168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A3489 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3489  hypothetical protein  100 
 
 		 131 aa  259  6e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.711789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2243  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 118 aa  49.7  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.176071  hitchhiker  0.000769405 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3620  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 		 122 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.640003  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.07 
 
 		 213 aa  49.3  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3552  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 		 122 aa  49.7  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.578946  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 122 aa  48.5  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  48.08 
 
 		 122 aa  48.5  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  45.83 
 
 		 124 aa  47.8  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.06 
 
 		 126 aa  47.8  0.00005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 119 aa  47.8  0.00005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 107 aa  47.8  0.00005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 113 aa  47.8  0.00005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 104 aa  47.4  0.00006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 138 aa  47.8  0.00006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.83 
 
 		 121 aa  47.4  0.00006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  41.67 
 
 		 132 aa  47  0.00009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4116  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 130 aa  47  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3641  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 130 aa  47  0.00009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3578  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 116 aa  47  0.00009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.031669 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  50 
 
 		 131 aa  46.6  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.84 
 
 		 127 aa  46.2  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.220382  normal  0.38393 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0007  hypothetical protein  30.61 
 
 		 104 aa  45.4  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.807913  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 		 120 aa  45.4  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 139 aa  46.2  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.48 
 
 		 110 aa  45.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 118 aa  45.8  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2925  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 110 aa  45.4  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2389  hypothetical protein  39.22 
 
 		 141 aa  45.8  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000590846  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.14 
 
 		 118 aa  46.2  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2860  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 118 aa  45.8  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.689813  hitchhiker  0.0000000253321 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1939  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 141 aa  45.8  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0082918 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1761  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.29 
 
 		 119 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.002786  hitchhiker  0.0085611 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2860  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.68 
 
 		 106 aa  45.4  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37100  DnaK suppressor protein  53.49 
 
 		 129 aa  45.4  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2582  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 119 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.453869  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2310  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 119 aa  45.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2623  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 119 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0172808  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.18 
 
 		 130 aa  45.1  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2024  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.92 
 
 		 131 aa  44.3  0.0006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812974  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1419  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.92 
 
 		 131 aa  44.3  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.597542  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0724  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 153 aa  44.3  0.0006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 118 aa  44.3  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 119 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0227937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  53.49 
 
 		 110 aa  44.3  0.0006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 120 aa  43.9  0.0006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1047  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.92 
 
 		 117 aa  44.3  0.0006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1334  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.92 
 
 		 131 aa  44.3  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3205  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.92 
 
 		 131 aa  44.3  0.0006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3077  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.92 
 
 		 131 aa  44.3  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1266  dnaK suppressor protein  52.5 
 
 		 105 aa  43.9  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2314  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  47.92 
 
 		 105 aa  43.9  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2535  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.68 
 
 		 103 aa  43.9  0.0007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1785  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 118 aa  43.9  0.0008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000697437 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2453  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 119 aa  43.9  0.0008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571464  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2631  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.68 
 
 		 103 aa  43.5  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0800447  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2005  dksA-type zinc finger protein  35.59 
 
 		 119 aa  43.5  0.0009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  38.18 
 
 		 118 aa  43.5  0.0009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.85 
 
 		 162 aa  43.5  0.0009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1302  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 117 aa  43.5  0.0009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.893373  normal  0.0630763 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.09 
 
 		 118 aa  43.5  0.0009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 139 aa  43.5  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 139 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 124 aa  43.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.29 
 
 		 139 aa  43.5  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  41.67 
 
 		 283 aa  43.5  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 165 aa  43.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 257 aa  43.5  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1477  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 105 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  28.32 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.04 
 
 		 133 aa  42.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 131 aa  42.7  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4387  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 256 aa  42.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0680  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0997736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4453  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 123 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.142377 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2415  transcriptional regulators, TraR/DksA family protein  40.82 
 
 		 123 aa  42.4  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.85 
 
 		 120 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 278 aa  42.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 118 aa  42.4  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 139 aa  42.7  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.19 
 
 		 120 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  35.85 
 
 		 118 aa  42  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  40 
 
 		 141 aa  41.6  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  29.73 
 
 		 228 aa  42  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.72 
 
 		 138 aa  42  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1171  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 116 aa  41.6  0.003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 140 aa  42  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 138 aa  42  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 120 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 130 aa  42  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 450 aa  42  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 138 aa  42  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0964  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 147 aa  41.6  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.633657  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.73 
 
 		 139 aa  42  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 120 aa  41.6  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 527 aa  42  0.003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 		 120 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 		 120 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42 
 
 		 228 aa  42  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.74 
 
 		 118 aa  42  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.74 
 
 		 118 aa  42  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>