124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1912 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_1912  3'-5' exonuclease  100 
 
 		 202 aa  409  1e-113  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.254298  normal  0.272354 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0883  3'-5' exonuclease  82.41 
 
 		 201 aa  347  9e-95  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0280341 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2388  3'-5' exonuclease  69.15 
 
 		 201 aa  294  7e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000109184  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1964  3'-5' exonuclease  59.16 
 
 		 214 aa  234  6e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0888  3'-5' exonuclease  51.3 
 
 		 238 aa  203  1e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.329161  normal  0.376556 
 
 
-
 
NC_002950  PG0365  3'-5' exonuclease domain-containing protein  30.81 
 
 		 188 aa  102  3e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.628059 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1397  3'-5' exonuclease  36.52 
 
 		 195 aa  102  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.937954  normal  0.609265 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2737  3'-5' exonuclease  34.83 
 
 		 198 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2470  3'-5' exonuclease  35.48 
 
 		 217 aa  86.7  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.774502  normal  0.494629 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2621  3'-5' exonuclease  32.8 
 
 		 198 aa  86.7  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1014  3'-5' exonuclease  40.38 
 
 		 303 aa  85.5  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1153  exonuclease, putative  38.89 
 
 		 261 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0976  3'-5' exonuclease  40.65 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0707907 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2827  3'-5' exonuclease  34.59 
 
 		 198 aa  82  0.000000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0393048  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3291  3'-5' exonuclease  38.57 
 
 		 315 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000349721  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0980  3'-5' exonuclease  40.12 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3387  3'-5' exonuclease  38.57 
 
 		 315 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.395277  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3512  3'-5' exonuclease  38.57 
 
 		 315 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.643646  normal  0.0140367 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3433  3'-5' exonuclease  32.2 
 
 		 292 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.271229  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2929  3'-5' exonuclease  34.83 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00209751  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1066  3'-5' exonuclease  37.86 
 
 		 320 aa  78.2  0.00000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0869717  normal  0.0179577 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_27893  predicted protein  34.67 
 
 		 389 aa  76.6  0.0000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.70309 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1697  3'-5' exonuclease  31.91 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46734  predicted protein  35.44 
 
 		 894 aa  68.9  0.00000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4830  3'-5' exonuclease  33.11 
 
 		 294 aa  67.4  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0991293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2261  3'-5' exonuclease  34.42 
 
 		 288 aa  62.8  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.726603  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1602  3'-5' exonuclease  33.77 
 
 		 294 aa  61.6  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2349  3'-5' exonuclease  33.77 
 
 		 288 aa  61.6  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  30.36 
 
 		 393 aa  61.6  0.000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_93442  predicted protein  29.03 
 
 		 389 aa  60.1  0.00000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0733722 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0542  DNA-directed DNA polymerase  30.72 
 
 		 585 aa  58.5  0.00000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00481022  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_24216  predicted protein  27.65 
 
 		 614 aa  57.4  0.0000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00000105574  normal  0.257182 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  30.81 
 
 		 392 aa  57.4  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  29.55 
 
 		 377 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0015  3'-5' exonuclease  31.62 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1669  3'-5' exonuclease  30.59 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.335885  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  27.93 
 
 		 405 aa  54.3  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  30.91 
 
 		 377 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0333  3'-5' exonuclease  34.48 
 
 		 210 aa  53.9  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.273167  normal  0.287022 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2211  3'-5' exonuclease  29.22 
 
 		 296 aa  52.8  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.493178  normal  0.0213505 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  32.1 
 
 		 392 aa  53.1  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1164  3'-5' exonuclease  27.92 
 
 		 550 aa  52.8  0.000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0638405  normal  0.521406 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0507  ribonuclease D  28.73 
 
 		 374 aa  52  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0529  3'-5' exonuclease family protein  32.48 
 
 		 206 aa  52  0.000007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  30.3 
 
 		 377 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  27.75 
 
 		 377 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5922  3'-5' exonuclease  33.94 
 
 		 204 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0155  3'-5' exonuclease  36.96 
 
 		 204 aa  50.8  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.299764 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  28.98 
 
 		 377 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  29.71 
 
 		 375 aa  51.2  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0414  3'-5' exonuclease  26.52 
 
 		 295 aa  50.4  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  27.27 
 
 		 379 aa  50.1  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3191  3'-5' exonuclease  25.49 
 
 		 382 aa  49.7  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5275  3'-5' exonuclease  33.94 
 
 		 204 aa  49.7  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28449  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  29.63 
 
 		 396 aa  48.5  0.00006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0816  3'-5' exonuclease  30.07 
 
 		 216 aa  48.1  0.00008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00362431  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4287  3'-5' exonuclease  23.53 
 
 		 409 aa  48.1  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.276505  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2009  ribonuclease D  24.58 
 
 		 403 aa  47.8  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  28.48 
 
 		 377 aa  47  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13750  ribonuclease D  32 
 
 		 399 aa  47.4  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0047  3'-5' exonuclease  34.78 
 
 		 204 aa  47  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30755  predicted protein  26.54 
 
 		 497 aa  46.6  0.0003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.213052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  27.44 
 
 		 377 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  26.29 
 
 		 393 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0068  3'-5' exonuclease  33.33 
 
 		 206 aa  46.6  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2775  3'-5' exonuclease  30.67 
 
 		 204 aa  45.8  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3589  3'-5' exonuclease  30.43 
 
 		 203 aa  45.8  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01774  ribonuclease D  24.07 
 
 		 375 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01762  hypothetical protein  24.07 
 
 		 375 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1892  ribonuclease D  24.07 
 
 		 375 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2030  ribonuclease D  24.07 
 
 		 375 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.793256  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2530  ribonuclease D  24.07 
 
 		 375 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00950185  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1839  ribonuclease D  24.22 
 
 		 371 aa  45.1  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0204908  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  26.25 
 
 		 386 aa  45.1  0.0006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0179  3'-5' exonuclease  32.97 
 
 		 206 aa  45.4  0.0006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00803697  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1829  ribonuclease D  24.22 
 
 		 371 aa  45.1  0.0006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.299724 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  30.19 
 
 		 375 aa  45.1  0.0007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  24.07 
 
 		 375 aa  45.1  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0859  3'-5' exonuclease  28 
 
 		 391 aa  45.1  0.0007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0573  3'-5' exonuclease  34.29 
 
 		 352 aa  45.1  0.0007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0196  3'-5' exonuclease  33.33 
 
 		 203 aa  45.1  0.0008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.950897 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0171  3'-5' exonuclease  34.07 
 
 		 206 aa  44.7  0.0009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2425  3'-5' exonuclease  31.96 
 
 		 209 aa  44.7  0.0009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  28.31 
 
 		 377 aa  43.9  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  28.78 
 
 		 375 aa  44.7  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0736  ribonuclease D  25.31 
 
 		 381 aa  44.7  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0989413  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0221  3'-5' exonuclease  26.67 
 
 		 377 aa  44.7  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0572  3'-5' exonuclease  32.48 
 
 		 204 aa  44.3  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2064  ribonuclease D  23.46 
 
 		 375 aa  44.7  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1064  ribonuclease D (rnase d)  27.5 
 
 		 374 aa  44.7  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00409138  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  25.71 
 
 		 374 aa  43.5  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0327  3'-5' exonuclease  39.02 
 
 		 213 aa  43.5  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2609  3'-5' exonuclease  31.17 
 
 		 204 aa  43.9  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0869  ribonuclease D  24.56 
 
 		 391 aa  43.5  0.002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4954  3'-5' exonuclease  27.89 
 
 		 205 aa  43.5  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.332898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  27.38 
 
 		 392 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3984  3'-5' exonuclease  40 
 
 		 205 aa  43.1  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2762  ribonuclease D  30.07 
 
 		 358 aa  43.1  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.713242 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0237  3'-5' exonuclease  26.06 
 
 		 377 aa  43.1  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000118749  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  23.26 
 
 		 381 aa  43.1  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>