extracellular ligand-binding receptor  26.17 
 
 		 651 aa  50.8  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0863227 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  23.32 
 
 		 402 aa  50.8  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1583  extracellular ligand-binding receptor  24.29 
 
 		 450 aa  50.4  0.00006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  25.59 
 
 		 395 aa  50.1  0.00007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  23.36 
 
 		 392 aa  50.1  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6118  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  25.57 
 
 		 379 aa  50.1  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 		 406 aa  50.1  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>