More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1014 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_1014  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 313 aa  593  1e-168  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0827893  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0668  porphobilinogen deaminase  73.53 
 
 		 318 aa  416  9.999999999999999e-116  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10521  porphobilinogen deaminase  70.63 
 
 		 309 aa  409  1e-113  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0670  porphobilinogen deaminase  69.74 
 
 		 314 aa  401  1e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0677  porphobilinogen deaminase  69.74 
 
 		 314 aa  402  1e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0690  porphobilinogen deaminase  69.74 
 
 		 314 aa  402  1e-111  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.118278 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0066  porphobilinogen deaminase  71.05 
 
 		 312 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0447079  normal  0.735502 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0845  porphobilinogen deaminase  71.05 
 
 		 312 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.026448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4579  porphobilinogen deaminase  61.98 
 
 		 312 aa  345  4e-94  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6729  porphobilinogen deaminase  61.74 
 
 		 313 aa  345  7e-94  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02860  porphobilinogen deaminase  59.24 
 
 		 316 aa  342  2.9999999999999997e-93  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.302767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0427  porphobilinogen deaminase  57.76 
 
 		 322 aa  313  2.9999999999999996e-84  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.751162  hitchhiker  0.00242186 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0357  porphobilinogen deaminase  56.77 
 
 		 322 aa  307  1.0000000000000001e-82  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0495  porphobilinogen deaminase  54.66 
 
 		 314 aa  290  2e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0262  porphobilinogen deaminase  53.27 
 
 		 303 aa  276  2e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.207863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0549  Hydroxymethylbilane synthase  52.61 
 
 		 306 aa  273  2.0000000000000002e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.503516  normal  0.484278 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4439  porphobilinogen deaminase  54.43 
 
 		 311 aa  273  3e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0237  hydroxymethylbilane synthase  51.46 
 
 		 331 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4371  porphobilinogen deaminase  50.64 
 
 		 335 aa  250  3e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24400  hydroxymethylbilane synthase  57.85 
 
 		 358 aa  248  8e-65  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.485393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2732  porphobilinogen deaminase  51.59 
 
 		 320 aa  248  1e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6130  porphobilinogen deaminase  48.06 
 
 		 354 aa  247  2e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.401748 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1544  porphobilinogen deaminase  52.31 
 
 		 305 aa  240  2.9999999999999997e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.471062  normal  0.491282 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8325  porphobilinogen deaminase  49.84 
 
 		 317 aa  237  2e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.883441 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0486  porphobilinogen deaminase  46.8 
 
 		 395 aa  235  6e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.471298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26790  hydroxymethylbilane synthase  45.72 
 
 		 337 aa  220  1.9999999999999999e-56  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  43.42 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1347  porphobilinogen deaminase  45.1 
 
 		 309 aa  217  2.9999999999999998e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1124  porphobilinogen deaminase  42.09 
 
 		 311 aa  216  2.9999999999999998e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.417261 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3252  porphobilinogen deaminase  48.74 
 
 		 343 aa  215  7e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0180697  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15190  porphobilinogen deaminase  47.08 
 
 		 377 aa  213  2.9999999999999995e-54  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.229707  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2163  porphobilinogen deaminase  40.13 
 
 		 309 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.138876  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0618  porphobilinogen deaminase  51.83 
 
 		 326 aa  213  4.9999999999999996e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0490105 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36050  hydroxymethylbilane synthase  45.89 
 
 		 312 aa  212  5.999999999999999e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.000727024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  42.72 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  44.26 
 
 		 311 aa  210  2e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  41.23 
 
 		 309 aa  209  6e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  43.51 
 
 		 318 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2767  porphobilinogen deaminase  48.17 
 
 		 332 aa  208  1e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00352178  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  43.51 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2492  porphobilinogen deaminase  46.25 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.39329  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  43.51 
 
 		 320 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  43.51 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2489  porphobilinogen deaminase  46.59 
 
 		 332 aa  207  2e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000100869 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  43.51 
 
 		 320 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  40.78 
 
 		 317 aa  206  5e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  40.58 
 
 		 314 aa  205  9e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3437  porphobilinogen deaminase  50.54 
 
 		 342 aa  204  1e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.0000351099  decreased coverage  0.00118997 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1460  porphobilinogen deaminase  45.6 
 
 		 314 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1363  porphobilinogen deaminase  45.6 
 
 		 314 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  41.94 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  41.29 
 
 		 312 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  41.94 
 
 		 310 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0872  porphobilinogen deaminase  43.83 
 
 		 310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3180  porphobilinogen deaminase  39.1 
 
 		 309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  42.58 
 
 		 318 aa  200  3e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1375  porphobilinogen deaminase  46.91 
 
 		 313 aa  200  3e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.192689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  42.53 
 
 		 320 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  42.53 
 
 		 320 aa  199  5e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  42.53 
 
 		 320 aa  199  5e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  42.53 
 
 		 320 aa  199  5e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  42.53 
 
 		 320 aa  199  6e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  40.06 
 
 		 310 aa  199  6e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  42.58 
 
 		 313 aa  199  7e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  42.58 
 
 		 313 aa  199  7e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  42.58 
 
 		 318 aa  199  7e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  41.61 
 
 		 310 aa  198  9e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  42.58 
 
 		 315 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2580  porphobilinogen deaminase  40.32 
 
 		 311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  41.29 
 
 		 310 aa  196  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  41.29 
 
 		 310 aa  196  3e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0652  porphobilinogen deaminase  39.23 
 
 		 309 aa  196  3e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  41.29 
 
 		 310 aa  196  3e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  42.49 
 
 		 317 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1251  porphobilinogen deaminase  39.74 
 
 		 309 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  38.54 
 
 		 310 aa  196  5.000000000000001e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  41.61 
 
 		 310 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  41.61 
 
 		 310 aa  196  6e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  42.9 
 
 		 322 aa  196  6e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  41.61 
 
 		 310 aa  196  6e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  40 
 
 		 312 aa  195  7e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0093  porphobilinogen deaminase  42.58 
 
 		 309 aa  195  8.000000000000001e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.779159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  41.61 
 
 		 310 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1750  porphobilinogen deaminase  44.19 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444396 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  40.78 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  42.53 
 
 		 313 aa  194  1e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4555  porphobilinogen deaminase  38.91 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4197  porphobilinogen deaminase  39.23 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4208  porphobilinogen deaminase  39.23 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4551  porphobilinogen deaminase  38.91 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1398  porphobilinogen deaminase  46.25 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.113655 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  41.61 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4600  porphobilinogen deaminase  38.91 
 
 		 309 aa  193  3e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4361  porphobilinogen deaminase  38.91 
 
 		 309 aa  193  3e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.448902  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4012  porphobilinogen deaminase  48.94 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.191711  normal  0.94998 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4696  porphobilinogen deaminase  38.91 
 
 		 309 aa  193  3e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2170  porphobilinogen deaminase  39.29 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.160302  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  42.21 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  42.11 
 
 		 315 aa  193  4e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2030  porphobilinogen deaminase  44.16 
 
 		 303 aa  193  4e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550332  normal  0.807952 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>