More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_2041 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  597  1e-170  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  99.34 
 
 		 301 aa  593  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  98.67 
 
 		 301 aa  590  1e-167  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  53.76 
 
 		 300 aa  298  6e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 300 aa  241  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  44.07 
 
 		 329 aa  235  8e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  43.05 
 
 		 316 aa  233  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 295 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  43.43 
 
 		 318 aa  224  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 302 aa  219  3.9999999999999997e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 310 aa  219  6e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 320 aa  210  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  39.55 
 
 		 313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  39.55 
 
 		 313 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 302 aa  172  9e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 316 aa  172  9e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 316 aa  166  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6218  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 321 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215178 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5851  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 321 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121988  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  40.87 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  38.73 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6694  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 321 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.32621 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4629  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0223  transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 308 aa  156  3e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239924 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 304 aa  156  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6622  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 318 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.255489 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 		 312 aa  152  5.9999999999999996e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  31.27 
 
 		 297 aa  148  9e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1239  transcriptional regulator, LysR family  38.73 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.138802  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 307 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  36.25 
 
 		 311 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 301 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 317 aa  142  6e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5425  Transcriptional regulator  35.29 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  33.05 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 		 320 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 315 aa  132  5e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 317 aa  133  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 306 aa  132  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  32.05 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  32.59 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 310 aa  129  6e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  129  6e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  32.94 
 
 		 304 aa  129  6e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  33.19 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.2 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.46 
 
 		 306 aa  126  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.32 
 
 		 321 aa  125  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 301 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 317 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 317 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 324 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 309 aa  122  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 303 aa  122  8e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 314 aa  119  6e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5640  transcriptional regulator LysR family  31.68 
 
 		 300 aa  119  7e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 334 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2256  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 333 aa  117  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.585656  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1297  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 318 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2943  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 326 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3069  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.227283  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 290 aa  114  3e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 319 aa  114  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3263  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.266954  normal  0.470905 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.7 
 
 		 301 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 317 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 328 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 317 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 317 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 317 aa  112  9e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 317 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 317 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3568  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3790  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.98544 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2216  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 311 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>