More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0814 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0814  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
365 aa  717    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11480  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  62.08 
 
 
354 aa  425  1e-118  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3502  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.91 
 
 
347 aa  411  1e-114  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143523  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.59 
 
 
349 aa  406  1.0000000000000001e-112  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.032419 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.63 
 
 
351 aa  389  1e-107  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.404447  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.58 
 
 
350 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00305624  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17160  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  44.23 
 
 
349 aa  243  3e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.764456  normal  0.841822 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.72 
 
 
349 aa  229  8e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16640  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  42.6 
 
 
343 aa  217  2.9999999999999998e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0564  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.01 
 
 
347 aa  215  9.999999999999999e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2605  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.5 
 
 
338 aa  215  9.999999999999999e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20130  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  39 
 
 
357 aa  211  1e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00890692 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0422  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.88 
 
 
466 aa  207  3e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.88 
 
 
466 aa  207  3e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.657654  normal  0.201216 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.88 
 
 
466 aa  207  3e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.566087 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0349  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.31 
 
 
344 aa  201  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.42 
 
 
358 aa  179  7e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.671749  normal  0.0420203 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4354  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.96 
 
 
358 aa  178  1e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.239778  normal  0.124525 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4123  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.67 
 
 
358 aa  177  3e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.970471  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4198  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.67 
 
 
358 aa  177  3e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0160562  normal  0.607841 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.93 
 
 
372 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1362  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.37 
 
 
374 aa  141  9.999999999999999e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.368811 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3468  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.11 
 
 
332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0135706  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5808  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.04 
 
 
330 aa  120  3e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4886  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.352468  normal  0.089814 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
328 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
328 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.366744 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.06 
 
 
331 aa  114  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0733  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.25 
 
 
318 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1557  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.04 
 
 
340 aa  97.4  3e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.623146  normal  0.498538 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1961  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.86 
 
 
320 aa  90.5  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2322  hypothetical protein  31.86 
 
 
318 aa  90.9  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.5 
 
 
589 aa  88.2  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.98 
 
 
360 aa  88.2  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.506058  normal  0.0549316 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.79 
 
 
323 aa  83.6  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.25 
 
 
308 aa  81.3  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
314 aa  79  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0195709  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.85 
 
 
305 aa  78.2  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4146  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.31 
 
 
317 aa  78.2  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0468277  hitchhiker  0.00205504 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.15 
 
 
315 aa  72.4  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.610304  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0539  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.79 
 
 
341 aa  72  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.85 
 
 
315 aa  72  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.366779  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.69 
 
 
354 aa  71.2  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0252  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.06 
 
 
337 aa  70.1  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.078071  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.01 
 
 
366 aa  69.3  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7932  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.61 
 
 
368 aa  69.3  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.57 
 
 
305 aa  68.2  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.250439 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1672  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.07 
 
 
349 aa  68.6  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.697474  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.84 
 
 
346 aa  67.8  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.206898  normal  0.924748 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.62 
 
 
359 aa  67.4  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.116075  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.78 
 
 
325 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0537  hypothetical protein  24.93 
 
 
373 aa  66.6  0.0000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.571422  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10512  UDP-glucose 4-epimerase galE2  24.59 
 
 
376 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.04 
 
 
312 aa  65.5  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.336236 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1848  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.59 
 
 
305 aa  65.9  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2955  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.85 
 
 
362 aa  63.2  0.000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0997728  normal  0.116407 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.76 
 
 
335 aa  63.2  0.000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.3 
 
 
368 aa  62.8  0.000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.626315 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02770  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.15 
 
 
331 aa  61.6  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.14 
 
 
349 aa  61.6  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8346  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase-like protein  23.96 
 
 
357 aa  61.6  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.904567 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2719  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
297 aa  60.8  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.199169 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.6 
 
 
366 aa  60.5  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.553166  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1006  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.71 
 
 
350 aa  60.1  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.27 
 
 
328 aa  60.1  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.51 
 
 
324 aa  60.1  0.00000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.552356  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.62 
 
 
346 aa  60.1  0.00000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133207  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2707  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.3 
 
 
342 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.529174  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.5 
 
 
321 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2986  oxidoreductase, putative  25 
 
 
349 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0471013 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6101  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.48 
 
 
302 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0189492  normal  0.808784 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  30.64 
 
 
255 aa  57.4  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  26.69 
 
 
318 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.46 
 
 
306 aa  57.4  0.0000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.25 
 
 
320 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2723  putative epimerase  25.82 
 
 
335 aa  57  0.0000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.4223  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.16 
 
 
274 aa  57  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36890  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  33.82 
 
 
273 aa  56.6  0.0000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.578301 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1008  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  31.46 
 
 
338 aa  56.2  0.0000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.720845  normal  0.076451 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0684  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  32.39 
 
 
312 aa  56.2  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1104  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.57 
 
 
310 aa  55.5  0.000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.949606  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.84 
 
 
330 aa  55.5  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.409004  normal  0.187686 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2697  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 
302 aa  55.5  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.374526 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.81 
 
 
268 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0121  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.43 
 
 
295 aa  55.1  0.000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000000000196986 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.83 
 
 
327 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1234  UDP-glucose 4-epimerase  26.79 
 
 
350 aa  55.1  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0382166  normal  0.453706 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.64 
 
 
319 aa  54.7  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.640029 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3183  UDP-glucose 4-epimerase  26.53 
 
 
339 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.670308 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
306 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1198  UDP-glucose 4-epimerase  29.91 
 
 
318 aa  54.3  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.573437  normal  0.221308 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.33 
 
 
309 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  27.88 
 
 
263 aa  54.3  0.000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.01 
 
 
355 aa  54.3  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.407115  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.7 
 
 
329 aa  54.7  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.87 
 
 
303 aa  53.9  0.000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.05 
 
 
302 aa  53.9  0.000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.59 
 
 
312 aa  53.9  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3275  hopanoid-associated sugar epimerase  30.52 
 
 
328 aa  53.5  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1161  UDP-glucose 4-epimerase  30.22 
 
 
338 aa  53.9  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0299848  hitchhiker  0.000414813 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>