131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1887 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_1887  transcriptional regulator PadR family protein  100 
 
 		 232 aa  470  1e-132  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3006  PadR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 187 aa  150  2e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.536861  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0957  transcriptional regulator, PadR-like family  43.01 
 
 		 204 aa  140  9.999999999999999e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0586102  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3685  transcriptional regulator, PadR-like family  40.33 
 
 		 201 aa  131  7.999999999999999e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.389985 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3549  transcriptional regulator, PadR-like family  38.37 
 
 		 232 aa  112  6e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.353373 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4580  transcriptional regulator, PadR-like family  32.96 
 
 		 203 aa  109  4.0000000000000004e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2933  PadR-like family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 190 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.568859  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0122  PadR-like family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 190 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.166129  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0136  PadR-like family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 190 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1121  transcriptional regulator, PadR-like family  33.94 
 
 		 202 aa  100  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2974  PadR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 213 aa  99  6e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.412017  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0152  putative PadR transcriptional regulator  33.7 
 
 		 218 aa  99  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.762671  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0112  PadR-like family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 190 aa  99  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3335  PadR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 213 aa  99  6e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1565  PadR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 213 aa  99  6e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3948  PadR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 213 aa  99  6e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4021  PadR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 213 aa  99  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3036  PadR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 213 aa  99  6e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0122  PadR-like family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 190 aa  99  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.270668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4876  transcriptional regulator, PadR-like family  32.04 
 
 		 226 aa  98.2  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3302  PadR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 190 aa  96.7  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1487  transcriptional regulator, PadR-like family  32.74 
 
 		 198 aa  95.9  5e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.241527  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5591  transcriptional regulator, PadR-like family  33.52 
 
 		 210 aa  95.5  7e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3285  PadR-like family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 180 aa  94.7  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.400255 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0121  PadR-like family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 190 aa  92.4  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0098  transcriptional regulator, PadR family  30.53 
 
 		 203 aa  92  7e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.846374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4892  PadR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 218 aa  86.7  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.428823  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3292  PadR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 210 aa  86.7  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6124  PadR-like family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 253 aa  82.8  0.000000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.372402  normal  0.877049 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4755  transcriptional regulator, PadR-like family  29.21 
 
 		 196 aa  82.4  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.208471  hitchhiker  0.00173659 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3223  transcriptional regulator, PadR-like family  27.78 
 
 		 215 aa  82  0.000000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.465508 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3830  PadR-like family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 185 aa  79.3  0.00000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.037852  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4389  PadR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 220 aa  79  0.00000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5813  PadR-like family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 198 aa  78.2  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0793449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2708  PadR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 209 aa  77.4  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8807  transcriptional regulator, PadR-like family  29.41 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0813  transcriptional regulator, PadR-like family  30.32 
 
 		 201 aa  76.6  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3185  transcriptional regulator  27.37 
 
 		 193 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0506611  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3759  transcriptional regulator  26.52 
 
 		 185 aa  72.8  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.779947  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4052  hypothetical protein  27.62 
 
 		 185 aa  72.8  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.166884  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4106  transcriptional repressor PadR  26.63 
 
 		 185 aa  72  0.000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.322832  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4125  hypothetical protein  36.79 
 
 		 185 aa  71.6  0.000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0396692  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3170  transcriptional regulator, PadR family domain protein  27.37 
 
 		 193 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1133  transcriptional repressor PadR  28.07 
 
 		 185 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.53987  normal  0.874315 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3911  hypothetical protein  27.22 
 
 		 185 aa  68.2  0.00000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000121326  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4217  hypothetical protein  27.22 
 
 		 185 aa  68.2  0.00000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000647114  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3743  transcriptional regulator  27.22 
 
 		 185 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000898433  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4019  hypothetical protein  27.22 
 
 		 185 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0887  transcriptional regulator, PadR-like family  31.5 
 
 		 206 aa  63.9  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.84074  normal  0.410025 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0503  transcriptional regulator, PadR-like family  26.86 
 
 		 179 aa  62  0.000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000100232  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4233  PadR-like family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 181 aa  57.4  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0172  PadR-like family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 242 aa  56.2  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.786766 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0184  PadR-like family transcriptional regulator  19.53 
 
 		 179 aa  55.1  0.000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1727  PadR-like family transcriptional regulator  20.24 
 
 		 179 aa  53.9  0.000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.765397 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0784  transcriptional regulator, PadR-like family  26.57 
 
 		 222 aa  53.1  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1895  PadR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 115 aa  52.4  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3146  PadR-like family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 185 aa  52.4  0.000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280559 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  32.48 
 
 		 195 aa  52.4  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1371  transcriptional regulator, PadR-like family  35.29 
 
 		 182 aa  52.4  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0218081  normal  0.0807721 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4871  PadR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4960  PadR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5239  PadR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 213 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3013  transcriptional regulator, PadR-like family  37.18 
 
 		 109 aa  50.4  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00626511 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0876  PadR family transcriptional regulator  17.86 
 
 		 179 aa  50.1  0.00003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.184962  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5903  transcriptional regulator, PadR-like family  40.28 
 
 		 316 aa  50.1  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.33122  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24890  predicted transcriptional regulator  34.18 
 
 		 111 aa  49.7  0.00003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.134259  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2175  transcriptional regulator, PadR-like family  30.21 
 
 		 114 aa  50.1  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000935551  normal  0.0245277 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1578  PadR-like family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 185 aa  49.7  0.00004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.59882  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  50 
 
 		 205 aa  49.7  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.133107  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3835  transcriptional regulator, PadR-like family  35.37 
 
 		 263 aa  49.7  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0380451  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4202  transcriptional regulator, PadR-like family  28.72 
 
 		 197 aa  49.3  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.457407  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1446  transcriptional regulator, PadR-like family  27.09 
 
 		 208 aa  48.9  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1748  transcriptional regulator, PadR-like family  34.91 
 
 		 217 aa  48.9  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000246986  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0117  PadR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 204 aa  48.5  0.00008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.219562  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2305  transcriptional regulator, PadR-like family  38.55 
 
 		 250 aa  48.5  0.00008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0010  PadR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 216 aa  48.5  0.00009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.341135  normal  0.976075 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5462  PadR-like family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 249 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.802601 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  34.12 
 
 		 180 aa  48.1  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6747  transcriptional regulator protein-like protein  29.82 
 
 		 250 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8023  transcriptional regulator protein-like protein  31.29 
 
 		 178 aa  47.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2179  PadR-like family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 186 aa  47.4  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00487663 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1531  transcriptional regulator PadR family protein  26.32 
 
 		 218 aa  47.8  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1627  transcriptional regulator protein-like protein  36 
 
 		 168 aa  46.2  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155416 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1318  transcriptional regulator, PadR-like family  32.14 
 
 		 185 aa  46.2  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1330  PadR-like family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 240 aa  45.8  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.855689  normal  0.544163 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8856  transcriptional regulator, PadR family  32.05 
 
 		 109 aa  45.8  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.679523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1448  PadR-like family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 124 aa  45.4  0.0007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0871  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 168 aa  45.4  0.0007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.138524  normal  0.0913911 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2278  PadR-like family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 203 aa  45.4  0.0007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.116293 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1537  PadR-like family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 181 aa  45.1  0.0009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00708005 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5238  PadR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 173 aa  44.7  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2108  transcriptional regulator, PadR-like family  30.95 
 
 		 251 aa  44.7  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.48804 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2852  transcriptional regulator, PadR-like family  30.53 
 
 		 191 aa  45.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3031  transcriptional regulator, PadR-like family  38.75 
 
 		 150 aa  44.7  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1031  transcriptional regulator, PadR-like family  32.05 
 
 		 116 aa  45.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.83969  normal  0.0578877 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4102  transcriptional regulator, PadR-like family  36.36 
 
 		 277 aa  45.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.615501 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1313  transcriptional regulator, PadR-like family  31.87 
 
 		 113 aa  44.7  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.107904  normal  0.0202461 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0529  PadR-like family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 215 aa  43.9  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.85519  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4959  PadR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 173 aa  44.3  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2503  PadR-like family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 152 aa  43.9  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>