114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_1014 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_1014  3'-5' exonuclease  100 
 
 		 303 aa  614  1e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0976  3'-5' exonuclease  97.03 
 
 		 299 aa  592  1e-168  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0707907 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0980  3'-5' exonuclease  94.06 
 
 		 303 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1153  exonuclease, putative  80.22 
 
 		 261 aa  422  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2929  3'-5' exonuclease  64.19 
 
 		 298 aa  379  1e-104  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00209751  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3291  3'-5' exonuclease  54.49 
 
 		 315 aa  319  3e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000349721  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3387  3'-5' exonuclease  54.49 
 
 		 315 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.395277  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3512  3'-5' exonuclease  53.56 
 
 		 315 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.643646  normal  0.0140367 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1066  3'-5' exonuclease  53.96 
 
 		 320 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0869717  normal  0.0179577 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3433  3'-5' exonuclease  38.34 
 
 		 292 aa  196  3e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.271229  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2737  3'-5' exonuclease  38.18 
 
 		 198 aa  97.1  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_002950  PG0365  3'-5' exonuclease domain-containing protein  35.98 
 
 		 188 aa  91.7  1e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.628059 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2621  3'-5' exonuclease  35 
 
 		 198 aa  90.1  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1397  3'-5' exonuclease  37.42 
 
 		 195 aa  89.4  7e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.937954  normal  0.609265 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1912  3'-5' exonuclease  40.38 
 
 		 202 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.254298  normal  0.272354 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2388  3'-5' exonuclease  36.77 
 
 		 201 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000109184  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2827  3'-5' exonuclease  38.12 
 
 		 198 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0393048  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0883  3'-5' exonuclease  38.65 
 
 		 201 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0280341 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0888  3'-5' exonuclease  38.18 
 
 		 238 aa  83.6  0.000000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.329161  normal  0.376556 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1964  3'-5' exonuclease  37.04 
 
 		 214 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2470  3'-5' exonuclease  35.92 
 
 		 217 aa  75.1  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.774502  normal  0.494629 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1697  3'-5' exonuclease  31.41 
 
 		 203 aa  73.2  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4830  3'-5' exonuclease  33.96 
 
 		 294 aa  68.2  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0991293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46734  predicted protein  32.73 
 
 		 894 aa  62.4  0.000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  30.77 
 
 		 382 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  31.85 
 
 		 392 aa  60.1  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  30.06 
 
 		 393 aa  60.5  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_27893  predicted protein  31.69 
 
 		 389 aa  58.9  0.00000009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.70309 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  29.49 
 
 		 384 aa  58.9  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  30.13 
 
 		 392 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  30.18 
 
 		 392 aa  58.2  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  34.19 
 
 		 377 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_93442  predicted protein  30.18 
 
 		 389 aa  57  0.0000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0733722 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  29.59 
 
 		 382 aa  57  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  30.72 
 
 		 392 aa  56.6  0.0000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  27.86 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  26.9 
 
 		 383 aa  56.6  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  29.41 
 
 		 386 aa  56.2  0.0000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  27.86 
 
 		 385 aa  55.5  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  32.9 
 
 		 377 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  28.21 
 
 		 384 aa  54.7  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  29.38 
 
 		 381 aa  54.7  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2803  ribonuclease D  29.24 
 
 		 400 aa  54.7  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  27.86 
 
 		 385 aa  54.7  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  28.74 
 
 		 399 aa  55.1  0.000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  29.75 
 
 		 394 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2762  ribonuclease D  34.57 
 
 		 358 aa  54.3  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.713242 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  28.21 
 
 		 382 aa  53.9  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  28.85 
 
 		 396 aa  53.9  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4287  3'-5' exonuclease  31.52 
 
 		 409 aa  53.1  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.276505  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3389  3'-5' exonuclease  29.7 
 
 		 382 aa  52.8  0.000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  29.14 
 
 		 381 aa  52.8  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  28.32 
 
 		 405 aa  52.4  0.000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  33.33 
 
 		 377 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  30.17 
 
 		 371 aa  52  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  29.14 
 
 		 381 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  28.14 
 
 		 392 aa  51.6  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  28.65 
 
 		 370 aa  51.6  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  28 
 
 		 395 aa  51.6  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0443  ribonuclease D, putative  28.32 
 
 		 381 aa  50.8  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  30.32 
 
 		 375 aa  50.4  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  28.82 
 
 		 384 aa  50.8  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000267525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  28.82 
 
 		 384 aa  50.8  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000377901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  28.82 
 
 		 388 aa  50.4  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000005746  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  36.13 
 
 		 375 aa  50.4  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  28.66 
 
 		 427 aa  50.4  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  29.45 
 
 		 385 aa  50.1  0.00005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  26.47 
 
 		 379 aa  49.7  0.00006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  29.61 
 
 		 368 aa  49.7  0.00006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000120269  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1252  ribonuclease D  28.73 
 
 		 386 aa  49.7  0.00007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000481962 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0237  3'-5' exonuclease  32.03 
 
 		 377 aa  49.7  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000118749  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  27.1 
 
 		 384 aa  49.3  0.00009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0221  3'-5' exonuclease  30.92 
 
 		 377 aa  48.9  0.00009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  27.85 
 
 		 389 aa  49.3  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  28.99 
 
 		 367 aa  48.5  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  31.71 
 
 		 386 aa  48.9  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  28.93 
 
 		 385 aa  48.5  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3191  3'-5' exonuclease  26.63 
 
 		 382 aa  48.9  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  29.11 
 
 		 395 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  29.24 
 
 		 396 aa  47.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01138  ribonuclease D  31.78 
 
 		 385 aa  47.8  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000796428  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  27.27 
 
 		 405 aa  47.4  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  33.54 
 
 		 375 aa  47.4  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  30.92 
 
 		 374 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2522  ribonuclease D  28.99 
 
 		 369 aa  47.8  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000280385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  30.57 
 
 		 384 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  29.17 
 
 		 367 aa  47  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000618336  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  31.06 
 
 		 377 aa  47  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1064  ribonuclease D (rnase d)  30.49 
 
 		 374 aa  47  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00409138  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  28.66 
 
 		 388 aa  46.6  0.0005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  27.16 
 
 		 389 aa  46.6  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0414  3'-5' exonuclease  28.12 
 
 		 295 aa  46.2  0.0006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  28.57 
 
 		 369 aa  46.6  0.0006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000212189  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  28.57 
 
 		 369 aa  46.6  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000359973  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  30.57 
 
 		 384 aa  46.2  0.0006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  28.57 
 
 		 369 aa  46.6  0.0006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  27.16 
 
 		 388 aa  46.2  0.0007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  30.57 
 
 		 384 aa  46.2  0.0007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0736  ribonuclease D  27.22 
 
 		 381 aa  45.8  0.0008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0989413  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  28.57 
 
 		 369 aa  46.2  0.0008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>