More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3401 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_3401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
318 aa  643    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.09 
 
 
309 aa  377  1e-103  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1791  short chain dehydrogenase  60.81 
 
 
285 aa  319  3e-86  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0146977  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1810  short chain dehydrogenase  60.81 
 
 
285 aa  319  3.9999999999999996e-86  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1857  short chain dehydrogenase  60.81 
 
 
285 aa  319  3.9999999999999996e-86  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2823  short chain dehydrogenase  55.04 
 
 
292 aa  318  9e-86  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00207351  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2034  short chain dehydrogenase  61.19 
 
 
290 aa  316  3e-85  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.304907  normal  0.959562 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4313  short chain dehydrogenase  58.24 
 
 
290 aa  308  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13074  short chain dehydrogenase  59.34 
 
 
287 aa  307  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.486367 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2840  short chain dehydrogenase  50.92 
 
 
302 aa  265  5e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.28747  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.88 
 
 
279 aa  155  7e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
244 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.07 
 
 
275 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.433019  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
271 aa  138  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2470  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
244 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8731  short chain dehydrogenase  36.69 
 
 
590 aa  135  9e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.199229  normal  0.347677 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6830  oxidoreductase  34.88 
 
 
265 aa  135  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
248 aa  133  3.9999999999999996e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
246 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.11 
 
 
295 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.35 
 
 
280 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0817481  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
258 aa  132  5e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33830  short chain dehydrogenase  38.34 
 
 
568 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.58 
 
 
275 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0498761  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12242  short chain dehydrogenase  37.71 
 
 
592 aa  130  3e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0208017  normal  0.29752 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
588 aa  129  5.0000000000000004e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1506  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.1 
 
 
279 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00711463  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.04 
 
 
276 aa  129  6e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.138576  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.08 
 
 
281 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1020  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
273 aa  128  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.812094 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3398  short chain dehydrogenase  32.83 
 
 
595 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
238 aa  129  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.399765 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4969  short chain dehydrogenase  32.83 
 
 
595 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.300188  normal  0.358584 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5317  short chain dehydrogenase  32.83 
 
 
595 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.247804  normal  0.120372 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1790  short chain dehydrogenase  33.12 
 
 
307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000125648 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4910  short chain dehydrogenase  32.84 
 
 
595 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
282 aa  128  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.193827 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.05 
 
 
246 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.05 
 
 
246 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.03 
 
 
264 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.77 
 
 
317 aa  126  4.0000000000000003e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
233 aa  127  4.0000000000000003e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000223483  normal  0.996665 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4391  short chain dehydrogenase  32.46 
 
 
618 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.21601 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2186  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.97 
 
 
241 aa  125  8.000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.86 
 
 
252 aa  125  9e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
274 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.879856  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0709  short chain dehydrogenase  32.08 
 
 
595 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.23 
 
 
275 aa  125  1e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00962961  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.24 
 
 
602 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
274 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0106138  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  33.2 
 
 
295 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
274 aa  125  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.201544 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.5 
 
 
280 aa  125  1e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000963224  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1997  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  29.66 
 
 
259 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2000  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  29.66 
 
 
259 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21050  short chain dehydrogenase  31.73 
 
 
592 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4855  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.52 
 
 
274 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
286 aa  124  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.068211 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4205  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.93 
 
 
264 aa  123  3e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2174  short chain dehydrogenase  32.23 
 
 
596 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.828892  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.18 
 
 
238 aa  124  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0820  short chain dehydrogenase  32.23 
 
 
596 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.72 
 
 
305 aa  123  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0913  short chain dehydrogenase  32.23 
 
 
596 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4049  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.91 
 
 
238 aa  123  5e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1796  short chain dehydrogenase  32.67 
 
 
590 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.425571  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.89 
 
 
298 aa  122  6e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.08 
 
 
302 aa  122  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176242  normal  0.778008 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
268 aa  122  9e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0943  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.57 
 
 
293 aa  122  9e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2115  hypothetical protein  39.36 
 
 
292 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
294 aa  121  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.199953  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  32.52 
 
 
295 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.34 
 
 
263 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.325129 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0992  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  30.93 
 
 
264 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.66 
 
 
264 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3889  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.66 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.674087  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4268  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  29.66 
 
 
264 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4357  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.66 
 
 
264 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1808  short chain dehydrogenase  31.5 
 
 
596 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.67175  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  32.92 
 
 
246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1295  short chain dehydrogenase  29.43 
 
 
602 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.101432  normal  0.699766 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.33 
 
 
296 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6766  putative short-chain dehydrogenase  31.6 
 
 
279 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1494  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.08 
 
 
239 aa  120  3e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000128809  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.68 
 
 
310 aa  120  3e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.190304  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2719  short chain dehydrogenase family protein  26.99 
 
 
273 aa  120  3e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.272681  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4244  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  30.51 
 
 
264 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3649  short chain dehydrogenase  31.32 
 
 
595 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.236438  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5037  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.98 
 
 
238 aa  120  3.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.293143  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
278 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.89 
 
 
296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3482  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.9 
 
 
261 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.059744  normal  0.189597 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01992  short chain dehydrogenase  29.92 
 
 
276 aa  119  6e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000620206  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.98 
 
 
260 aa  119  6e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175664  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1144  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.32 
 
 
307 aa  119  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.151567  normal  0.117156 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.34 
 
 
312 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169146  normal  0.55969 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.56 
 
 
280 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0155651  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3881  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase  32.66 
 
 
264 aa  119  9e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>