86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0883 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_0883  3'-5' exonuclease  100 
 
 		 201 aa  406  1e-113  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0280341 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1912  3'-5' exonuclease  82.41 
 
 		 202 aa  347  9e-95  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.254298  normal  0.272354 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2388  3'-5' exonuclease  68.5 
 
 		 201 aa  291  5e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000109184  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1964  3'-5' exonuclease  57.07 
 
 		 214 aa  224  6e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0888  3'-5' exonuclease  50 
 
 		 238 aa  200  9.999999999999999e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.329161  normal  0.376556 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1397  3'-5' exonuclease  37.64 
 
 		 195 aa  105  5e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.937954  normal  0.609265 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2737  3'-5' exonuclease  33.16 
 
 		 198 aa  99  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_002950  PG0365  3'-5' exonuclease domain-containing protein  31.74 
 
 		 188 aa  95.5  4e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.628059 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2621  3'-5' exonuclease  33.14 
 
 		 198 aa  90.5  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3291  3'-5' exonuclease  41.96 
 
 		 315 aa  89.4  4e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000349721  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2470  3'-5' exonuclease  35.36 
 
 		 217 aa  89  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.774502  normal  0.494629 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1066  3'-5' exonuclease  40.54 
 
 		 320 aa  88.6  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0869717  normal  0.0179577 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3387  3'-5' exonuclease  41.96 
 
 		 315 aa  88.2  7e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.395277  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3433  3'-5' exonuclease  34.09 
 
 		 292 aa  87.8  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.271229  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3512  3'-5' exonuclease  40.54 
 
 		 315 aa  87.8  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.643646  normal  0.0140367 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2929  3'-5' exonuclease  35.2 
 
 		 298 aa  87  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00209751  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1014  3'-5' exonuclease  38.65 
 
 		 303 aa  84.3  9e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1153  exonuclease, putative  35.75 
 
 		 261 aa  84  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0976  3'-5' exonuclease  38.89 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0707907 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_27893  predicted protein  34.67 
 
 		 389 aa  79  0.00000000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.70309 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0980  3'-5' exonuclease  39.6 
 
 		 303 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1697  3'-5' exonuclease  32.62 
 
 		 203 aa  74.3  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2827  3'-5' exonuclease  31.25 
 
 		 198 aa  73.2  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0393048  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46734  predicted protein  35.12 
 
 		 894 aa  67.4  0.0000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4830  3'-5' exonuclease  33.11 
 
 		 294 aa  60.1  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0991293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  30.77 
 
 		 393 aa  60.5  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  30.91 
 
 		 377 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_49621  predicted protein  29.89 
 
 		 311 aa  53.5  0.000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2261  3'-5' exonuclease  31.65 
 
 		 288 aa  52.8  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.726603  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_93442  predicted protein  27.42 
 
 		 389 aa  52.8  0.000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0733722 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2211  3'-5' exonuclease  29.11 
 
 		 296 aa  53.1  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.493178  normal  0.0213505 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1602  3'-5' exonuclease  31.01 
 
 		 294 aa  51.6  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2349  3'-5' exonuclease  31.01 
 
 		 288 aa  52  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0507  ribonuclease D  27.37 
 
 		 374 aa  51.2  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  29.81 
 
 		 392 aa  50.8  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1164  3'-5' exonuclease  30.7 
 
 		 550 aa  50.8  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0638405  normal  0.521406 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  31.37 
 
 		 375 aa  49.7  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39090  predicted protein  30.1 
 
 		 176 aa  49.3  0.00004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.967738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0542  DNA-directed DNA polymerase  28.22 
 
 		 585 aa  49.3  0.00004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00481022  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0816  3'-5' exonuclease  29.73 
 
 		 216 aa  48.9  0.00005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00362431  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0736  ribonuclease D  25.99 
 
 		 381 aa  48.9  0.00005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0989413  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0333  3'-5' exonuclease  33.33 
 
 		 210 aa  47.8  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.273167  normal  0.287022 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  29.12 
 
 		 392 aa  47.4  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0015  3'-5' exonuclease  30 
 
 		 206 aa  47.4  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  27.27 
 
 		 379 aa  46.6  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  28.4 
 
 		 396 aa  46.2  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0971  DNA-directed DNA polymerase  31.11 
 
 		 583 aa  46.2  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4287  3'-5' exonuclease  26.67 
 
 		 409 aa  45.8  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.276505  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3191  3'-5' exonuclease  24.84 
 
 		 382 aa  45.8  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  27.91 
 
 		 405 aa  45.4  0.0005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  28.05 
 
 		 374 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  28.05 
 
 		 393 aa  45.4  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1669  3'-5' exonuclease  38.89 
 
 		 218 aa  45.1  0.0006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.335885  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45692  predicted protein  29.49 
 
 		 700 aa  45.1  0.0008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.234957  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004089  ribonuclease D  27.11 
 
 		 388 aa  44.7  0.0009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000003136  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_24216  predicted protein  24.73 
 
 		 614 aa  44.3  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00000105574  normal  0.257182 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  26.86 
 
 		 388 aa  44.7  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  25.95 
 
 		 386 aa  44.7  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  29.7 
 
 		 375 aa  44.3  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  29.09 
 
 		 377 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2759  ribonuclease D  27.22 
 
 		 390 aa  44.3  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000108089  hitchhiker  0.00170183 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  29.09 
 
 		 377 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3984  3'-5' exonuclease  42.5 
 
 		 205 aa  44.7  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  26.42 
 
 		 395 aa  44.7  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  28.57 
 
 		 377 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0414  3'-5' exonuclease  24.84 
 
 		 295 aa  43.5  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01380  ribonuclease D  27.04 
 
 		 382 aa  43.5  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0529  3'-5' exonuclease family protein  28.87 
 
 		 206 aa  43.9  0.002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  26.67 
 
 		 377 aa  42.7  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  26.11 
 
 		 405 aa  42.7  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0859  3'-5' exonuclease  27.43 
 
 		 391 aa  42.7  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3617  3'-5' exonuclease  25.93 
 
 		 382 aa  42.4  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  28.93 
 
 		 375 aa  42.7  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1569  ribonuclease D  29.17 
 
 		 381 aa  42.7  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000054851  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5275  3'-5' exonuclease  45 
 
 		 204 aa  42.7  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28449  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2425  3'-5' exonuclease  32.73 
 
 		 209 aa  42.4  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2720  3'-5' exonuclease  31.82 
 
 		 209 aa  42.4  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.149721  normal  0.0609935 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  26.16 
 
 		 377 aa  42.4  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5922  3'-5' exonuclease  32.11 
 
 		 204 aa  42.4  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0869  ribonuclease D  23.43 
 
 		 391 aa  42  0.006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0327  3'-5' exonuclease  36.54 
 
 		 213 aa  41.6  0.007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  25.88 
 
 		 370 aa  41.6  0.007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2497  3'-5' exonuclease  31.82 
 
 		 209 aa  42  0.007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.325432  normal  0.308179 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0573  3'-5' exonuclease  32.86 
 
 		 352 aa  41.6  0.007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  24.56 
 
 		 386 aa  41.6  0.008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1064  ribonuclease D (rnase d)  25.62 
 
 		 374 aa  41.6  0.009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00409138  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>