More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_2492 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_2492  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 344 aa  660    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0471431  normal  0.22632 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1544  porphobilinogen deaminase  58.89 
 
 		 305 aa  267  2e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.471062  normal  0.491282 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36050  hydroxymethylbilane synthase  55.88 
 
 		 312 aa  265  1e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.000727024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3252  porphobilinogen deaminase  60.67 
 
 		 343 aa  261  1e-68  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0180697  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4012  porphobilinogen deaminase  56.99 
 
 		 334 aa  247  2e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.191711  normal  0.94998 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26790  hydroxymethylbilane synthase  55.94 
 
 		 337 aa  242  6e-63  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4439  porphobilinogen deaminase  53.79 
 
 		 311 aa  239  5.999999999999999e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3437  porphobilinogen deaminase  52.67 
 
 		 342 aa  238  8e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.0000351099  decreased coverage  0.00118997 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15190  porphobilinogen deaminase  52.31 
 
 		 377 aa  238  1e-61  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.229707  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2767  porphobilinogen deaminase  55.52 
 
 		 332 aa  238  2e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00352178  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2489  porphobilinogen deaminase  47.59 
 
 		 332 aa  236  3e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000100869 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24400  hydroxymethylbilane synthase  56.25 
 
 		 358 aa  236  5.0000000000000005e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.485393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4579  porphobilinogen deaminase  54.41 
 
 		 312 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4371  porphobilinogen deaminase  52.11 
 
 		 335 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2732  porphobilinogen deaminase  52.69 
 
 		 320 aa  227  2e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0262  porphobilinogen deaminase  48.08 
 
 		 303 aa  226  6e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.207863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0549  Hydroxymethylbilane synthase  51.69 
 
 		 306 aa  224  2e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.503516  normal  0.484278 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02860  porphobilinogen deaminase  49.81 
 
 		 316 aa  215  9.999999999999999e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.302767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8325  porphobilinogen deaminase  50.19 
 
 		 317 aa  214  9.999999999999999e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.883441 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  40.87 
 
 		 318 aa  211  2e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  39.71 
 
 		 318 aa  211  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1796  porphobilinogen deaminase  39.77 
 
 		 313 aa  209  5e-53  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.160972  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  41.57 
 
 		 318 aa  208  1e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0495  porphobilinogen deaminase  48.03 
 
 		 314 aa  207  1e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2163  porphobilinogen deaminase  37.43 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.138876  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6729  porphobilinogen deaminase  49.42 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0685  hydroxymethylbilane synthase  38.55 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1515  porphobilinogen deaminase  40.29 
 
 		 313 aa  202  6e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0893  porphobilinogen deaminase  39.71 
 
 		 313 aa  202  7e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1427  porphobilinogen deaminase  39.02 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1539  porphobilinogen deaminase  38.37 
 
 		 312 aa  201  1.9999999999999998e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0899347  hitchhiker  0.00290857 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1249  porphobilinogen deaminase  40.63 
 
 		 313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.280442 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0584  porphobilinogen deaminase  46.39 
 
 		 317 aa  200  3e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.415079 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  43.82 
 
 		 314 aa  199  3.9999999999999996e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  40.66 
 
 		 310 aa  199  5e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0237  hydroxymethylbilane synthase  46.33 
 
 		 331 aa  199  5e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  46.32 
 
 		 318 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  46.15 
 
 		 318 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0357  porphobilinogen deaminase  44.41 
 
 		 322 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0933  porphobilinogen deaminase  37.36 
 
 		 313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  45.32 
 
 		 310 aa  196  5.000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0618  porphobilinogen deaminase  55.91 
 
 		 326 aa  196  6e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0490105 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0950  porphobilinogen deaminase  39 
 
 		 313 aa  195  9e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0427  porphobilinogen deaminase  51.16 
 
 		 322 aa  194  2e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.751162  hitchhiker  0.00242186 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  38.08 
 
 		 312 aa  192  6e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  38.01 
 
 		 317 aa  192  6e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  43.87 
 
 		 309 aa  192  6e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1251  porphobilinogen deaminase  36.42 
 
 		 309 aa  192  9e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1347  porphobilinogen deaminase  46.64 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6130  porphobilinogen deaminase  47.79 
 
 		 354 aa  191  2e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.401748 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  45.56 
 
 		 315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1273  porphobilinogen deaminase  46.21 
 
 		 315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0872  porphobilinogen deaminase  42.09 
 
 		 310 aa  190  4e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1375  porphobilinogen deaminase  40.7 
 
 		 313 aa  189  4e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.192689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  42.7 
 
 		 309 aa  190  4e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  37.13 
 
 		 309 aa  189  5e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0093  porphobilinogen deaminase  45.7 
 
 		 309 aa  189  5e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.779159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0899  porphobilinogen deaminase  34.08 
 
 		 308 aa  189  5.999999999999999e-47  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.28159  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0652  porphobilinogen deaminase  43.68 
 
 		 309 aa  189  7e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4309  porphobilinogen deaminase  43.68 
 
 		 309 aa  189  8e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2580  porphobilinogen deaminase  40.5 
 
 		 311 aa  188  9e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  38.84 
 
 		 322 aa  188  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0502  porphobilinogen deaminase  46.1 
 
 		 312 aa  188  1e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000513467  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4600  porphobilinogen deaminase  43.32 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4555  porphobilinogen deaminase  43.32 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  42.6 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  41.52 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4582  porphobilinogen deaminase  43.32 
 
 		 309 aa  187  3e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  36.13 
 
 		 321 aa  187  3e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  44.24 
 
 		 313 aa  187  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4197  porphobilinogen deaminase  43.32 
 
 		 309 aa  186  5e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4551  porphobilinogen deaminase  43.32 
 
 		 309 aa  186  5e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2030  porphobilinogen deaminase  42.62 
 
 		 303 aa  186  5e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550332  normal  0.807952 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0677  porphobilinogen deaminase  47.89 
 
 		 314 aa  186  5e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0690  porphobilinogen deaminase  47.89 
 
 		 314 aa  186  5e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.118278 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4208  porphobilinogen deaminase  43.32 
 
 		 309 aa  186  7e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  36.15 
 
 		 310 aa  186  7e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4361  porphobilinogen deaminase  43.32 
 
 		 309 aa  185  8e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.448902  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4696  porphobilinogen deaminase  43.32 
 
 		 309 aa  185  8e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0486  porphobilinogen deaminase  44.76 
 
 		 395 aa  185  9e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.471298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3090  porphobilinogen deaminase  40.36 
 
 		 331 aa  185  9e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  38.08 
 
 		 313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0670  porphobilinogen deaminase  47.51 
 
 		 314 aa  185  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  36.55 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  43.07 
 
 		 315 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  38.37 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10521  porphobilinogen deaminase  46.74 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3180  porphobilinogen deaminase  41.79 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2232  porphobilinogen deaminase  43.73 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.495959  normal  0.0113482 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3202  porphobilinogen deaminase  40 
 
 		 318 aa  183  3e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0969809  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0525  porphobilinogen deaminase  41.88 
 
 		 311 aa  183  3e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  37.13 
 
 		 310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3002  hydroxymethylbilane synthase  44.57 
 
 		 317 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00423817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1750  porphobilinogen deaminase  45.15 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444396 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12370  porphobilinogen deaminase  44.66 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0668  porphobilinogen deaminase  46.95 
 
 		 318 aa  182  6e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  40.88 
 
 		 310 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  40.88 
 
 		 310 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  40.88 
 
 		 310 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4968  porphobilinogen deaminase  41.39 
 
 		 322 aa  182  9.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>