More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0850 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0067  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.05 
 
 
626 aa  664    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237297  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2871  cold-shock dead-box protein A  57.39 
 
 
673 aa  664    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.975529  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0850  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
730 aa  1437    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00336665  normal  0.272992 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2023  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.3 
 
 
651 aa  655    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.995582  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1574  DEAD/DEAH box helicase-like  66.73 
 
 
706 aa  691    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.226882  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0590  DEAD/DEAH box helicase-like  54.31 
 
 
710 aa  675    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00331406 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1826  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.32 
 
 
659 aa  654    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00351087 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2893  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.07 
 
 
764 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4366  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.19 
 
 
687 aa  608  9.999999999999999e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0135  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.27 
 
 
793 aa  596  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.776582  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0900  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.16 
 
 
787 aa  589  1e-167  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00172468  normal  0.0499652 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4667  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.96 
 
 
545 aa  566  1e-160  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.528462  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0120  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  55.13 
 
 
626 aa  564  1.0000000000000001e-159  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.352683  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2928  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.17 
 
 
545 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0124  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  54.94 
 
 
626 aa  560  1e-158  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.232236  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0138  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.81 
 
 
644 aa  561  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113541  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1485  ATP-dependent RNA helicase  61.44 
 
 
602 aa  555  1e-156  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16789  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1119  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.41 
 
 
596 aa  548  1e-155  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.538016 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3396  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.19 
 
 
583 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.112042 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1386  DEAD/DEAH box helicase  46.84 
 
 
677 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1589  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.08 
 
 
609 aa  535  1e-151  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2584  DEAD/DEAH box helicase-like  56.97 
 
 
590 aa  536  1e-151  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.780763  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2184  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.97 
 
 
776 aa  537  1e-151  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4450  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.14 
 
 
568 aa  532  1e-150  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.181916 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4914  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.34 
 
 
568 aa  534  1e-150  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.28 
 
 
593 aa  530  1e-149  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.172046 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.12 
 
 
567 aa  520  1e-146  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.323707  normal  0.0708927 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4919  putative DEAD-box cold-shock protein, ATP-independent RNA helicase  48.44 
 
 
656 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.730754  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4525  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.23 
 
 
691 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1844  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54 
 
 
574 aa  510  1e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.360564  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3218  DEAD/DEAH box helicase-like  51.13 
 
 
691 aa  512  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0179  DEAD/DEAH box helicase  51.15 
 
 
679 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.970165  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0876  DEAD/DEAH box helicase-like  48.56 
 
 
659 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0260  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.39 
 
 
577 aa  504  1e-141  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1832  DEAD/DEAH box helicase-like protein  49.21 
 
 
610 aa  499  1e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00214348  normal  0.596692 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2913  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.24 
 
 
585 aa  487  1e-136  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.898805  normal  0.138469 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0223  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.4 
 
 
505 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.295607 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3142  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.1 
 
 
565 aa  451  1e-125  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.1 
 
 
565 aa  449  1e-125  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.629149  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3044  DEAD/DEAH box helicase-like  52 
 
 
565 aa  446  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4213  DEAD/DEAH box helicase-like  57.14 
 
 
340 aa  310  5e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.985867  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0508  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.65 
 
 
558 aa  298  3e-79  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000225477  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.82 
 
 
527 aa  268  2e-70  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00215503  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2125  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.33 
 
 
531 aa  264  4.999999999999999e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0152  DEAD/DEAH box helicase-like  35.4 
 
 
572 aa  257  5e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14060  DNA/RNA helicase, superfamily II  34.62 
 
 
669 aa  256  7e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1083  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.69 
 
 
536 aa  256  1.0000000000000001e-66  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1989  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.59 
 
 
597 aa  255  2.0000000000000002e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.805069  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0649  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.06 
 
 
532 aa  251  2e-65  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.68 
 
 
527 aa  249  1e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000471221  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0650  ATP-dependent RNA helicase DbpA  41.64 
 
 
468 aa  248  2e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2746  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.78 
 
 
678 aa  248  2e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633229  normal  0.123801 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1472  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.55 
 
 
541 aa  247  6e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000440496  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4601  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.31 
 
 
589 aa  245  1.9999999999999999e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1629  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.52 
 
 
538 aa  244  3e-63  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.343673  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3724  ATP-dependent RNA helicase DeaD  35.58 
 
 
664 aa  244  3.9999999999999997e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1725  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.34 
 
 
595 aa  244  5e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3590  ATP-dependent RNA helicase DeaD  35.58 
 
 
664 aa  244  6e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4001  ATP-dependent RNA helicase DeaD  35.58 
 
 
664 aa  244  6e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2820  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.3 
 
 
556 aa  243  1e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00179058  normal  0.0521879 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0456  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.46 
 
 
546 aa  243  1e-62  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.441946  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03693  ATP-dependent RNA helicase  32.72 
 
 
589 aa  241  2e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1680  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.26 
 
 
677 aa  242  2e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.139881  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1182  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.46 
 
 
541 aa  242  2e-62  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00431867  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.21 
 
 
643 aa  241  2e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.173354  decreased coverage  0.00154512 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1733  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.1 
 
 
712 aa  242  2e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.555065  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0722  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.21 
 
 
607 aa  241  2.9999999999999997e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.017054  normal  0.720031 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1650  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  31.24 
 
 
528 aa  241  2.9999999999999997e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000109109  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1389  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  31.24 
 
 
528 aa  241  2.9999999999999997e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.0000000667125  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.22 
 
 
546 aa  241  2.9999999999999997e-62  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.661924  normal  0.15207 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1259  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.5 
 
 
608 aa  241  4e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  35.01 
 
 
590 aa  241  5e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.795312  normal  0.95213 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4969  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.06 
 
 
584 aa  241  5e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.465149  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3753  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.97 
 
 
908 aa  240  5.999999999999999e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.237591  normal  0.30492 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3118  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.79 
 
 
530 aa  240  5.999999999999999e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1305  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.34 
 
 
602 aa  240  6.999999999999999e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2488  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.39 
 
 
565 aa  240  9e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000211561  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1760  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.53 
 
 
527 aa  239  1e-61  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  41.79 
 
 
533 aa  238  2e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0603  DEAD/DEAH box helicase-like protein  34.55 
 
 
591 aa  239  2e-61  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.365924 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1774  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.54 
 
 
589 aa  239  2e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1816  DEAD/DEAH box helicase-like  32.55 
 
 
531 aa  238  3e-61  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3048  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.4 
 
 
747 aa  238  3e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28600  DNA/RNA helicase, superfamily II  36.48 
 
 
570 aa  237  6e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.219312 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2752  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.31 
 
 
694 aa  237  6e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0117058 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1921  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.01 
 
 
532 aa  237  7e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000118371  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2225  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.69 
 
 
559 aa  236  8e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1139  DEAD/DEAH box helicase-like protein  34.32 
 
 
568 aa  236  1.0000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0371  hypothetical protein  31.22 
 
 
656 aa  236  1.0000000000000001e-60  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3459  ATP-dependent RNA helicase DeaD  35.2 
 
 
624 aa  236  1.0000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.319039  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04825  ATP-dependent RNA helicase  35.45 
 
 
614 aa  235  2.0000000000000002e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17560  DNA/RNA helicase, superfamily II  32.14 
 
 
731 aa  236  2.0000000000000002e-60  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0588083  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2267  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.54 
 
 
561 aa  235  3e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2564  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.85 
 
 
634 aa  234  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.347829  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0495  ATP-dependent RNA helicase DeaD  35.12 
 
 
653 aa  234  4.0000000000000004e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.148315  normal  0.959969 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2996  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.99 
 
 
618 aa  234  4.0000000000000004e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.733228 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0666  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.62 
 
 
625 aa  234  5e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.477317  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0202  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.97 
 
 
590 aa  234  5e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.940477  normal  0.073291 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1116  DEAD/DEAH box helicase-like  34.14 
 
 
640 aa  234  6e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0924  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.57 
 
 
599 aa  233  7.000000000000001e-60  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>