255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5836 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_5836  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 388 aa  764    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5098  permease YjgP/YjgQ family protein  90.98 
 
 		 388 aa  642    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950037  normal  0.150023 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0556  permease YjgP/YjgQ family protein  73.06 
 
 		 386 aa  568  1e-161  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023803 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3933  permease YjgP/YjgQ family protein  73.97 
 
 		 389 aa  566  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0880082 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3943  permease YjgP/YjgQ family protein  73.2 
 
 		 389 aa  561  1e-158  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3650  permease YjgP/YjgQ family protein  73.2 
 
 		 389 aa  561  1e-158  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2313  permease YjgP/YjgQ  43.57 
 
 		 388 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1677  permease YjgP/YjgQ  44.57 
 
 		 390 aa  308  1.0000000000000001e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2340  permease YjgP/YjgQ  42.45 
 
 		 389 aa  303  4.0000000000000003e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.545488  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3831  putative permease  42.62 
 
 		 389 aa  295  1e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2838  permease YjgP/YjgQ family protein  41.31 
 
 		 405 aa  286  4e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal  0.503804 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2966  permease YjgP/YjgQ  41.08 
 
 		 388 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.111033  normal  0.827608 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3471  permease YjgP/YjgQ family protein  39.84 
 
 		 388 aa  272  7e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.630057  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2480  permease YjgP/YjgQ  39.18 
 
 		 388 aa  269  5e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1757  permease YjgP/YjgQ  39.55 
 
 		 416 aa  232  7.000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00499873  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0765  permease YjgP/YjgQ family protein  39.44 
 
 		 390 aa  226  7e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.259826 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1543  hypothetical protein  34.63 
 
 		 399 aa  210  3e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1212  permease YjgP/YjgQ family protein  32.77 
 
 		 393 aa  205  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.205645  decreased coverage  0.00000154162 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2601  permease YjgP/YjgQ family protein  32.32 
 
 		 402 aa  204  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_1068  permease YjgP/YjgQ family protein  34.4 
 
 		 393 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.388378  hitchhiker  0.0000584929 
 
 
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NC_009719  Plav_3338  permease YjgP/YjgQ family protein  34.16 
 
 		 388 aa  202  6e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0508  YjgP/YjgQ permease  31.51 
 
 		 396 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_004310  BR0687  hypothetical protein  32.04 
 
 		 402 aa  200  3e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
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NC_009505  BOV_0679  hypothetical protein  31.77 
 
 		 402 aa  197  3e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1226  permease YjgP/YjgQ family protein  34.86 
 
 		 373 aa  189  7e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0365933  normal  0.672462 
 
 
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NC_011365  Gdia_3046  permease YjgP/YjgQ family protein  30.77 
 
 		 398 aa  162  1e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.583583 
 
 
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NC_010338  Caul_2530  permease YjgP/YjgQ family protein  29.89 
 
 		 378 aa  138  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.749789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0902  permease YjgP/YjgQ family protein  29.47 
 
 		 382 aa  130  5.0000000000000004e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0497689 
 
 
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NC_009484  Acry_2628  permease YjgP/YjgQ family protein  31.62 
 
 		 386 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007643  Rru_A2943  permease YjgP/YjgQ  30.12 
 
 		 396 aa  127  3e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.263942  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1121  permease YjgP/YjgQ family protein  28.61 
 
 		 376 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182226 
 
 
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NC_008044  TM1040_0949  permease YjgP/YjgQ  29.54 
 
 		 379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162429  normal  1 
 
 
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NC_007493  RSP_2900  permease  27.69 
 
 		 376 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.675827  n/a   
 
 
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NC_009049  Rsph17029_1544  permease YjgP/YjgQ family protein  27.42 
 
 		 376 aa  116  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1814  permease YjgP/YjgQ  29.15 
 
 		 371 aa  107  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.120366  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1190  permease YjgP/YjgQ family protein  26.33 
 
 		 380 aa  104  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.504268  normal  0.434542 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1490  permease YjgP/YjgQ family protein  31.05 
 
 		 371 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.857253  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2465  permease YjgP/YjgQ  30.16 
 
 		 371 aa  96.7  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.174888  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1922  hypothetical protein  28.4 
 
 		 418 aa  94.4  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1714400000000003e-19  n/a   
 
 
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NC_011145  AnaeK_1394  permease YjgP/YjgQ family protein  30.72 
 
 		 371 aa  94.7  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00373064  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1272  hypothetical protein  27.8 
 
 		 375 aa  92.8  9e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3734  permease YjgP/YjgQ family protein  29.23 
 
 		 389 aa  90.9  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000306059  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_14500  hypothetical protein  28.47 
 
 		 372 aa  90.5  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009656  PSPA7_1283  hypothetical protein  28.62 
 
 		 372 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009675  Anae109_1402  permease YjgP/YjgQ family protein  28.53 
 
 		 370 aa  89  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.999053 
 
 
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NC_009512  Pput_1019  permease YjgP/YjgQ family protein  27.1 
 
 		 383 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  27.1 
 
 		 371 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010322  PputGB1_0987  permease YjgP/YjgQ family protein  26.79 
 
 		 371 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.480786  normal  1 
 
 
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NC_007005  Psyr_1092  permease YjgP/YjgQ  27.44 
 
 		 375 aa  87  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010501  PputW619_4236  permease YjgP/YjgQ family protein  27.41 
 
 		 371 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275706  normal  1 
 
 
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NC_013421  Pecwa_0445  permease YjgP/YjgQ family protein  27.86 
 
 		 370 aa  85.5  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009439  Pmen_3526  permease YjgP/YjgQ family protein  29.7 
 
 		 372 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.536872  normal  0.31629 
 
 
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NC_009943  Dole_1431  permease YjgP/YjgQ family protein  26.29 
 
 		 391 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_0990  permease YjgP/YjgQ  28.52 
 
 		 373 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.171814  normal  0.796458 
 
 
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NC_008609  Ppro_1638  permease YjgP/YjgQ family protein  26.24 
 
 		 382 aa  82.4  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000229527  n/a   
 
 
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NC_007517  Gmet_1249  permease YjgP/YjgQ  25.14 
 
 		 418 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103776  hitchhiker  0.00076385 
 
 
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NC_013422  Hneap_1231  permease YjgP/YjgQ family protein  28.79 
 
 		 371 aa  79.3  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.192979  n/a   
 
 
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NC_008576  Mmc1_2677  permease YjgP/YjgQ family protein  28.17 
 
 		 392 aa  77.8  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00342239  normal  0.643957 
 
 
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NC_011901  Tgr7_2139  permease YjgP/YjgQ family protein  30.35 
 
 		 367 aa  77.4  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008554  Sfum_0189  permease YjgP/YjgQ family protein  26.84 
 
 		 423 aa  77.4  0.0000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.437061  normal  0.771409 
 
 
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NC_010506  Swoo_1077  permease YjgP/YjgQ family protein  25.88 
 
 		 370 aa  77  0.0000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000191567  normal  1 
 
 
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NC_011312  VSAL_I0527  putative permease  26.38 
 
 		 370 aa  77  0.0000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0167564  n/a   
 
 
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NC_012560  Avin_11670  permease YjgP/YjgQ family  26.99 
 
 		 376 aa  76.6  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009665  Shew185_3118  permease YjgP/YjgQ family protein  26.21 
 
 		 370 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000110304  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3108  permease YjgP/YjgQ family protein  26.21 
 
 		 370 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000374217  n/a   
 
 
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NC_011663  Sbal223_1258  permease YjgP/YjgQ family protein  26.21 
 
 		 370 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000016572  hitchhiker  0.000115983 
 
 
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NC_013456  VEA_002429  hypothetical protein  27.03 
 
 		 366 aa  74.7  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000155201  n/a   
 
 
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NC_007614  Nmul_A0402  permease YjgP/YjgQ  25.93 
 
 		 358 aa  74.7  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0017509  n/a   
 
 
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NC_009997  Sbal195_3261  permease YjgP/YjgQ family protein  25.89 
 
 		 370 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000653775  normal  1 
 
 
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NC_009783  VIBHAR_03634  hypothetical protein  26.09 
 
 		 366 aa  73.9  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2100  hypothetical protein  25.19 
 
 		 339 aa  72.4  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0377846  n/a   
 
 
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NC_008740  Maqu_0962  permease YjgP/YjgQ family protein  25.24 
 
 		 367 aa  72.4  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.506776  n/a   
 
 
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NC_009831  Ssed_1015  permease YjgP/YjgQ family protein  25.88 
 
 		 370 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000271858  normal  0.473888 
 
 
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NC_013162  Coch_1462  permease YjgP/YjgQ family protein  24.8 
 
 		 495 aa  71.2  0.00000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008048  Sala_2176  permease YjgP/YjgQ  25 
 
 		 402 aa  71.2  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.668049 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0911  permease YjgP/YjgQ family protein  24.68 
 
 		 371 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000466343  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0221  permease YjgP/YjgQ  26.92 
 
 		 361 aa  70.9  0.00000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.651861 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1425  permease YjgP/YjgQ family protein  25.09 
 
 		 380 aa  70.9  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.308886  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0389  permease YjgP/YjgQ family protein  27.38 
 
 		 371 aa  70.5  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00124488  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  26.06 
 
 		 370 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000695544  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2220  permease YjgP/YjgQ family protein  28.18 
 
 		 372 aa  70.1  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.48267 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0796  hypothetical protein  24.74 
 
 		 369 aa  70.1  0.00000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.211721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2589  permease YjgP/YjgQ family protein  25.83 
 
 		 379 aa  69.7  0.00000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00221006  n/a   
 
 
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NC_007510  Bcep18194_A5798  YjgP/YjgQ like transporter  25.56 
 
 		 363 aa  69.7  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.159259 
 
 
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NC_011729  PCC7424_3752  permease YjgP/YjgQ family protein  22.71 
 
 		 388 aa  69.7  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.994672 
 
 
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NC_008786  Veis_4923  permease YjgP/YjgQ family protein  25.56 
 
 		 372 aa  69.7  0.00000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1747  permease YjgP/YjgQ  20.78 
 
 		 369 aa  69.3  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2384  permease YjgP/YjgQ family protein  25.75 
 
 		 363 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008390  Bamb_2516  permease YjgP/YjgQ family protein  25.75 
 
 		 363 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009511  Swit_3905  permease YjgP/YjgQ family protein  25.61 
 
 		 400 aa  67.8  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0179565  normal  1 
 
 
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NC_008228  Patl_3561  permease YjgP/YjgQ  26.67 
 
 		 368 aa  68.2  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000903673  n/a   
 
 
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NC_011365  Gdia_1374  permease YjgP/YjgQ family protein  24.9 
 
 		 363 aa  67.4  0.0000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010682  Rpic_2680  permease YjgP/YjgQ family protein  27.73 
 
 		 372 aa  67.4  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008709  Ping_0396  permease YjgP/YjgQ family protein  23.4 
 
 		 358 aa  67.4  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.167769  normal  1 
 
 
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NC_011662  Tmz1t_2786  permease YjgP/YjgQ family protein  29.44 
 
 		 360 aa  67  0.0000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.577495  n/a   
 
 
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NC_002939  GSU1922  hypothetical protein  24.92 
 
 		 399 aa  66.6  0.0000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003295  RSc2416  hypothetical protein  28.57 
 
 		 372 aa  66.6  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008345  Sfri_0925  permease YjgP/YjgQ family protein  26.07 
 
 		 370 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000914337  n/a   
 
 
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NC_010531  Pnec_1234  permease YjgP/YjgQ family protein  29.15 
 
 		 371 aa  66.2  0.0000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.132199  normal  1 
 
 
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NC_009457  VC0395_A2082  hypothetical protein  26.67 
 
 		 366 aa  66.6  0.0000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000432404  n/a   
 
 
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