82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2687 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_2687  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 		 113 aa  230  6e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0540586 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1926  transcriptional regulator, TraR/DksA family  68.14 
 
 		 113 aa  169  1e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0169  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.03 
 
 		 110 aa  87.8  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.2184  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2328  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.94 
 
 		 112 aa  82.8  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3893  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111864 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4563  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.04 
 
 		 120 aa  62  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.258431 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.04 
 
 		 120 aa  62  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.38 
 
 		 114 aa  57.8  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2786  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 112 aa  57.8  0.00000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.338701 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  33.04 
 
 		 122 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 107 aa  54.7  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1993  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 110 aa  54.7  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0188  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 110 aa  54.7  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 130 aa  52  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2922  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 151 aa  51.6  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.319958 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.61 
 
 		 155 aa  51.6  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4199  hypothetical protein  36.36 
 
 		 111 aa  51.2  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124455  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3949  DnaK suppressor protein, putative  31.58 
 
 		 119 aa  51.2  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442738 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1239  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.83 
 
 		 119 aa  50.4  0.000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0619111 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0188  hypothetical protein  46.15 
 
 		 61 aa  50.1  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 131 aa  48.5  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 119 aa  48.5  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2105  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 118 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.8303 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 124 aa  48.1  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.58 
 
 		 118 aa  47.8  0.00005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.75 
 
 		 110 aa  47.8  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.3 
 
 		 126 aa  47.4  0.00006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 111 aa  47.4  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3073  transcriptional regulator, TraR/DksA family protein  36.14 
 
 		 115 aa  47.4  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0240851 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2925  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 110 aa  47  0.00008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40860  hypothetical protein  35.42 
 
 		 108 aa  46.6  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.802206  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  38.98 
 
 		 139 aa  46.2  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  55.17 
 
 		 124 aa  46.6  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 139 aa  46.2  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 121 aa  45.4  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  42.31 
 
 		 283 aa  44.7  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 114 aa  44.3  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  40.74 
 
 		 132 aa  44.3  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 121 aa  43.9  0.0007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00359  DnaK supressor  31.48 
 
 		 162 aa  43.5  0.0009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131287  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.11 
 
 		 136 aa  43.5  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 132 aa  43.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  25.89 
 
 		 149 aa  42.7  0.002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.67 
 
 		 121 aa  42.4  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  51.72 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 158 aa  41.6  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3596  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.07 
 
 		 108 aa  42  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2037  regulator RpoS  29.87 
 
 		 146 aa  42  0.003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.555499  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  39.58 
 
 		 136 aa  41.6  0.003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2782  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.16 
 
 		 128 aa  42  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.553966  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1204  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 134 aa  41.6  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.418656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2340  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 146 aa  41.6  0.004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.28 
 
 		 130 aa  41.6  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.58 
 
 		 218 aa  41.2  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4700  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 243 aa  41.6  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000265525  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3455  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 150 aa  41.6  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0589339  normal  0.960962 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 113 aa  41.2  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 130 aa  41.2  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1413  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.49 
 
 		 112 aa  41.2  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.218232 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  27.83 
 
 		 147 aa  41.2  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 133 aa  41.2  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 104 aa  40.8  0.006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 		 130 aa  40.8  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2385  hypothetical protein  34.72 
 
 		 117 aa  40.8  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.309687  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4329  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 		 117 aa  40.8  0.007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.92957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3489  hypothetical protein  60.71 
 
 		 131 aa  40.4  0.008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.711789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 142 aa  40.4  0.008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0064  DnaK suppressor protein  34.26 
 
 		 152 aa  40.4  0.008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.82 
 
 		 115 aa  40.4  0.008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  30.77 
 
 		 134 aa  40.4  0.008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  43.9 
 
 		 122 aa  40.4  0.009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 257 aa  40.4  0.009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  32.76 
 
 		 153 aa  40.4  0.009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  39.58 
 
 		 143 aa  40.4  0.009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.35 
 
 		 275 aa  40.4  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 122 aa  40.4  0.009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 		 130 aa  40.4  0.009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  39.58 
 
 		 143 aa  40  0.01  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1939  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 141 aa  40  0.01  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0082918 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0724  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 		 153 aa  40  0.01  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  28.74 
 
 		 131 aa  40  0.01  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0036  dnaK suppressor protein  34.26 
 
 		 152 aa  40  0.01  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>