More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2356 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2356  DNA primase catalytic core-like  100 
 
 		 641 aa  1217    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0899243  normal  0.576485 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7022  DNA primase  39.23 
 
 		 700 aa  177  7e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.210771  normal  0.1359 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1788  DNA primase  37.27 
 
 		 667 aa  167  6.9999999999999995e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0286526  normal  0.367245 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0761  DNA primase  38.34 
 
 		 623 aa  167  8e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2169  DNA primase  36.77 
 
 		 651 aa  165  2.0000000000000002e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.403807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3198  DNA primase  38.98 
 
 		 629 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0946512  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  39.24 
 
 		 1797 aa  164  4.0000000000000004e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2156  DNA primase  35.8 
 
 		 642 aa  162  2e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1799  DNA primase  35.75 
 
 		 616 aa  161  3e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3802  DNA primase  36.1 
 
 		 627 aa  160  5e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0345876 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16970  DNA primase  36.68 
 
 		 658 aa  160  5e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.522082  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0866  DNA primase  38.22 
 
 		 656 aa  159  2e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  41.69 
 
 		 1836 aa  158  4e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0904  DNA primase  32.97 
 
 		 699 aa  158  4e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3425  DNA primase  35.43 
 
 		 632 aa  157  8e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.236565 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13980  DNA primase  35.25 
 
 		 656 aa  155  2e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1282  DNA primase  40.89 
 
 		 629 aa  155  2e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1187  DNA primase  40.4 
 
 		 645 aa  154  5e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2351  DNA primase  33.1 
 
 		 616 aa  153  8.999999999999999e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06330  DNA primase  35.62 
 
 		 636 aa  151  3e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1338  DNA primase  35.78 
 
 		 628 aa  150  8e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.433596  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1374  DNA primase  36.54 
 
 		 644 aa  150  9e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000143214 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  39.64 
 
 		 1980 aa  150  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3468  DNA primase catalytic core domain protein  43.78 
 
 		 555 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0196475  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11920  DNA primase  35.08 
 
 		 652 aa  147  6e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.042879  normal  0.210825 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1050  DNA primase  32.53 
 
 		 718 aa  147  8.000000000000001e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2128  DNA primase  41.2 
 
 		 624 aa  147  8.000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3470  DNA primase  35.69 
 
 		 581 aa  146  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00422758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1675  DNA primase  37.7 
 
 		 628 aa  146  1e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.315032  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3400  DNA primase  35.69 
 
 		 581 aa  146  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0281118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3566  DNA primase  35.69 
 
 		 581 aa  146  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0608711  normal  0.272103 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3464  DNA primase  35.69 
 
 		 581 aa  146  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0547765  hitchhiker  0.00925719 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3396  DNA primase  35.69 
 
 		 581 aa  146  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000108195  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3472  DNA primase  37.35 
 
 		 581 aa  146  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000104863  normal  0.247756 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1910  DNA primase  39.55 
 
 		 587 aa  145  3e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.351058  normal  0.0156727 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12367  DNA primase  33.82 
 
 		 639 aa  144  5e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1727  DNA primase  39.59 
 
 		 611 aa  144  6e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02936  DNA primase  35.17 
 
 		 581 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000331105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  35.17 
 
 		 581 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000261356  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3530  DNA primase  35.17 
 
 		 581 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000506976  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02886  hypothetical protein  35.17 
 
 		 581 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000360854  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3361  DNA primase  37.24 
 
 		 629 aa  142  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0761003  normal  0.0199865 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  35.17 
 
 		 581 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000022434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3359  DNA primase  35.17 
 
 		 581 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000492318  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1522  DNA primase  37.07 
 
 		 634 aa  143  9.999999999999999e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0736351 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0896  DNA primase  31.35 
 
 		 600 aa  142  1.9999999999999998e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3500  DNA primase  35.17 
 
 		 581 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000565097  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2463  Fis family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 604 aa  142  3e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1313  DNA primase  30.39 
 
 		 595 aa  141  3e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000743307  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3246  DNA primase  34.83 
 
 		 581 aa  140  7e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000172934  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0633  DNA primase  34.83 
 
 		 581 aa  140  7e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000014553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09410  DNA primase, catalytic core  34.8 
 
 		 618 aa  140  1e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.967138 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0806  DNA primase  37.46 
 
 		 655 aa  140  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0702707 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1275  DNA primase  36.16 
 
 		 629 aa  139  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1417  DNA primase  35.94 
 
 		 652 aa  139  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15911  DNA primase  34.88 
 
 		 684 aa  139  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3488  DNA primase  35.64 
 
 		 584 aa  139  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00314359  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3106  DNA primase  35.21 
 
 		 641 aa  138  3.0000000000000003e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2739  DNA primase  33.06 
 
 		 641 aa  138  4e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0784  DNA primase  35.19 
 
 		 584 aa  137  7.000000000000001e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00105379  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1807  DNA primase  33.96 
 
 		 576 aa  137  9e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000348842  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0719  DNA primase  38.14 
 
 		 663 aa  137  9e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12410  DNA primase  29.94 
 
 		 599 aa  136  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.936355  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1214  DNA primase  28.24 
 
 		 626 aa  135  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.008506  normal  0.015083 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1932  DNA primase  39.56 
 
 		 648 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0456378  hitchhiker  0.00240757 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3142  DNA primase  33.25 
 
 		 639 aa  135  1.9999999999999998e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2142  DNA primase  37.04 
 
 		 669 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.512504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2265  DNA primase  30.47 
 
 		 595 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0225159  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0549  DNA primase  34.84 
 
 		 584 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00237945  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1508  DNA primase, DNAG  33.88 
 
 		 593 aa  135  1.9999999999999998e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.083335  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4073  DNA primase  39.01 
 
 		 646 aa  135  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.302431 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1175  DNA primase  35.93 
 
 		 682 aa  135  3e-30  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  decreased coverage  0.00198747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1976  DNA primase  30.24 
 
 		 595 aa  135  3e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00122543  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07530  DNA primase  38.18 
 
 		 664 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.412597 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1136  DNA primase  29.81 
 
 		 544 aa  134  6e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000106361  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1739  DNA primase  36.08 
 
 		 577 aa  134  6.999999999999999e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.768816  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07051  DNA primase  35.27 
 
 		 679 aa  133  9e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.0886385 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1807  DNA primase  36.08 
 
 		 577 aa  133  9e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1295  DNA primase  37.27 
 
 		 686 aa  133  1.0000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.830099  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0276  DNA primase  29.84 
 
 		 660 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.121752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  42.86 
 
 		 1976 aa  133  1.0000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3037  DNA primase  31.83 
 
 		 599 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.735679 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1681  DNA primase  35.79 
 
 		 592 aa  132  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.10447 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4217  DNA primase  32.61 
 
 		 614 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000725747  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  36 
 
 		 651 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4027  DNA primase  35.6 
 
 		 663 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.570104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0635  DNA primase  36.82 
 
 		 582 aa  131  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000955759  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0302  DNA primase  36.82 
 
 		 582 aa  131  3e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000195537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0554  DNA primase  36.82 
 
 		 582 aa  131  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000322663  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2944  DNA primase  27.12 
 
 		 591 aa  132  3e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0197074  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  35.79 
 
 		 652 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13800  DNA primase  35.74 
 
 		 657 aa  130  5.0000000000000004e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0288236  normal  0.281432 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2268  DNA primase  33.91 
 
 		 587 aa  130  8.000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0717  DNA primase  33.97 
 
 		 656 aa  130  9.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.261682  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2309  DNA primase  34.4 
 
 		 577 aa  129  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3369  DNA primase  34.81 
 
 		 584 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000957959  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2262  DNA primase  34.85 
 
 		 650 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.9199 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4299  DNA primase  35.16 
 
 		 582 aa  129  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2833  DNA primase  30.15 
 
 		 574 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0310817  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0323  DNA primase  36.3 
 
 		 579 aa  129  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.119133 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>