More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1199 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  629  1e-179  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  54.42 
 
 		 317 aa  332  4e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  54.13 
 
 		 310 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  42.52 
 
 		 329 aa  263  3e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 297 aa  260  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 290 aa  258  8e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  45.17 
 
 		 290 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 309 aa  201  9e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  40.61 
 
 		 295 aa  196  4.0000000000000005e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 319 aa  178  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  35.96 
 
 		 289 aa  169  7e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  36.33 
 
 		 289 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 292 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 292 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  34.67 
 
 		 305 aa  159  8e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  35.43 
 
 		 303 aa  156  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  34.11 
 
 		 293 aa  154  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  34.36 
 
 		 288 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  34.44 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  34.11 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  34.45 
 
 		 308 aa  149  5e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 307 aa  149  6e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  33.22 
 
 		 305 aa  149  6e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 295 aa  149  8e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  33.67 
 
 		 288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  32.31 
 
 		 315 aa  142  7e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 298 aa  142  9e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  33.9 
 
 		 321 aa  139  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  33.54 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 281 aa  135  8e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 297 aa  132  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  26.94 
 
 		 293 aa  123  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  31.94 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  27.15 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 286 aa  111  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  27.08 
 
 		 296 aa  105  7e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  27.08 
 
 		 296 aa  105  7e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 296 aa  105  9e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.08 
 
 		 296 aa  105  9e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  27.52 
 
 		 299 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  24.92 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.64 
 
 		 298 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.64 
 
 		 298 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.64 
 
 		 298 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.64 
 
 		 298 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.64 
 
 		 298 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  26.3 
 
 		 290 aa  102  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 292 aa  102  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2466  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 315 aa  100  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 315 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  27.82 
 
 		 290 aa  99.4  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 289 aa  97.4  3e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 316 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2574  helix-turn-helix domain-containing protein  32.56 
 
 		 343 aa  96.3  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0101774 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 		 294 aa  94  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  34.97 
 
 		 299 aa  94.4  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 280 aa  93.6  4e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 278 aa  93.2  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  33.54 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 266 aa  91.7  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.98 
 
 		 316 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  23.92 
 
 		 297 aa  91.7  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 268 aa  91.3  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  25.9 
 
 		 303 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  26.57 
 
 		 290 aa  90.1  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 294 aa  89.7  6e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  22.34 
 
 		 290 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 287 aa  87  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 310 aa  86.7  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  23.55 
 
 		 291 aa  86.3  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  29.88 
 
 		 263 aa  85.9  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  23.41 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  31.21 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 290 aa  84  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  38.38 
 
 		 282 aa  83.2  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  23.89 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 282 aa  82.8  0.000000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  29.56 
 
 		 287 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  24.16 
 
 		 311 aa  82  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  38.05 
 
 		 279 aa  82.4  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  36.97 
 
 		 274 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 280 aa  81.6  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 281 aa  81.3  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  26.45 
 
 		 287 aa  81.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>