More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0938 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0938  transcriptional regulator  100 
 
 		 336 aa  662    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.762549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2928  helix-turn-helix domain-containing protein  35.06 
 
 		 376 aa  159  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 359 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 352 aa  82.8  0.000000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1451  transcriptional regulator, AraC family  22.42 
 
 		 338 aa  75.5  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.508698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13768  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 353 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  26.73 
 
 		 347 aa  73.6  0.000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 347 aa  73.6  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5154  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 339 aa  73.6  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3669  AraC family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 338 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1284  helix-turn-helix domain-containing protein  28.02 
 
 		 337 aa  70.1  0.00000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5229  AraC family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 339 aa  69.7  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0958531  normal  0.127084 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13099  virulence-regulating transcriptional regulator VirS  26.89 
 
 		 340 aa  69.3  0.00000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 351 aa  67.8  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1998  transcriptional regulator, AraC family  25.07 
 
 		 334 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  27.3 
 
 		 352 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 359 aa  64.3  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2392  helix-turn-helix domain-containing protein  28.01 
 
 		 381 aa  63.5  0.000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733232  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  24.91 
 
 		 360 aa  63.9  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4573  AraC family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 342 aa  63.5  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 345 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 334 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3372  transcriptional regulator, AraC family  28.45 
 
 		 375 aa  60.8  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2211  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 340 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2010  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 360 aa  60.1  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  27 
 
 		 339 aa  59.7  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  36.14 
 
 		 330 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 348 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 364 aa  59.3  0.00000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1113  AraC family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 339 aa  59.3  0.00000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  35.24 
 
 		 337 aa  58.9  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1593  helix-turn-helix domain-containing protein  38.54 
 
 		 335 aa  58.9  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3527  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 340 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2361  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 335 aa  57.8  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3227  AraC family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 334 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.130306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2605  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 342 aa  58.2  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.384933  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3216  AraC family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 334 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.499109  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3278  AraC family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 334 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6762  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 386 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 337 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 349 aa  57.4  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 336 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6273  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 348 aa  57  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.294899  normal  0.494705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1103  transcriptional regulator, AraC family  39.73 
 
 		 331 aa  57  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 337 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1556  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 386 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728217  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  33.04 
 
 		 330 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1252  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 336 aa  56.2  0.0000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 340 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 340 aa  56.2  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 331 aa  56.2  0.0000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 		 330 aa  56.2  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 353 aa  56.2  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 343 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6814  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 352 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 357 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  34.96 
 
 		 353 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 340 aa  55.8  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 353 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0400  transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 		 358 aa  55.5  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 345 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  44 
 
 		 347 aa  55.5  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 398 aa  55.8  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  26 
 
 		 340 aa  55.8  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 338 aa  55.5  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2470  transcriptional regulator, AraC family  24.33 
 
 		 338 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 358 aa  55.1  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 382 aa  55.1  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 353 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 350 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 360 aa  54.7  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  43.75 
 
 		 337 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 337 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2141  AraC family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 308 aa  54.3  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3102  helix-turn-helix, AraC type  34.91 
 
 		 330 aa  53.9  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  40.23 
 
 		 347 aa  54.3  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 364 aa  54.3  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5362  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 348 aa  54.3  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326108  normal  0.226827 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 		 362 aa  53.9  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 344 aa  53.9  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 327 aa  53.9  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 345 aa  53.9  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 360 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0166  helix-turn-helix domain-containing protein  38.71 
 
 		 368 aa  53.5  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4147  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 331 aa  53.5  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.277047  normal  0.903101 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0242  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 355 aa  53.5  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 345 aa  53.5  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 345 aa  53.5  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 343 aa  53.5  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 345 aa  53.5  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 345 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30620  AraC family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 342 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0924433 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  35.87 
 
 		 340 aa  53.1  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2100  AraC family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 247 aa  53.1  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  31.43 
 
 		 333 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  41.89 
 
 		 341 aa  53.1  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4375  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 345 aa  53.1  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.987701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 339 aa  53.1  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 345 aa  52.8  0.000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 353 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>