226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1189 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1189  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 365 aa  715    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.216183  normal  0.433432 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1120  permease YjgP/YjgQ family protein  55.34 
 
 		 364 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.187975 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2901  putative permease  53.28 
 
 		 364 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.220999  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1545  permease YjgP/YjgQ family protein  53.28 
 
 		 364 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1813  permease YjgP/YjgQ  49.32 
 
 		 364 aa  341  1e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.578456  normal  0.607435 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0948  permease YjgP/YjgQ  46.74 
 
 		 368 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.046524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0901  permease YjgP/YjgQ family protein  45.45 
 
 		 373 aa  293  4e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.104569 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3075  permease YjgP/YjgQ  36.68 
 
 		 366 aa  204  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.20702  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3472  permease YjgP/YjgQ family protein  34.51 
 
 		 362 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3045  permease YjgP/YjgQ family protein  35.03 
 
 		 369 aa  196  5.000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.453296 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3339  permease YjgP/YjgQ family protein  38.48 
 
 		 363 aa  195  8.000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465141 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2479  permease YjgP/YjgQ  34.5 
 
 		 361 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2967  permease YjgP/YjgQ  33.7 
 
 		 361 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0631438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2341  permease YjgP/YjgQ  33.24 
 
 		 365 aa  188  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.231587  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1678  permease YjgP/YjgQ  33.24 
 
 		 365 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.626554 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2312  permease YjgP/YjgQ  34.05 
 
 		 362 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3830  putative permease  31.9 
 
 		 365 aa  179  5.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658876  normal  0.105268 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2837  permease YjgP/YjgQ family protein  35.5 
 
 		 364 aa  178  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.240939  normal  0.233455 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0651  permease YjgP/YjgQ family protein  30.96 
 
 		 362 aa  172  5.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5099  permease YjgP/YjgQ family protein  33.88 
 
 		 362 aa  169  5e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.624296  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3932  permease YjgP/YjgQ family protein  36.07 
 
 		 362 aa  167  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.180246 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0555  permease YjgP/YjgQ family protein  33.79 
 
 		 363 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0678448 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3942  permease YjgP/YjgQ family protein  36.07 
 
 		 362 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3649  permease YjgP/YjgQ family protein  36.07 
 
 		 362 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.904037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5837  permease YjgP/YjgQ family protein  32.51 
 
 		 362 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2529  permease YjgP/YjgQ family protein  33.99 
 
 		 367 aa  157  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.337345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2627  permease YjgP/YjgQ family protein  34.41 
 
 		 376 aa  157  4e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1758  permease YjgP/YjgQ  32.88 
 
 		 359 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.111369  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2602  permease YjgP/YjgQ family protein  30.77 
 
 		 362 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.193291  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2222  permease YjgP/YjgQ family protein  31.61 
 
 		 361 aa  149  7e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.225398 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0764  permease YjgP/YjgQ family protein  30.79 
 
 		 360 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.27721 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0678  hypothetical protein  30.33 
 
 		 362 aa  147  3e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0686  hypothetical protein  30.6 
 
 		 362 aa  146  5e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.743352  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0507  YjgP/YjgQ permease  27.37 
 
 		 363 aa  145  1e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1211  permease YjgP/YjgQ family protein  27.99 
 
 		 362 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000556533 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1067  permease YjgP/YjgQ family protein  27.99 
 
 		 362 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000183228 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1542  hypothetical protein  26.56 
 
 		 362 aa  121  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2678  permease YjgP/YjgQ family protein  25.75 
 
 		 371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000197081  normal  0.64085 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1225  permease YjgP/YjgQ family protein  30.08 
 
 		 365 aa  102  8e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0443365  normal  0.829291 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2588  permease YjgP/YjgQ family protein  25.51 
 
 		 359 aa  92.8  8e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.199105  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  27.23 
 
 		 382 aa  89  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1248  permease YjgP/YjgQ  22.68 
 
 		 359 aa  87.8  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000476298  hitchhiker  0.00398949 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3640  membrane protein, YjgP/YjgQ like  26.96 
 
 		 382 aa  87.8  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3164  permease YjgP/YjgQ family protein  25.76 
 
 		 365 aa  87.8  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1288  permease YjgP/YjgQ family protein  26.98 
 
 		 356 aa  83.6  0.000000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.030814  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1949  permease, putative  26.55 
 
 		 359 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000528059  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0821  hypothetical protein  25.59 
 
 		 383 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2728  permease YjgP/YjgQ family protein  21.75 
 
 		 369 aa  80.9  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.437446  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0670  hypothetical protein  25.33 
 
 		 383 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.144259  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1173  hypothetical protein  25.33 
 
 		 383 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.200928  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2341  hypothetical protein  25.33 
 
 		 383 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2944  hypothetical protein  25.33 
 
 		 383 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1013  hypothetical protein  25.33 
 
 		 383 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17557  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1020  hypothetical protein  25.33 
 
 		 383 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1655  hypothetical protein  25.33 
 
 		 383 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3906  permease YjgP/YjgQ family protein  26.06 
 
 		 364 aa  79.7  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.101801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0826  permease YjgP/YjgQ family protein  27.11 
 
 		 382 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.792817  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1923  hypothetical protein  23.42 
 
 		 358 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.765584  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2227  permease YjgP/YjgQ family protein  26.12 
 
 		 382 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.483945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4924  permease YjgP/YjgQ family protein  23.69 
 
 		 369 aa  78.2  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2385  permease YjgP/YjgQ family protein  26.77 
 
 		 382 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2517  permease YjgP/YjgQ family protein  26.77 
 
 		 382 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1432  permease YjgP/YjgQ family protein  25.71 
 
 		 359 aa  76.6  0.0000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1639  permease YjgP/YjgQ family protein  23.03 
 
 		 359 aa  76.6  0.0000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000266176  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2473  permease YjgP/YjgQ family protein  26.7 
 
 		 382 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1857  permease YjgP/YjgQ  26.7 
 
 		 382 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.693669  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2468  permease YjgP/YjgQ family protein  26.7 
 
 		 382 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0797  hypothetical protein  23.71 
 
 		 352 aa  76.3  0.0000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0544635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1723  permease YjgP/YjgQ family protein  24.34 
 
 		 369 aa  75.5  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1284  hypothetical protein  26.97 
 
 		 355 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0988  permease YjgP/YjgQ family protein  25.98 
 
 		 353 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1919  permease YjgP/YjgQ family protein  24.34 
 
 		 369 aa  75.9  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5799  YjgP/YjgQ like transporter  26.32 
 
 		 382 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0825514 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3560  permease YjgP/YjgQ  23.22 
 
 		 353 aa  74.7  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0179004  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1141  putative permease  24.39 
 
 		 355 aa  74.3  0.000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0983  permease YjgP/YjgQ family protein  25.7 
 
 		 353 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14510  hypothetical protein  26.67 
 
 		 355 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1944  hypothetical protein  25.15 
 
 		 373 aa  73.6  0.000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.085708 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1020  permease YjgP/YjgQ family protein  25.7 
 
 		 353 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362766  normal  0.829125 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3525  permease YjgP/YjgQ family protein  27.41 
 
 		 354 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.246904 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0876  hypothetical membrane spanning protein  24.31 
 
 		 355 aa  73.2  0.000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0220  permease YjgP/YjgQ  21.39 
 
 		 356 aa  72  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.633981 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2406  permease YjgP/YjgQ  21.36 
 
 		 381 aa  72.4  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0876436  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2113  permease YjgP/YjgQ family protein  26.65 
 
 		 357 aa  72.4  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.741512 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1230  permease YjgP/YjgQ family protein  27.45 
 
 		 376 aa  71.6  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.494831  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0991  permease YjgP/YjgQ  26.54 
 
 		 353 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215925  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1923  hypothetical protein  22.76 
 
 		 362 aa  71.2  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.24425e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1078  permease YjgP/YjgQ family protein  24.01 
 
 		 352 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1746  permease YjgP/YjgQ  23.44 
 
 		 370 aa  70.5  0.00000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.108168  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2785  permease YjgP/YjgQ family protein  25.89 
 
 		 358 aa  69.7  0.00000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.661197  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1515  YjgP/YjgQ family protein  23.46 
 
 		 792 aa  68.6  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0375  permease YjgP/YjgQ family protein  27.51 
 
 		 361 aa  68.2  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0887769 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3470  permease YjgP/YjgQ family protein  23.85 
 
 		 360 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0912  permease YjgP/YjgQ family protein  24.64 
 
 		 352 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1180  permease YjgP/YjgQ family protein  23.31 
 
 		 352 aa  67  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.182285  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1512  permease YjgP/YjgQ family protein  25.35 
 
 		 374 aa  67.4  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2177  permease YjgP/YjgQ  23.98 
 
 		 366 aa  67.4  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0963  permease YjgP/YjgQ family protein  26.42 
 
 		 353 aa  67  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0512  hypothetical protein  24.38 
 
 		 394 aa  66.6  0.0000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17490  permease YjgP/YjgQ family protein  22.41 
 
 		 365 aa  65.5  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>