More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2707 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2986  oxidoreductase, putative  97.33 
 
 
349 aa  675    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0471013 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2707  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
342 aa  705    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.529174  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.54 
 
 
352 aa  514  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000297127  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2372  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.67 
 
 
339 aa  494  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.57 
 
 
358 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0547255  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2547  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  42.3 
 
 
334 aa  257  2e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000238477  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20730  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, RmlD  33.73 
 
 
340 aa  177  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.989981  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3152  hopanoid-associated sugar epimerase  33.81 
 
 
340 aa  173  5e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.83 
 
 
355 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.129655 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3361  hopanoid-associated sugar epimerase  32.25 
 
 
329 aa  170  3e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0884  hopanoid-associated sugar epimerase  32.34 
 
 
329 aa  169  6e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000222195 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1019  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.02 
 
 
328 aa  169  8e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1831  hopanoid-associated sugar epimerase  33.33 
 
 
341 aa  168  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1940  hopanoid-associated sugar epimerase  32.34 
 
 
341 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2234  hopanoid-associated sugar epimerase  32.65 
 
 
329 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00968457  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0687  dihydroflavonol 4-reductase, putative  33.53 
 
 
328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0174586  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2216  hopanoid-associated sugar epimerase  31.94 
 
 
341 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.313238  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0864  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.07 
 
 
328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4170  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.73 
 
 
358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117289  normal  0.322206 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2444  hopanoid-associated sugar epimerase  34.23 
 
 
329 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7142  hopanoid-associated sugar epimerase  32.24 
 
 
347 aa  162  6e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.516154  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2821  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.27 
 
 
328 aa  162  6e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0273473  normal  0.296393 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2029  hopanoid-associated sugar epimerase  31.14 
 
 
329 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2055  hopanoid-associated sugar epimerase  31.14 
 
 
329 aa  160  4e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.93 
 
 
333 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0022  hypothetical protein  30.56 
 
 
336 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1830  hopanoid-associated sugar epimerase  33.43 
 
 
363 aa  157  2e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3275  hopanoid-associated sugar epimerase  32.73 
 
 
328 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7040  hopanoid-associated sugar epimerase  30.56 
 
 
336 aa  157  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000519767 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.24 
 
 
355 aa  155  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.407115  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5153  hopanoid-associated sugar epimerase  30.23 
 
 
342 aa  153  4e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2241  dihydroflavonol-4-reductase family protein  30.86 
 
 
338 aa  152  7e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5422  hopanoid-associated sugar epimerase  30.54 
 
 
328 aa  152  8e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.969886  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1218  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.97 
 
 
327 aa  152  8.999999999999999e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6351  hopanoid-associated sugar epimerase  31.64 
 
 
345 aa  152  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.48 
 
 
330 aa  150  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1017  nucleoside diphosphate sugar epimerase family protein  32.64 
 
 
328 aa  150  3e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.582194  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4126  hopanoid-associated sugar epimerase  29.67 
 
 
336 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0121  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.53 
 
 
361 aa  149  6e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3239  hopanoid-associated sugar epimerase  30.68 
 
 
332 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.109011 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.08 
 
 
328 aa  146  4.0000000000000006e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4180  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.46 
 
 
336 aa  146  5e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2924  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.86 
 
 
335 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0488644  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1280  dihydroflavonol-4-reductase family protein  30.86 
 
 
338 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2237  dihydroflavonol-4-reductase family protein  30.86 
 
 
335 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.86 
 
 
335 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.138998  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0976  dihydroflavonol-4-reductase family protein  30.86 
 
 
338 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1263  dihydroflavonol-4-reductase family protein  30.86 
 
 
338 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1458  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.63 
 
 
329 aa  144  2e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000901734  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3257  hopanoid-associated sugar epimerase  30.33 
 
 
335 aa  144  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.273856  normal  0.115519 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1267  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.25 
 
 
330 aa  143  4e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2604  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.78 
 
 
324 aa  143  4e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
335 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
335 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.114305  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4723  hopanoid-associated sugar epimerase  30.03 
 
 
335 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5549  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
335 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.482021  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10140  oxidoreductase  33.73 
 
 
340 aa  143  5e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5420  hopanoid-associated sugar epimerase  29.73 
 
 
335 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
335 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0999  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.7 
 
 
329 aa  142  7e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.170606  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1781  hopanoid-associated sugar epimerase  31.66 
 
 
329 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.889296  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2122  hypothetical protein  31.66 
 
 
329 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.744824  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0058  dihydrokaempferol 4-reductase  30.47 
 
 
333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.04 
 
 
331 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1328  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.15 
 
 
329 aa  140  4.999999999999999e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0300237  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0274  dihydroflavonol 4-reductase family protein  32.23 
 
 
354 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.522156 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1008  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  28.74 
 
 
338 aa  136  5e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.720845  normal  0.076451 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0039  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.29 
 
 
335 aa  134  3e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.53 
 
 
392 aa  134  3e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5468  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.53 
 
 
336 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0793  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  28.11 
 
 
331 aa  133  5e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3280  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 
322 aa  133  5e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.733793  normal  0.122087 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.72 
 
 
337 aa  132  6e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.874043 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5089  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.83 
 
 
336 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.83 
 
 
336 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1958  dihydroflavonol-4-reductase family protein  30.48 
 
 
335 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.169655  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5705  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.86 
 
 
339 aa  130  3e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.249261  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1108  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.7 
 
 
343 aa  129  8.000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.79 
 
 
348 aa  129  8.000000000000001e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.621455 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0843  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.86 
 
 
347 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.34755  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.79 
 
 
332 aa  126  5e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.19855 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0825  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.43 
 
 
347 aa  126  5e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.862979  normal  0.686614 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0048  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.6 
 
 
335 aa  126  6e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0854575 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.84 
 
 
324 aa  125  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3021  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.18 
 
 
349 aa  125  1e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0153  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.11 
 
 
338 aa  125  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2375  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.44 
 
 
338 aa  124  2e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.05 
 
 
337 aa  124  2e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.48 
 
 
335 aa  123  5e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.384866 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.03 
 
 
346 aa  122  9.999999999999999e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1303  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.96 
 
 
333 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.956027  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.95 
 
 
335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0529  dihydrokaempferol 4-reductase  30.27 
 
 
332 aa  119  4.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5719  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.07 
 
 
352 aa  118  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.512451  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.83 
 
 
347 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0788  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.02 
 
 
348 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.892865 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1514  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.3 
 
 
349 aa  117  3e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000791042 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.14 
 
 
334 aa  116  3.9999999999999997e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2441  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.65 
 
 
333 aa  116  5e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.989614  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>