136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_2325 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_2325  PAS domain-containing protein  100 
 
 
204 aa  393  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.347641  normal  0.764067 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4390  PAS domain-containing protein  39.15 
 
 
200 aa  112  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.000850983  normal  0.838012 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1018  PAS domain-containing protein  35.03 
 
 
195 aa  100  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.011057  normal  0.147153 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4253  PAS domain-containing protein  35.83 
 
 
202 aa  85.5  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486718  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5109  PAS fold-3 domain protein  34.86 
 
 
197 aa  82  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.924849 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5027  hypothetical protein  35.03 
 
 
201 aa  76.6  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.565398 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1761  PAS domain-containing protein  29.07 
 
 
199 aa  75.1  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.23 
 
 
943 aa  72  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.11 
 
 
845 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0132  PAS domain-containing protein  32.78 
 
 
206 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.433683  normal  0.272922 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5882  PAS domain-containing protein  31.46 
 
 
202 aa  69.3  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.683919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1503  PAS domain-containing protein  39.5 
 
 
186 aa  68.6  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.355958  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3718  PAS domain-containing protein  32.02 
 
 
211 aa  68.6  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.243172 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  35.16 
 
 
582 aa  68.2  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1198  PAS fold-3 domain protein  31.43 
 
 
187 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.306365  normal  0.767323 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4512  hypothetical protein  34.48 
 
 
182 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4975  hypothetical protein  33.9 
 
 
182 aa  64.7  0.0000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.201692 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
998 aa  64.7  0.0000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  34.45 
 
 
827 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4878  PAS domain-containing protein  33.56 
 
 
155 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.82 
 
 
830 aa  62.4  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 
686 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  31.45 
 
 
956 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6284  PAS domain-containing protein  27.92 
 
 
223 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5345  PAS fold-3 domain protein  30 
 
 
338 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.929152 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.45 
 
 
858 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30 
 
 
977 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5399  PAS sensor protein  31.36 
 
 
338 aa  58.5  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  28.91 
 
 
691 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 
1225 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  34.19 
 
 
1225 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 
1224 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  30.7 
 
 
759 aa  56.6  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  30.7 
 
 
847 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2316  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.62 
 
 
594 aa  55.8  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.574326  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4859  PAS domain-containing protein  29.17 
 
 
338 aa  55.8  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.42 
 
 
1215 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.2 
 
 
689 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.4 
 
 
793 aa  55.1  0.0000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  29.82 
 
 
1092 aa  55.1  0.0000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.41 
 
 
1103 aa  54.7  0.0000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  27.83 
 
 
691 aa  54.7  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0386  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.45 
 
 
674 aa  54.7  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.963585  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.09 
 
 
1501 aa  54.3  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.36 
 
 
513 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1366  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.21 
 
 
329 aa  52.4  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.94 
 
 
688 aa  52.4  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0500187 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.1 
 
 
767 aa  51.6  0.000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2203  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.11 
 
 
554 aa  51.6  0.000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0309516  normal  0.310474 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0972  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.77 
 
 
994 aa  51.2  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.172335  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3451  GGDEF family protein  29.19 
 
 
909 aa  51.2  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32 
 
 
812 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4541  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.62 
 
 
896 aa  49.3  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2215  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.1 
 
 
810 aa  49.3  0.00004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2537  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.49 
 
 
675 aa  49.3  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.69 
 
 
527 aa  48.9  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.25 
 
 
1013 aa  48.9  0.00005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.48 
 
 
1785 aa  48.9  0.00006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1213  signal transduction histidine kinase  25.62 
 
 
603 aa  48.1  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.08 
 
 
674 aa  48.1  0.00009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1771  PAS:GGDEF  29.1 
 
 
449 aa  47.4  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6354  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.28 
 
 
699 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3390  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.14 
 
 
324 aa  47.8  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.33 
 
 
568 aa  47.8  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.87 
 
 
814 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  28.79 
 
 
3706 aa  46.6  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  35.82 
 
 
1328 aa  46.2  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.282055  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.08 
 
 
987 aa  46.2  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1579  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.19 
 
 
324 aa  46.2  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2640  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.61 
 
 
955 aa  46.2  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.19 
 
 
1532 aa  46.6  0.0003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3349  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.41 
 
 
605 aa  45.8  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00304196 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1009  sensory box histidine kinase/response regulator  29.63 
 
 
463 aa  45.8  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5079  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 
695 aa  46.2  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.929766 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5012  putative sensory transduction histidine kinase  30.08 
 
 
333 aa  46.2  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.235153  normal  0.174809 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.11 
 
 
1143 aa  45.8  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.11 
 
 
1143 aa  45.8  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0238  multi-component transcriptional regulator  25 
 
 
1629 aa  45.8  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3105  PAS sensor protein  29.91 
 
 
728 aa  45.4  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1767  multi-sensor hybrid histidine kinase  30 
 
 
1157 aa  45.4  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.878  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3578  hypothetical protein  29.84 
 
 
188 aa  45.4  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.21296  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.05 
 
 
1808 aa  45.1  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.19 
 
 
1273 aa  45.1  0.0007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  25.89 
 
 
547 aa  45.1  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.84 
 
 
883 aa  45.1  0.0007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4179  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.3 
 
 
446 aa  45.1  0.0007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.206948  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4291  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.3 
 
 
446 aa  45.1  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  25.34 
 
 
2693 aa  45.1  0.0008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.03 
 
 
789 aa  45.1  0.0008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.179581  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2954  putative PAS/PAC sensor protein  32.74 
 
 
512 aa  44.7  0.0008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2207  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 
866 aa  44.7  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3546  sensor protein (histidine protein kinase), acting on arcA  25.85 
 
 
586 aa  44.3  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00933538  normal  0.0548176 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.8 
 
 
721 aa  44.7  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.814379  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  32.38 
 
 
866 aa  43.9  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.46 
 
 
1559 aa  44.3  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0910  sensory box histidine kinase/response regulator  28.7 
 
 
463 aa  43.5  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0458  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.63 
 
 
328 aa  43.5  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1842  response regulator/sensory box histidine kinase  28.7 
 
 
492 aa  43.5  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1432  sensory box histidine kinase/response regulator  28.7 
 
 
492 aa  43.5  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.188442  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.14 
 
 
327 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>