More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0255 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 231 aa  464  9.999999999999999e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.02112 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2741  two component transcriptional regulator  91.77 
 
 		 231 aa  432  1e-120  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.299643 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0463  two component transcriptional regulator  88.79 
 
 		 233 aa  420  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.966783  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0367  winged helix family two component transcriptional regulator  88.79 
 
 		 233 aa  420  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0127671 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0348  transcriptional regulatory protein  88.79 
 
 		 233 aa  418  1e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.242627 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  89.22 
 
 		 233 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0443  two component transcriptional regulator  88.36 
 
 		 233 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0361  two component transcriptional regulator, winged helix family  88.36 
 
 		 233 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324623  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2845  two component transcriptional regulator  86.21 
 
 		 232 aa  410  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7367  two component transcriptional regulator  86.64 
 
 		 233 aa  409  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1400  two component transcriptional regulator, winged helix family  84.32 
 
 		 237 aa  395  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.435154 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3089  two component transcriptional regulator  83.83 
 
 		 236 aa  394  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1179  two component transcriptional regulator, winged helix family  84.32 
 
 		 237 aa  395  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1238  response regulator receiver  84.32 
 
 		 237 aa  395  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5433  two component transcriptional regulator, winged helix family  84.39 
 
 		 238 aa  391  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0225  two component transcriptional regulator  84.39 
 
 		 238 aa  391  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  83.48 
 
 		 239 aa  388  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  83.04 
 
 		 239 aa  386  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  83.04 
 
 		 239 aa  386  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3571  two component transcriptional regulator  81.03 
 
 		 233 aa  384  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0044  two component response regulator  80.67 
 
 		 240 aa  385  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3969  two component transcriptional regulator, winged helix family  77.55 
 
 		 244 aa  371  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.966692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4296  two component transcriptional regulator, winged helix family  77.55 
 
 		 250 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3252  two component transcriptional regulator  80.67 
 
 		 240 aa  367  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0111  two component transcriptional regulator  80.6 
 
 		 233 aa  367  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953605 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1332  transcriptional regulatory protein BvrR  77.73 
 
 		 240 aa  355  1.9999999999999998e-97  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0074  two component transcriptional regulator  72.77 
 
 		 236 aa  344  7e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  70.39 
 
 		 233 aa  330  2e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  68.51 
 
 		 233 aa  328  5.0000000000000004e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  68.51 
 
 		 233 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  66.81 
 
 		 233 aa  324  6e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0212  two component transcriptional regulator  66.81 
 
 		 233 aa  323  2e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3422  two component transcriptional regulator  68.12 
 
 		 241 aa  319  1.9999999999999998e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  68.67 
 
 		 235 aa  317  1e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1975  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.07 
 
 		 236 aa  313  1.9999999999999998e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2907  two component transcriptional regulator  66.95 
 
 		 250 aa  310  1e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  64.19 
 
 		 233 aa  310  2e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4630  two component transcriptional regulator  63.68 
 
 		 235 aa  309  2e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0961185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  65.37 
 
 		 236 aa  304  7e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0268  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.33 
 
 		 227 aa  196  2.0000000000000003e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.509377 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 230 aa  191  8e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  42.04 
 
 		 230 aa  187  9e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2494  two component transcriptional regulator  43.67 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00298377  normal  0.523068 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3969  two component transcriptional regulator  46.46 
 
 		 243 aa  181  8.000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.162736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3685  two component transcriptional regulator  44.35 
 
 		 233 aa  181  9.000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.934173  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.3 
 
 		 230 aa  180  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1791  two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000231936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 229 aa  179  2.9999999999999997e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.67 
 
 		 234 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03557  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.59 
 
 		 229 aa  177  1e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000983286  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3982  DNA-binding response regulator  42.36 
 
 		 238 aa  177  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4324  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 207 aa  177  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.823634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.54 
 
 		 237 aa  176  2e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2122  two component transcriptional regulator  42.06 
 
 		 231 aa  177  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00660884  normal  0.0855219 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2450  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.24 
 
 		 230 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000016563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1875  two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 230 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00450797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2202  two component transcriptional regulator  41.81 
 
 		 230 aa  176  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0636153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2279  two component transcriptional regulator  41.81 
 
 		 230 aa  176  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00696203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2412  two component transcriptional regulator  41.81 
 
 		 230 aa  176  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000515704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1827  two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 230 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0283431  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.6 
 
 		 235 aa  176  3e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1738  two component transcriptional regulator  43.1 
 
 		 230 aa  175  5e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.485524  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1016  response regulator receiver domain-containing protein  41.92 
 
 		 230 aa  174  8e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1623  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  40.95 
 
 		 229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314496  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  37.55 
 
 		 232 aa  172  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.23 
 
 		 234 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2193  DNA-binding response regulator  42.67 
 
 		 230 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.3 
 
 		 240 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2518  two component transcriptional regulator  41.38 
 
 		 230 aa  172  5e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0122186  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  39.3 
 
 		 240 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  39.3 
 
 		 240 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.3 
 
 		 240 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1102  DNA-binding response regulator  40.6 
 
 		 225 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.3 
 
 		 240 aa  172  5.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.3 
 
 		 240 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.3 
 
 		 240 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.3 
 
 		 240 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3145  two component transcriptional regulator  42.29 
 
 		 231 aa  171  6.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00258001  hitchhiker  0.000377263 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.3 
 
 		 240 aa  171  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.3 
 
 		 240 aa  171  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.3 
 
 		 240 aa  171  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.3 
 
 		 240 aa  171  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.17 
 
 		 230 aa  170  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.3 
 
 		 240 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  38.86 
 
 		 240 aa  170  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  39.65 
 
 		 226 aa  169  2e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2005  response regulator receiver protein  42.24 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.209106 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  40.43 
 
 		 226 aa  170  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.3 
 
 		 240 aa  170  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  41.3 
 
 		 231 aa  169  4e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3920  two component transcriptional regulator  41.99 
 
 		 237 aa  169  4e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1840  two component transcriptional regulator  43.54 
 
 		 227 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1572  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 225 aa  168  5e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000784208  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  41.56 
 
 		 239 aa  168  6e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  39.21 
 
 		 247 aa  167  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  41.05 
 
 		 232 aa  167  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  38.77 
 
 		 239 aa  166  2e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0653  two-component response regulator PhoB  40 
 
 		 230 aa  167  2e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.131558  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  38.77 
 
 		 239 aa  166  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  42.29 
 
 		 228 aa  167  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>