More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbur_2154 on replicon NC_007955
Organism: Methanococcoides burtonii DSM 6242



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007955  Mbur_2154  dihydrouridine synthase, DuS  100 
 
 
318 aa  652    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000009638  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  50.48 
 
 
323 aa  341  8e-93  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  36 
 
 
320 aa  229  5e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  36.59 
 
 
324 aa  226  4e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.81 
 
 
322 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.42 
 
 
333 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  37.04 
 
 
319 aa  218  2e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  35.19 
 
 
347 aa  217  2e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.74 
 
 
328 aa  212  7.999999999999999e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1525  nifR3 family TIM-barrel protein  39.8 
 
 
320 aa  209  4e-53  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000166 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  35.4 
 
 
322 aa  207  1e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.44 
 
 
348 aa  206  4e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  33.85 
 
 
332 aa  204  1e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  36.42 
 
 
326 aa  205  1e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  36.42 
 
 
326 aa  205  1e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.88 
 
 
352 aa  202  8e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.87 
 
 
346 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  33.85 
 
 
332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  37.54 
 
 
325 aa  200  3e-50  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  31.29 
 
 
333 aa  199  7e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.19 
 
 
347 aa  198  7.999999999999999e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  34.63 
 
 
318 aa  198  9e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.55 
 
 
327 aa  197  2.0000000000000003e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  32.92 
 
 
332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  32.92 
 
 
332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  32.92 
 
 
332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  32.92 
 
 
332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  32.92 
 
 
332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  33.65 
 
 
332 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  33.65 
 
 
332 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  34.59 
 
 
342 aa  195  7e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.46 
 
 
343 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  36.98 
 
 
322 aa  195  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.6 
 
 
328 aa  194  1e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.91 
 
 
332 aa  194  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  39.35 
 
 
350 aa  193  3e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.53 
 
 
321 aa  193  4e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.03 
 
 
321 aa  193  4e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.65 
 
 
324 aa  192  5e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  38.41 
 
 
332 aa  192  9e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.96 
 
 
337 aa  191  1e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.54 
 
 
325 aa  191  1e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  38.38 
 
 
333 aa  191  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.4 
 
 
332 aa  191  1e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  34.55 
 
 
324 aa  191  2e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  34.55 
 
 
324 aa  191  2e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  37.04 
 
 
343 aa  190  2.9999999999999997e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.04 
 
 
343 aa  190  2.9999999999999997e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.71 
 
 
337 aa  189  4e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  37.7 
 
 
327 aa  189  8e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  35.6 
 
 
332 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  35.6 
 
 
332 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  38.46 
 
 
337 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  34.36 
 
 
332 aa  187  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.33 
 
 
327 aa  187  2e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  36.61 
 
 
356 aa  187  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.372686 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  34.07 
 
 
347 aa  187  3e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.59 
 
 
323 aa  187  3e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  33.33 
 
 
333 aa  187  3e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  34.08 
 
 
347 aa  186  3e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  38.46 
 
 
337 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  37.96 
 
 
308 aa  186  5e-46  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  38 
 
 
346 aa  186  6e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.5 
 
 
321 aa  185  7e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.62 
 
 
354 aa  185  8e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03118  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.56 
 
 
321 aa  185  9e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.220754  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0446  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.56 
 
 
321 aa  185  9e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000559244  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3643  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.56 
 
 
321 aa  185  9e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124193  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0453  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.73 
 
 
321 aa  185  9e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000154281  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3555  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.56 
 
 
321 aa  185  9e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446962  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3453  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.56 
 
 
321 aa  185  9e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.247e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0446  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.56 
 
 
321 aa  185  9e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000179057  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3699  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.92 
 
 
321 aa  185  9e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.426337  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0386  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.73 
 
 
321 aa  185  9e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000879086  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4577  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.56 
 
 
321 aa  185  9e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000029753  normal  0.0792821 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.56 
 
 
321 aa  185  9e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000491919  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03069  hypothetical protein  40.56 
 
 
321 aa  185  9e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.249652  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  33.33 
 
 
325 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.85 
 
 
321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  38.46 
 
 
337 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  38.28 
 
 
319 aa  184  1.0000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  38.46 
 
 
337 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.92 
 
 
321 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1211  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.73 
 
 
355 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000054155  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.22 
 
 
337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.92 
 
 
356 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  33.12 
 
 
326 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  34.98 
 
 
333 aa  183  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.37 
 
 
381 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  36.51 
 
 
354 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.96 
 
 
331 aa  182  5.0000000000000004e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.08 
 
 
351 aa  182  8.000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.99 
 
 
320 aa  181  1e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.62 
 
 
326 aa  181  1e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0394  hypothetical protein  36.99 
 
 
322 aa  181  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3576  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.52 
 
 
321 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000997743  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.52 
 
 
321 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0454  putative TIM-barrel protein, nifR3 family protein  37.62 
 
 
320 aa  180  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000230608  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.52 
 
 
321 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.52 
 
 
321 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000520187  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>