More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0357 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_0357  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 322 aa  615  1e-175  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0427  porphobilinogen deaminase  93.48 
 
 		 322 aa  575  1.0000000000000001e-163  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.751162  hitchhiker  0.00242186 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4579  porphobilinogen deaminase  63.73 
 
 		 312 aa  347  1e-94  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6729  porphobilinogen deaminase  61.11 
 
 		 313 aa  315  6e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10521  porphobilinogen deaminase  58.2 
 
 		 309 aa  311  9e-84  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1014  porphobilinogen deaminase  56.77 
 
 		 313 aa  307  1.0000000000000001e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0827893  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0495  porphobilinogen deaminase  56.17 
 
 		 314 aa  301  7.000000000000001e-81  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0668  porphobilinogen deaminase  56.77 
 
 		 318 aa  298  7e-80  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0066  porphobilinogen deaminase  54.84 
 
 		 312 aa  295  5e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0447079  normal  0.735502 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02860  porphobilinogen deaminase  55.56 
 
 		 316 aa  295  9e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.302767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0677  porphobilinogen deaminase  54.19 
 
 		 314 aa  293  2e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0690  porphobilinogen deaminase  54.19 
 
 		 314 aa  293  2e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.118278 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0845  porphobilinogen deaminase  55.99 
 
 		 312 aa  294  2e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.026448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4439  porphobilinogen deaminase  56.73 
 
 		 311 aa  293  4e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0670  porphobilinogen deaminase  53.87 
 
 		 314 aa  292  5e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0549  Hydroxymethylbilane synthase  53.92 
 
 		 306 aa  277  2e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.503516  normal  0.484278 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6130  porphobilinogen deaminase  53.39 
 
 		 354 aa  275  6e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.401748 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0262  porphobilinogen deaminase  52.9 
 
 		 303 aa  269  4e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.207863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0486  porphobilinogen deaminase  50.72 
 
 		 395 aa  268  7e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.471298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8325  porphobilinogen deaminase  54.64 
 
 		 317 aa  261  1e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.883441 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2732  porphobilinogen deaminase  54.02 
 
 		 320 aa  260  2e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1544  porphobilinogen deaminase  53.92 
 
 		 305 aa  260  2e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.471062  normal  0.491282 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4371  porphobilinogen deaminase  51.76 
 
 		 335 aa  256  4e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26790  hydroxymethylbilane synthase  50.9 
 
 		 337 aa  248  1e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0237  hydroxymethylbilane synthase  51.27 
 
 		 331 aa  247  2e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24400  hydroxymethylbilane synthase  60.41 
 
 		 358 aa  243  3.9999999999999997e-63  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.485393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3252  porphobilinogen deaminase  56.79 
 
 		 343 aa  238  1e-61  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0180697  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36050  hydroxymethylbilane synthase  49.52 
 
 		 312 aa  229  4e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.000727024  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3437  porphobilinogen deaminase  53.57 
 
 		 342 aa  227  2e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.0000351099  decreased coverage  0.00118997 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15190  porphobilinogen deaminase  48.74 
 
 		 377 aa  226  4e-58  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.229707  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  44.74 
 
 		 309 aa  226  5.0000000000000005e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2767  porphobilinogen deaminase  50.84 
 
 		 332 aa  224  2e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00352178  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  43.69 
 
 		 310 aa  223  4e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2492  porphobilinogen deaminase  46.65 
 
 		 314 aa  223  4e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.39329  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1124  porphobilinogen deaminase  41.4 
 
 		 311 aa  221  9.999999999999999e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.417261 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4012  porphobilinogen deaminase  56.83 
 
 		 334 aa  219  3.9999999999999997e-56  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.191711  normal  0.94998 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1363  porphobilinogen deaminase  46.33 
 
 		 314 aa  219  5e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1460  porphobilinogen deaminase  46.33 
 
 		 314 aa  219  5e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2489  porphobilinogen deaminase  48.48 
 
 		 332 aa  219  6e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000100869 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  44.44 
 
 		 318 aa  217  2e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0618  porphobilinogen deaminase  54.25 
 
 		 326 aa  216  5e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0490105 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1375  porphobilinogen deaminase  46.96 
 
 		 313 aa  215  7e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.192689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  42.43 
 
 		 309 aa  215  9e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  42.76 
 
 		 314 aa  212  7e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  43.69 
 
 		 318 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  43.69 
 
 		 320 aa  211  1e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  45.39 
 
 		 351 aa  211  1e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  43.42 
 
 		 317 aa  211  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  43.69 
 
 		 320 aa  211  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  43.69 
 
 		 320 aa  211  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  43.69 
 
 		 313 aa  211  2e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  43.69 
 
 		 313 aa  211  2e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  41.25 
 
 		 311 aa  211  2e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  43.37 
 
 		 320 aa  209  4e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  43.37 
 
 		 318 aa  209  4e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1750  porphobilinogen deaminase  45.45 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444396 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  43.04 
 
 		 320 aa  208  9e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  42.48 
 
 		 318 aa  208  1e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0502  porphobilinogen deaminase  45.72 
 
 		 312 aa  207  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000513467  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  42.43 
 
 		 309 aa  207  1e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  43.09 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0093  porphobilinogen deaminase  44.44 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.779159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2030  porphobilinogen deaminase  45.45 
 
 		 303 aa  207  3e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550332  normal  0.807952 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  43.37 
 
 		 320 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  43.37 
 
 		 320 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  43.37 
 
 		 313 aa  205  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  43.37 
 
 		 318 aa  205  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  44.41 
 
 		 315 aa  205  7e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  43.37 
 
 		 313 aa  205  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0685  hydroxymethylbilane synthase  41.75 
 
 		 306 aa  205  8e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  41.18 
 
 		 317 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2163  porphobilinogen deaminase  37.82 
 
 		 309 aa  203  3e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.138876  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  42.76 
 
 		 315 aa  203  3e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  42.62 
 
 		 312 aa  203  4e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  45.39 
 
 		 313 aa  203  4e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  44.74 
 
 		 322 aa  203  4e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  42.62 
 
 		 312 aa  202  5e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1347  porphobilinogen deaminase  44.27 
 
 		 309 aa  202  6e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  41.75 
 
 		 313 aa  202  7e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1427  porphobilinogen deaminase  39.43 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1515  porphobilinogen deaminase  39.75 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  42.63 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  42.35 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0652  porphobilinogen deaminase  42.48 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3548  porphobilinogen deaminase  44.08 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  41.23 
 
 		 310 aa  200  3e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3180  porphobilinogen deaminase  41.83 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0893  porphobilinogen deaminase  39.75 
 
 		 313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  42.43 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  36.45 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1838  porphobilinogen deaminase  45.75 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  42.11 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  42.11 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  42.11 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  42.11 
 
 		 310 aa  199  5e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  42.11 
 
 		 310 aa  199  5e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  41.45 
 
 		 309 aa  199  5e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4208  porphobilinogen deaminase  42.36 
 
 		 309 aa  199  6e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2580  porphobilinogen deaminase  40.85 
 
 		 311 aa  199  7e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  40 
 
 		 321 aa  199  7e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>