More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0486 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0486  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 395 aa  739    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.471298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6130  porphobilinogen deaminase  74.59 
 
 		 354 aa  455  1e-127  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.401748 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0357  porphobilinogen deaminase  52.53 
 
 		 322 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6729  porphobilinogen deaminase  50.28 
 
 		 313 aa  281  2e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4579  porphobilinogen deaminase  51.85 
 
 		 312 aa  279  6e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0427  porphobilinogen deaminase  52.26 
 
 		 322 aa  276  5e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.751162  hitchhiker  0.00242186 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0495  porphobilinogen deaminase  50.14 
 
 		 314 aa  267  2e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02860  porphobilinogen deaminase  47.21 
 
 		 316 aa  266  4e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.302767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4439  porphobilinogen deaminase  49.15 
 
 		 311 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0549  Hydroxymethylbilane synthase  46.33 
 
 		 306 aa  253  5.000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.503516  normal  0.484278 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10521  porphobilinogen deaminase  48.3 
 
 		 309 aa  249  6e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4371  porphobilinogen deaminase  45.09 
 
 		 335 aa  246  4e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1014  porphobilinogen deaminase  47.29 
 
 		 313 aa  245  9e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0827893  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0237  hydroxymethylbilane synthase  48.3 
 
 		 331 aa  245  9.999999999999999e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0677  porphobilinogen deaminase  47.16 
 
 		 314 aa  243  3e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0690  porphobilinogen deaminase  47.16 
 
 		 314 aa  243  3e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.118278 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0668  porphobilinogen deaminase  48.01 
 
 		 318 aa  243  3.9999999999999997e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8325  porphobilinogen deaminase  47.03 
 
 		 317 aa  242  7e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.883441 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0670  porphobilinogen deaminase  46.88 
 
 		 314 aa  242  1e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0845  porphobilinogen deaminase  47.03 
 
 		 312 aa  240  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.026448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0066  porphobilinogen deaminase  46.63 
 
 		 312 aa  239  9e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0447079  normal  0.735502 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2732  porphobilinogen deaminase  46.5 
 
 		 320 aa  238  1e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36050  hydroxymethylbilane synthase  46.09 
 
 		 312 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.000727024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1544  porphobilinogen deaminase  46.24 
 
 		 305 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.471062  normal  0.491282 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24400  hydroxymethylbilane synthase  53.33 
 
 		 358 aa  233  4.0000000000000004e-60  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.485393  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0262  porphobilinogen deaminase  44.89 
 
 		 303 aa  225  9e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.207863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26790  hydroxymethylbilane synthase  45.14 
 
 		 337 aa  224  3e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2489  porphobilinogen deaminase  48.23 
 
 		 332 aa  216  4e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000100869 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15190  porphobilinogen deaminase  45.04 
 
 		 377 aa  216  8e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.229707  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4012  porphobilinogen deaminase  53.74 
 
 		 334 aa  212  1e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.191711  normal  0.94998 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0618  porphobilinogen deaminase  50.29 
 
 		 326 aa  209  6e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0490105 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2767  porphobilinogen deaminase  48.36 
 
 		 332 aa  209  7e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00352178  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3548  porphobilinogen deaminase  41.36 
 
 		 300 aa  208  2e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3437  porphobilinogen deaminase  47.12 
 
 		 342 aa  207  3e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.0000351099  decreased coverage  0.00118997 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3252  porphobilinogen deaminase  46.24 
 
 		 343 aa  206  8e-52  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0180697  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1460  porphobilinogen deaminase  40.51 
 
 		 314 aa  204  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1363  porphobilinogen deaminase  40.51 
 
 		 314 aa  204  3e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2492  porphobilinogen deaminase  40.23 
 
 		 314 aa  203  4e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.39329  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1124  porphobilinogen deaminase  35.65 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.417261 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  37.5 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  38.81 
 
 		 315 aa  199  7e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1750  porphobilinogen deaminase  42.54 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444396 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2580  porphobilinogen deaminase  36.77 
 
 		 311 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  37.11 
 
 		 310 aa  196  6e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  37.15 
 
 		 318 aa  195  9e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2492  porphobilinogen deaminase  45.73 
 
 		 344 aa  195  9e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0471431  normal  0.22632 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  37.15 
 
 		 318 aa  194  2e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3180  porphobilinogen deaminase  35.57 
 
 		 309 aa  194  3e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4208  porphobilinogen deaminase  37.64 
 
 		 309 aa  194  3e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2030  porphobilinogen deaminase  41.08 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550332  normal  0.807952 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  37.43 
 
 		 310 aa  194  3e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0093  porphobilinogen deaminase  38.55 
 
 		 309 aa  193  5e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.779159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0872  porphobilinogen deaminase  39.22 
 
 		 310 aa  193  6e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0899  porphobilinogen deaminase  32.96 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.28159  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4197  porphobilinogen deaminase  37.36 
 
 		 309 aa  192  1e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  37.43 
 
 		 318 aa  192  1e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  36.06 
 
 		 309 aa  191  2e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4551  porphobilinogen deaminase  36.69 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4361  porphobilinogen deaminase  36.69 
 
 		 309 aa  190  4e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.448902  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4696  porphobilinogen deaminase  36.69 
 
 		 309 aa  190  4e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  37.15 
 
 		 318 aa  189  5e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4600  porphobilinogen deaminase  36.41 
 
 		 309 aa  190  5e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4309  porphobilinogen deaminase  36.52 
 
 		 309 aa  189  7e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4555  porphobilinogen deaminase  36.41 
 
 		 309 aa  188  1e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  35.13 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1289  porphobilinogen deaminase  41.03 
 
 		 324 aa  188  1e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4582  porphobilinogen deaminase  36.41 
 
 		 309 aa  188  1e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0863  porphobilinogen deaminase  34.82 
 
 		 313 aa  188  2e-46  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0113254  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1375  porphobilinogen deaminase  38.81 
 
 		 313 aa  188  2e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.192689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1891  porphobilinogen deaminase  40.96 
 
 		 312 aa  187  4e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0933  porphobilinogen deaminase  33.98 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  33.24 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  38.31 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0502  porphobilinogen deaminase  38.55 
 
 		 312 aa  186  5e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000513467  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1347  porphobilinogen deaminase  40.11 
 
 		 309 aa  186  8e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  37.54 
 
 		 351 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1427  porphobilinogen deaminase  34.44 
 
 		 313 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0767  porphobilinogen deaminase  34.65 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1259  porphobilinogen deaminase  39.89 
 
 		 308 aa  184  3e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.925729  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  36.06 
 
 		 308 aa  184  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0652  porphobilinogen deaminase  36.24 
 
 		 309 aa  184  3e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  35.75 
 
 		 318 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1838  porphobilinogen deaminase  39.5 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  37.11 
 
 		 326 aa  182  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  33.24 
 
 		 310 aa  182  1e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1539  porphobilinogen deaminase  33.7 
 
 		 312 aa  181  2e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0899347  hitchhiker  0.00290857 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0950  porphobilinogen deaminase  35 
 
 		 313 aa  181  2e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0893  porphobilinogen deaminase  34.54 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0318  porphobilinogen deaminase  33.43 
 
 		 299 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  35.44 
 
 		 317 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  34.64 
 
 		 309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  34.6 
 
 		 321 aa  180  4e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1796  porphobilinogen deaminase  35.83 
 
 		 313 aa  180  4e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.160972  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1515  porphobilinogen deaminase  34.72 
 
 		 313 aa  179  5.999999999999999e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  37.54 
 
 		 316 aa  179  8e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  38.53 
 
 		 311 aa  179  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  35.98 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1237  porphobilinogen deaminase  35.36 
 
 		 285 aa  179  1e-43  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  34.93 
 
 		 326 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  35.98 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>