More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2745 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_2745  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  100 
 
 
641 aa  1253    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2294  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  53.07 
 
 
598 aa  468  9.999999999999999e-131  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0903  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  43.2 
 
 
580 aa  342  2e-92  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0479062 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0897  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  43.04 
 
 
580 aa  340  5.9999999999999996e-92  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0914  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  43.04 
 
 
580 aa  340  5.9999999999999996e-92  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3906  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  45.18 
 
 
632 aa  336  7.999999999999999e-91  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.436608  normal  0.0788816 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2430  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  42.73 
 
 
647 aa  320  5e-86  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.869931  hitchhiker  0.00100057 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1208  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  43.19 
 
 
551 aa  317  5e-85  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0994  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.93 
 
 
634 aa  306  1.0000000000000001e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0120944  normal  0.100989 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.01 
 
 
555 aa  305  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10640  exonuclease V alpha subunit recD  41.68 
 
 
575 aa  303  7.000000000000001e-81  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.47997e-19  normal  0.376997 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0253  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  41.49 
 
 
584 aa  299  1e-79  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3374  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.25 
 
 
616 aa  293  5e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1892  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.06 
 
 
594 aa  288  2.9999999999999996e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087164  hitchhiker  0.00000000000433292 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1432  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.7 
 
 
576 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00407883  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0323  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.31 
 
 
599 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1358  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.36 
 
 
588 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2150  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.29 
 
 
604 aa  273  7e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00157683  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1400  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  39.63 
 
 
581 aa  271  2.9999999999999997e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0578  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36 
 
 
601 aa  266  7e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0343  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.31 
 
 
599 aa  265  2e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1056  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.35 
 
 
609 aa  265  2e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.923429  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.4 
 
 
739 aa  258  2e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000685942 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0770  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.98 
 
 
579 aa  255  2.0000000000000002e-66  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0335755  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.66 
 
 
595 aa  253  5.000000000000001e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.559097  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3813  exonuclease V subunit alpha  38.89 
 
 
621 aa  246  8e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.752384  hitchhiker  0.00686322 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3156  exonuclease V subunit alpha  36.72 
 
 
611 aa  238  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3319  exonuclease V subunit alpha  36.72 
 
 
611 aa  238  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.940485 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3262  exonuclease V subunit alpha  36.01 
 
 
607 aa  238  3e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3219  exonuclease V subunit alpha  36.72 
 
 
611 aa  237  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0690  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.65 
 
 
702 aa  238  4e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3205  exonuclease V subunit alpha  36.72 
 
 
611 aa  237  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3139  exonuclease V subunit alpha  36.72 
 
 
611 aa  237  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1847  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.84 
 
 
683 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.401727  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3231  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.86 
 
 
639 aa  235  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00025834  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4850  exodeoxyribonuclease V alpha chain  34.72 
 
 
720 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.61173  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2548  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.08 
 
 
650 aa  235  2.0000000000000002e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.975526 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0010  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.66 
 
 
750 aa  235  2.0000000000000002e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2933  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.34 
 
 
646 aa  234  3e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0762  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.47 
 
 
691 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.089759 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4536  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.42 
 
 
691 aa  233  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636293  normal  0.640936 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4672  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.26 
 
 
691 aa  233  9e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.156704 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4567  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.65 
 
 
708 aa  233  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.33 
 
 
697 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1170  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.89 
 
 
655 aa  231  2e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768019  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4084  exonuclease V subunit alpha  34.13 
 
 
608 aa  231  4e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2965  exonuclease V subunit alpha  34.53 
 
 
608 aa  230  5e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2966  exonuclease V subunit alpha  34.24 
 
 
608 aa  231  5e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0872  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.53 
 
 
608 aa  230  8e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.938405  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3043  exonuclease V subunit alpha  34.53 
 
 
608 aa  230  8e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.225396  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3139  exonuclease V subunit alpha  34.53 
 
 
608 aa  230  8e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0896  exonuclease V subunit alpha  34.53 
 
 
608 aa  230  8e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.367719  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02667  exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain  34.53 
 
 
608 aa  229  1e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02628  hypothetical protein  34.53 
 
 
608 aa  229  1e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.627808  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51700  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.18 
 
 
703 aa  229  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0915  exonuclease V subunit alpha  36.04 
 
 
619 aa  228  2e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.718919  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4670  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.09 
 
 
691 aa  227  4e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0281806 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55660  exodeoxyribonuclease V alpha chain  36.79 
 
 
721 aa  227  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866156  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0522  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.75 
 
 
735 aa  223  6e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.496827  hitchhiker  0.000245551 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1987  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.57 
 
 
676 aa  223  6e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000228018  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03300  hypothetical protein  35.64 
 
 
725 aa  223  8e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0992  exonuclease V subunit alpha  35 
 
 
657 aa  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0682  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.35 
 
 
697 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002686  exodeoxyribonuclease V alpha chain  35.91 
 
 
715 aa  222  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1044  exonuclease V subunit alpha  34.67 
 
 
657 aa  220  5e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0998  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.17 
 
 
586 aa  219  8.999999999999998e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3230  exonuclease V subunit alpha  34.4 
 
 
652 aa  219  1e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.91996 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2767  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.61 
 
 
769 aa  218  2.9999999999999998e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1269  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.05 
 
 
680 aa  216  8e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0682  exodeoxyribonuclease V alpha chain  31.88 
 
 
674 aa  215  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.163912  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3006  exonuclease V subunit alpha  35 
 
 
616 aa  214  4.9999999999999996e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3388  exonuclease V subunit alpha  34.38 
 
 
618 aa  211  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1758  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.04 
 
 
737 aa  211  5e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0692  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  37.77 
 
 
603 aa  209  1e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0371  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.06 
 
 
588 aa  209  2e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.219276  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2112  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.13 
 
 
686 aa  208  3e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1903  exodeoxyribonuclease V, 67 kDa subunit  34.65 
 
 
706 aa  207  6e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2169  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.12 
 
 
601 aa  202  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.613998  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1902  exodeoxyribonuclease V  32.01 
 
 
631 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1623  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.76 
 
 
679 aa  199  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.127673  normal  0.170261 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1851  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.51 
 
 
710 aa  196  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0805  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  35.79 
 
 
703 aa  196  1e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.983579  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2247  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.75 
 
 
701 aa  196  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.271795 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1126  exonuclease V, alpha subunit  30.85 
 
 
734 aa  195  2e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00308131  normal  0.011484 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2026  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.43 
 
 
681 aa  195  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1773  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.26 
 
 
706 aa  195  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1747  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  33.5 
 
 
672 aa  196  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397917  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4566  hypothetical protein  29.51 
 
 
739 aa  194  3e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2280  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.51 
 
 
739 aa  194  3e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1211  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.96 
 
 
787 aa  192  2e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.53406  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2131  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  31.03 
 
 
662 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1980  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  34.01 
 
 
714 aa  191  2.9999999999999997e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.51 
 
 
740 aa  191  4e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.615762  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.93 
 
 
731 aa  189  1e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.255394  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2046  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.3 
 
 
739 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.591294  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1935  exodeoxyribonuclease V  30.1 
 
 
683 aa  187  4e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.280429  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01029  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.37 
 
 
731 aa  187  6e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.539328  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2093  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.55 
 
 
740 aa  187  7e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2147  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.55 
 
 
712 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2421  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  29.46 
 
 
664 aa  183  9.000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>