More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4579 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_4579  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 312 aa  590  1e-167  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0357  porphobilinogen deaminase  63.73 
 
 		 322 aa  347  1e-94  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1014  porphobilinogen deaminase  61.98 
 
 		 313 aa  345  4e-94  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0827893  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10521  porphobilinogen deaminase  64.08 
 
 		 309 aa  343  2e-93  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0495  porphobilinogen deaminase  63.91 
 
 		 314 aa  341  9e-93  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0427  porphobilinogen deaminase  63.58 
 
 		 322 aa  339  2.9999999999999998e-92  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.751162  hitchhiker  0.00242186 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6729  porphobilinogen deaminase  63.67 
 
 		 313 aa  333  2e-90  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0066  porphobilinogen deaminase  62.09 
 
 		 312 aa  330  2e-89  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0447079  normal  0.735502 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0677  porphobilinogen deaminase  62.75 
 
 		 314 aa  328  9e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0690  porphobilinogen deaminase  62.75 
 
 		 314 aa  328  9e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.118278 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0845  porphobilinogen deaminase  61.44 
 
 		 312 aa  327  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.026448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02860  porphobilinogen deaminase  58.54 
 
 		 316 aa  326  2.0000000000000001e-88  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.302767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0670  porphobilinogen deaminase  62.42 
 
 		 314 aa  326  3e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0668  porphobilinogen deaminase  60.46 
 
 		 318 aa  317  1e-85  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4439  porphobilinogen deaminase  59.93 
 
 		 311 aa  316  3e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0262  porphobilinogen deaminase  56 
 
 		 303 aa  295  5e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.207863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0549  Hydroxymethylbilane synthase  54 
 
 		 306 aa  288  6e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.503516  normal  0.484278 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4371  porphobilinogen deaminase  56.31 
 
 		 335 aa  287  2e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1544  porphobilinogen deaminase  58.09 
 
 		 305 aa  285  5e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.471062  normal  0.491282 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8325  porphobilinogen deaminase  57.62 
 
 		 317 aa  284  1.0000000000000001e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.883441 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26790  hydroxymethylbilane synthase  54.93 
 
 		 337 aa  284  1.0000000000000001e-75  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2732  porphobilinogen deaminase  56.82 
 
 		 320 aa  280  3e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6130  porphobilinogen deaminase  53.43 
 
 		 354 aa  278  7e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.401748 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0486  porphobilinogen deaminase  50.29 
 
 		 395 aa  266  2.9999999999999995e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.471298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24400  hydroxymethylbilane synthase  57.89 
 
 		 358 aa  257  2e-67  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.485393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2767  porphobilinogen deaminase  55.56 
 
 		 332 aa  257  2e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00352178  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2489  porphobilinogen deaminase  54.1 
 
 		 332 aa  256  3e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000100869 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3252  porphobilinogen deaminase  56.73 
 
 		 343 aa  254  2.0000000000000002e-66  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0180697  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15190  porphobilinogen deaminase  54.03 
 
 		 377 aa  252  7e-66  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.229707  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0237  hydroxymethylbilane synthase  51.58 
 
 		 331 aa  251  2e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4012  porphobilinogen deaminase  60.14 
 
 		 334 aa  249  6e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.191711  normal  0.94998 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3437  porphobilinogen deaminase  57.25 
 
 		 342 aa  245  6.999999999999999e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.0000351099  decreased coverage  0.00118997 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36050  hydroxymethylbilane synthase  50.48 
 
 		 312 aa  241  7.999999999999999e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.000727024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  43.79 
 
 		 318 aa  235  8e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2492  porphobilinogen deaminase  54.41 
 
 		 344 aa  234  2.0000000000000002e-60  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0471431  normal  0.22632 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  43.89 
 
 		 309 aa  234  2.0000000000000002e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  45.21 
 
 		 351 aa  230  2e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3548  porphobilinogen deaminase  45.9 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  45.21 
 
 		 318 aa  231  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  44.44 
 
 		 318 aa  229  4e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  45.72 
 
 		 315 aa  229  5e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1750  porphobilinogen deaminase  47.37 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444396 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1124  porphobilinogen deaminase  39.81 
 
 		 311 aa  228  1e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.417261 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  44.77 
 
 		 310 aa  225  7e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  44.73 
 
 		 320 aa  224  1e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  44.73 
 
 		 320 aa  224  1e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  44.73 
 
 		 320 aa  224  1e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  44.73 
 
 		 318 aa  224  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  44.73 
 
 		 320 aa  224  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  44.73 
 
 		 318 aa  224  2e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  44.73 
 
 		 320 aa  224  2e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0685  hydroxymethylbilane synthase  42.02 
 
 		 306 aa  223  3e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  45.28 
 
 		 316 aa  223  4e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2492  porphobilinogen deaminase  47.35 
 
 		 314 aa  223  4e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.39329  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3180  porphobilinogen deaminase  42.81 
 
 		 309 aa  223  4e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2580  porphobilinogen deaminase  42.38 
 
 		 311 aa  222  7e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  44.92 
 
 		 313 aa  222  8e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  44.92 
 
 		 313 aa  222  8e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  44.74 
 
 		 313 aa  221  9e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0618  porphobilinogen deaminase  61.73 
 
 		 326 aa  221  9e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0490105 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3530  porphobilinogen deaminase  47.04 
 
 		 303 aa  221  9.999999999999999e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2030  porphobilinogen deaminase  46.56 
 
 		 303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550332  normal  0.807952 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  44.74 
 
 		 313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  42.63 
 
 		 317 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0093  porphobilinogen deaminase  44.84 
 
 		 309 aa  221  1.9999999999999999e-56  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.779159  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  42.43 
 
 		 317 aa  220  3e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1363  porphobilinogen deaminase  47.35 
 
 		 314 aa  219  3e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1289  porphobilinogen deaminase  45.91 
 
 		 324 aa  220  3e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  42.9 
 
 		 318 aa  219  3e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4551  porphobilinogen deaminase  43.46 
 
 		 309 aa  220  3e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1460  porphobilinogen deaminase  47.35 
 
 		 314 aa  219  3e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  37.91 
 
 		 310 aa  219  3e-56  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04137  porphobilinogen deaminase  46.58 
 
 		 304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.870517  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4600  porphobilinogen deaminase  43.14 
 
 		 309 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4361  porphobilinogen deaminase  43.46 
 
 		 309 aa  219  5e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.448902  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4696  porphobilinogen deaminase  43.46 
 
 		 309 aa  219  5e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  44.59 
 
 		 310 aa  219  5e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  42.9 
 
 		 318 aa  219  6e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  43.09 
 
 		 311 aa  219  6e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4555  porphobilinogen deaminase  43.14 
 
 		 309 aa  218  7e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  44.55 
 
 		 320 aa  218  7.999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  44.26 
 
 		 310 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  44.55 
 
 		 320 aa  218  7.999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  45.03 
 
 		 313 aa  218  7.999999999999999e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  44.41 
 
 		 313 aa  218  7.999999999999999e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  44.55 
 
 		 318 aa  218  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  44.19 
 
 		 317 aa  218  1e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4197  porphobilinogen deaminase  43.46 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  41.78 
 
 		 314 aa  218  1e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  44.26 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0652  porphobilinogen deaminase  42.81 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1375  porphobilinogen deaminase  47.35 
 
 		 313 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.192689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  43.93 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  43.93 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  43.93 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4582  porphobilinogen deaminase  42.81 
 
 		 309 aa  216  4e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  44.74 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  43.61 
 
 		 315 aa  216  4e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  43.05 
 
 		 311 aa  216  4e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  44.74 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>