More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_4788 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_4788  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
184 aa  353  1e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.405562  normal  0.250869 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0786  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  63.98 
 
 
199 aa  216  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.348422  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0976  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  59.06 
 
 
202 aa  177  5.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  52.33 
 
 
247 aa  172  2.9999999999999996e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3434  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  56.21 
 
 
250 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2674  RNA polymerase sigma factor  45.18 
 
 
216 aa  141  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0537679  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1790  RNA polymerase sigma factor  52.41 
 
 
205 aa  139  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.908716  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0597  RNA polymerase sigma factor  52.17 
 
 
209 aa  139  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4688  RNA polymerase sigma factor  50.34 
 
 
173 aa  138  4.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.204585  normal  0.116393 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1421  RNA polymerase sigma factor  51.52 
 
 
180 aa  137  8.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000131779 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6203  RNA polymerase sigma factor  50.64 
 
 
211 aa  135  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1876  RNA polymerase sigma factor  50.64 
 
 
211 aa  135  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2458  RNA polymerase sigma factor  46.02 
 
 
245 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0973834  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1899  RNA polymerase sigma factor  50 
 
 
213 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.606466  hitchhiker  0.000000620575 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4005  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.75 
 
 
187 aa  132  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1784  RNA polymerase sigma factor  48.43 
 
 
244 aa  131  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.181738  normal  0.484528 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5176  RNA polymerase sigma factor  48.72 
 
 
213 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1398  RNA polymerase sigma factor  50.67 
 
 
213 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566136  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4251  RNA polymerase sigma factor  47.65 
 
 
207 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.668202  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2977  RNA polymerase sigma factor  47.33 
 
 
182 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.318246  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02210  RNA polymerase sigma factor  58.06 
 
 
208 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.379603  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0390  RNA polymerase sigma factor  47.31 
 
 
180 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.854256 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2177  RNA polymerase sigma factor  51.33 
 
 
240 aa  124  7e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.525045  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0909  RNA polymerase sigma factor  44.85 
 
 
275 aa  122  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1785  RNA polymerase sigma factor  47.65 
 
 
213 aa  121  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1813  RNA polymerase sigma factor  47.65 
 
 
213 aa  121  7e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53419  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3410  RNA polymerase sigma factor  48.03 
 
 
235 aa  117  9e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.307612  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1406  RNA polymerase sigma factor  48.03 
 
 
235 aa  117  9e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18108  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2293  RNA polymerase sigma factor  48.03 
 
 
235 aa  117  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.232222  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2419  RNA polymerase sigma factor  48.03 
 
 
235 aa  117  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1170  RNA polymerase sigma factor  48.03 
 
 
235 aa  117  9e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0354357  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2254  RNA polymerase sigma factor  48.03 
 
 
235 aa  117  9e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.042776  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1897  RNA polymerase sigma factor  48.03 
 
 
235 aa  117  9e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.225153  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.74 
 
 
191 aa  97.4  9e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  36.08 
 
 
193 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5546  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.56 
 
 
246 aa  92.8  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.753854 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.44 
 
 
193 aa  92.4  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.44 
 
 
193 aa  92.4  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.44 
 
 
193 aa  92.4  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.44 
 
 
193 aa  92.4  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  39.13 
 
 
193 aa  92.4  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  39.13 
 
 
193 aa  92.4  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.81 
 
 
200 aa  91.3  7e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1489  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.78 
 
 
212 aa  91.3  8e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.130695 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.26 
 
 
201 aa  91.3  8e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.29 
 
 
199 aa  90.9  9e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.81 
 
 
193 aa  90.9  9e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2090  sigma-70 region 2 domain-containing protein  40.26 
 
 
187 aa  90.9  9e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  34.81 
 
 
193 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.81 
 
 
193 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.29 
 
 
199 aa  90.5  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.86 
 
 
193 aa  90.5  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.29 
 
 
199 aa  90.5  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.63 
 
 
194 aa  90.9  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.29 
 
 
199 aa  90.5  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.29 
 
 
199 aa  90.5  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1486  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.47 
 
 
214 aa  90.1  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.295747  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.56 
 
 
199 aa  90.1  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.5 
 
 
198 aa  89.7  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.29 
 
 
199 aa  89.4  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2378  sigma-24 (FecI-like)  36.47 
 
 
214 aa  89.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294545  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.29 
 
 
199 aa  89.4  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.04 
 
 
208 aa  89.7  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.212033  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.29 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1889  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.92 
 
 
233 aa  89  4e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.29 
 
 
199 aa  89  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.25 
 
 
205 aa  89  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.31 
 
 
215 aa  88.6  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.88 
 
 
214 aa  88.6  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.29 
 
 
199 aa  88.6  5e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3246  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.87 
 
 
208 aa  88.2  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0104683 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.29 
 
 
199 aa  88.6  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.29 
 
 
199 aa  88.6  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.29 
 
 
199 aa  88.6  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.29 
 
 
199 aa  88.6  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.29 
 
 
199 aa  88.6  5e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3829  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.4 
 
 
199 aa  88.2  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.245837  normal  0.241171 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.71 
 
 
199 aa  88.2  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.71 
 
 
199 aa  88.2  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7159  RNA polymerase sigma factor  41.14 
 
 
179 aa  87.8  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.693773 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2467  ECF family RNA polymerase sigma factor  42.48 
 
 
162 aa  87.4  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.29 
 
 
392 aa  87  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.34 
 
 
211 aa  86.7  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0765  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.99 
 
 
209 aa  86.7  2e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  36.65 
 
 
240 aa  85.5  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  40 
 
 
205 aa  85.9  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  40 
 
 
205 aa  85.9  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.98 
 
 
220 aa  85.9  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.299796  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.07 
 
 
201 aa  85.9  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1189  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.5 
 
 
209 aa  85.5  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.209698  normal  0.0286964 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0625  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.17 
 
 
209 aa  85.5  4e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1210  sigma-24 (FecI-like)  46.38 
 
 
172 aa  85.5  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.722255 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8324  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.8 
 
 
201 aa  85.5  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.16 
 
 
211 aa  84.7  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0605  RNA polymerase sigma factor RpoE  40 
 
 
202 aa  84.7  6e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000948588 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1265  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.57 
 
 
235 aa  84.7  7e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.158608  normal  0.102911 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0868  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.06 
 
 
209 aa  84.7  7e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.709004  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2152  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.61 
 
 
209 aa  84.3  9e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.42 
 
 
206 aa  84.3  9e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.53 
 
 
204 aa  84.3  9e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>