More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_3522 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_3522  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
173 aa  350  5e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.971097 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3565  RNA polymerase sigma factor  48.61 
 
 
182 aa  129  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0489547  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6692  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.78 
 
 
240 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7431  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.06 
 
 
240 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872807  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1033  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.53 
 
 
246 aa  124  9e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3241  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.03 
 
 
190 aa  124  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3835  RNA polymerase sigma factor  43.87 
 
 
187 aa  123  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.72947  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5390  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.31 
 
 
181 aa  122  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122052  normal  0.314639 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5928  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.8 
 
 
263 aa  122  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3107  RNA polymerase sigma factor  46.63 
 
 
183 aa  122  4e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4926  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.3 
 
 
244 aa  120  8e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.490233  normal  0.751611 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.17 
 
 
243 aa  120  9e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0840951  normal  0.234791 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.59 
 
 
181 aa  119  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4462  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  46.3 
 
 
271 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4976  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.3 
 
 
244 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.638182  normal  0.0608539 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4026  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.17 
 
 
198 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108875  normal  0.868186 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.53 
 
 
185 aa  117  7.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.140737 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.09 
 
 
181 aa  117  9e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1217  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.78 
 
 
246 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1829  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.6 
 
 
246 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2820  RNA polymerase sigma factor  47.55 
 
 
197 aa  115  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_004310  BR1658  RNA polymerase sigma factor  44.51 
 
 
190 aa  114  6e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1605  RNA polymerase sigma factor  44.51 
 
 
190 aa  114  6e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3287  sigma-24 (FecI)  46.26 
 
 
278 aa  114  6.9999999999999995e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1248  RNA polymerase sigma factor  43.9 
 
 
190 aa  114  7.999999999999999e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3024  RNA polymerase sigma factor  42.94 
 
 
185 aa  111  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.023192  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2345  RNA polymerase sigma factor  42.59 
 
 
184 aa  110  8.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0608175  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3276  RNA polymerase sigma factor  42.94 
 
 
185 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846469 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5992  RNA polymerase sigma factor  41.67 
 
 
188 aa  110  9e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2773  RNA polymerase sigma factor  40.12 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1362  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40 
 
 
253 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00683683 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.03 
 
 
201 aa  108  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.043222 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3572  RNA polymerase sigma factor  40.12 
 
 
181 aa  108  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2723  RNA polymerase sigma factor  42.96 
 
 
185 aa  108  5e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4030  RNA polymerase sigma factor  40.12 
 
 
182 aa  107  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2060  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.07 
 
 
195 aa  107  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0951622  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1386  RNA polymerase sigma factor  40.12 
 
 
181 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4706  RNA polymerase sigma factor  40.12 
 
 
181 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1272  RNA polymerase sigma factor  44.44 
 
 
194 aa  105  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1366  RNA polymerase sigma factor  40.12 
 
 
181 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2683  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.86 
 
 
229 aa  105  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.606865  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2930  RNA polymerase sigma factor  44.44 
 
 
194 aa  105  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1554  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.7 
 
 
246 aa  105  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.278171  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0903  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.58 
 
 
234 aa  105  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.255496  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.85 
 
 
229 aa  104  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.072545  normal  0.0106321 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0284  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.45 
 
 
211 aa  104  5e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.725237  normal  0.366803 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2701  RNA polymerase sigma factor  44.44 
 
 
194 aa  104  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2681  sigma factor, RpoE  42.47 
 
 
168 aa  104  7e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5355  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.75 
 
 
248 aa  104  7e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5412  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.75 
 
 
248 aa  104  7e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1666  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.67 
 
 
176 aa  104  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.47725  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.47 
 
 
168 aa  104  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.193487 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4870  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  38.75 
 
 
248 aa  104  8e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.233795  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0485  sigma-24 (FecI-like)  39.87 
 
 
202 aa  102  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1318  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.06 
 
 
237 aa  102  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0623  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.21 
 
 
250 aa  102  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511458  hitchhiker  0.00478886 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0268  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.95 
 
 
234 aa  102  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1159  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  44.06 
 
 
234 aa  101  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.920505  normal  0.305303 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4376  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.67 
 
 
173 aa  102  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3924  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.67 
 
 
231 aa  101  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2784  sigma-24 (FecI)  39.74 
 
 
176 aa  101  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.313744 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1220  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.06 
 
 
167 aa  101  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0980579 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1709  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.67 
 
 
172 aa  101  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2078  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.65 
 
 
249 aa  100  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0849144 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4151  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.58 
 
 
240 aa  100  8e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0220561  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1057  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.06 
 
 
226 aa  100  9e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.495081 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1154  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  42.95 
 
 
173 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1187  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  42.95 
 
 
173 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.140841  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0014  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  42.95 
 
 
173 aa  100  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1413  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  42.95 
 
 
173 aa  100  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.113039  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0146  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  42.95 
 
 
173 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169169  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0425  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  42.95 
 
 
173 aa  100  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.303094  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0458  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  42.47 
 
 
226 aa  99  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.6635 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5153  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.89 
 
 
249 aa  98.6  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.67 
 
 
201 aa  98.6  4e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.524534 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  42.28 
 
 
173 aa  98.2  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215371  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.51 
 
 
249 aa  97.8  6e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523982  normal  0.0336544 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.38 
 
 
172 aa  96.7  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.747529 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3118  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.54 
 
 
234 aa  96.7  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1387  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  41.18 
 
 
173 aa  96.3  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00286946  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.71 
 
 
211 aa  96.3  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285949  normal  0.371248 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2606  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.21 
 
 
234 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850912  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2578  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  45.21 
 
 
269 aa  96.7  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2801  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.21 
 
 
235 aa  96.3  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0678244  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0746  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.93 
 
 
237 aa  95.1  5e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1961  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.18 
 
 
198 aa  94.4  8e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.886871  normal  0.167315 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1447  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.97 
 
 
192 aa  93.6  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3972  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.65 
 
 
175 aa  94  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.892642  normal  0.300179 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3786  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.24 
 
 
180 aa  93.2  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2548  sigma-24 (FecI-like)  38.67 
 
 
183 aa  92.8  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.339201  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1277  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.55 
 
 
260 aa  92.8  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151215  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0521  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  39.19 
 
 
166 aa  91.7  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1137  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.76 
 
 
157 aa  91.7  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5591  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.87 
 
 
173 aa  90.9  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0697361  hitchhiker  0.00510945 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4833  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.97 
 
 
231 aa  90.5  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.149423  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6886  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.36 
 
 
227 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2755  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.58 
 
 
171 aa  89  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1650  RNA polymerase sigma factor  37.33 
 
 
187 aa  89  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  hitchhiker  0.00656272  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5247  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.54 
 
 
175 aa  88.2  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.161053  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1671  sigma-24 (FecI)  35.29 
 
 
172 aa  88.2  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.200883 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>