More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6729 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_6729  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 313 aa  593  1e-168  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02860  porphobilinogen deaminase  69.77 
 
 		 316 aa  414  1e-114  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.302767  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0668  porphobilinogen deaminase  68.46 
 
 		 318 aa  373  1e-102  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10521  porphobilinogen deaminase  64.09 
 
 		 309 aa  354  8.999999999999999e-97  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0845  porphobilinogen deaminase  62.26 
 
 		 312 aa  349  3e-95  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.026448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0677  porphobilinogen deaminase  62.75 
 
 		 314 aa  349  4e-95  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0690  porphobilinogen deaminase  62.75 
 
 		 314 aa  349  4e-95  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.118278 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0670  porphobilinogen deaminase  62.42 
 
 		 314 aa  348  9e-95  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0066  porphobilinogen deaminase  63.21 
 
 		 312 aa  346  3e-94  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0447079  normal  0.735502 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1014  porphobilinogen deaminase  61.74 
 
 		 313 aa  345  7e-94  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0827893  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4579  porphobilinogen deaminase  63.67 
 
 		 312 aa  333  2e-90  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0357  porphobilinogen deaminase  61.11 
 
 		 322 aa  315  5e-85  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0427  porphobilinogen deaminase  60.13 
 
 		 322 aa  309  2.9999999999999997e-83  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.751162  hitchhiker  0.00242186 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0495  porphobilinogen deaminase  58.36 
 
 		 314 aa  308  1.0000000000000001e-82  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6130  porphobilinogen deaminase  52.71 
 
 		 354 aa  276  3e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.401748 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1544  porphobilinogen deaminase  57.25 
 
 		 305 aa  270  2.9999999999999997e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.471062  normal  0.491282 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4439  porphobilinogen deaminase  55.37 
 
 		 311 aa  268  1e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0486  porphobilinogen deaminase  49.42 
 
 		 395 aa  267  2e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.471298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24400  hydroxymethylbilane synthase  58.7 
 
 		 358 aa  261  1e-68  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.485393  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0262  porphobilinogen deaminase  52.65 
 
 		 303 aa  258  9e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.207863  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4371  porphobilinogen deaminase  50 
 
 		 335 aa  257  2e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0549  Hydroxymethylbilane synthase  52.86 
 
 		 306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.503516  normal  0.484278 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8325  porphobilinogen deaminase  54.49 
 
 		 317 aa  248  6e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.883441 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0237  hydroxymethylbilane synthase  54.3 
 
 		 331 aa  248  8e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2732  porphobilinogen deaminase  51.63 
 
 		 320 aa  245  6e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26790  hydroxymethylbilane synthase  56.13 
 
 		 337 aa  233  5e-60  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0618  porphobilinogen deaminase  51.48 
 
 		 326 aa  221  9.999999999999999e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0490105 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3437  porphobilinogen deaminase  51.96 
 
 		 342 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.0000351099  decreased coverage  0.00118997 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15190  porphobilinogen deaminase  47.88 
 
 		 377 aa  219  3.9999999999999997e-56  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.229707  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4012  porphobilinogen deaminase  54.86 
 
 		 334 aa  217  2e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.191711  normal  0.94998 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1750  porphobilinogen deaminase  45.63 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444396 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2030  porphobilinogen deaminase  46.28 
 
 		 303 aa  216  4e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550332  normal  0.807952 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  43.42 
 
 		 309 aa  216  4e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1124  porphobilinogen deaminase  42.02 
 
 		 311 aa  215  9e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.417261 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3548  porphobilinogen deaminase  44.66 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3252  porphobilinogen deaminase  50.32 
 
 		 343 aa  212  5.999999999999999e-54  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0180697  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36050  hydroxymethylbilane synthase  48.71 
 
 		 312 aa  212  7.999999999999999e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.000727024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  42.62 
 
 		 311 aa  211  1e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2489  porphobilinogen deaminase  51.85 
 
 		 332 aa  210  2e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000100869 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  42.22 
 
 		 318 aa  203  3e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2492  porphobilinogen deaminase  49.42 
 
 		 344 aa  203  3e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0471431  normal  0.22632 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  43.09 
 
 		 351 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2163  porphobilinogen deaminase  39.03 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.138876  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1347  porphobilinogen deaminase  43.46 
 
 		 309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  40.91 
 
 		 314 aa  200  3e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2767  porphobilinogen deaminase  49.63 
 
 		 332 aa  199  5e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00352178  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  38.76 
 
 		 318 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0093  porphobilinogen deaminase  43.61 
 
 		 309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.779159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04137  porphobilinogen deaminase  46.05 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.870517  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  40.95 
 
 		 321 aa  196  6e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  41.6 
 
 		 310 aa  195  8.000000000000001e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  39.94 
 
 		 318 aa  195  9e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  41.23 
 
 		 310 aa  195  1e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  39.29 
 
 		 318 aa  194  2e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  41.58 
 
 		 317 aa  193  4e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2492  porphobilinogen deaminase  43.33 
 
 		 314 aa  192  6e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.39329  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  42.62 
 
 		 318 aa  192  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3530  porphobilinogen deaminase  44.92 
 
 		 303 aa  192  9e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  42.62 
 
 		 320 aa  192  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  42.62 
 
 		 320 aa  192  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  42.62 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  42.62 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4848  porphobilinogen deaminase  44.74 
 
 		 309 aa  191  2e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  38.96 
 
 		 318 aa  190  2e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1363  porphobilinogen deaminase  43 
 
 		 314 aa  189  4e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1460  porphobilinogen deaminase  43 
 
 		 314 aa  189  4e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  43.52 
 
 		 316 aa  189  5e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1838  porphobilinogen deaminase  44.04 
 
 		 305 aa  188  8e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  42.62 
 
 		 313 aa  187  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5316  porphobilinogen deaminase  45.68 
 
 		 309 aa  188  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  41.97 
 
 		 320 aa  188  1e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0318  porphobilinogen deaminase  35.86 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  41.97 
 
 		 318 aa  187  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  40.86 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  42.33 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  41.97 
 
 		 318 aa  187  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  41.97 
 
 		 313 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  41.97 
 
 		 320 aa  187  3e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  41.97 
 
 		 320 aa  187  3e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  41.97 
 
 		 313 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  41.97 
 
 		 320 aa  187  3e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  40.13 
 
 		 309 aa  187  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  41.64 
 
 		 320 aa  186  6e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  39.74 
 
 		 310 aa  185  9e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  43.05 
 
 		 322 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  40.45 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  41.25 
 
 		 317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1289  porphobilinogen deaminase  42.45 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1398  porphobilinogen deaminase  45.63 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.113655 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1237  porphobilinogen deaminase  37.87 
 
 		 285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2839  porphobilinogen deaminase  44.11 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  42.72 
 
 		 312 aa  183  3e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12370  porphobilinogen deaminase  42.31 
 
 		 313 aa  183  3e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  40.46 
 
 		 313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  42 
 
 		 313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  39.93 
 
 		 309 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0685  hydroxymethylbilane synthase  39.48 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1375  porphobilinogen deaminase  42.86 
 
 		 313 aa  182  7e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.192689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  41.2 
 
 		 311 aa  182  8.000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  41.58 
 
 		 312 aa  182  8.000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>