185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4302 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4302  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 79 aa  155  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.397769  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0914  XRE family transcriptional regulator  68.12 
 
 		 108 aa  102  2e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1916  transcriptional regulator, XRE family  46.58 
 
 		 104 aa  80.5  0.000000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00193475  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1719  transcriptional regulator, XRE family  49.32 
 
 		 104 aa  79.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.134789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2818  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 173 aa  51.6  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0338  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 171 aa  51.2  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4154  hypothetical protein  43.64 
 
 		 82 aa  50.4  0.000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 91 aa  49.7  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3281  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 173 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.871806 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 276 aa  49.3  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2672  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  36.92 
 
 		 508 aa  48.9  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4519  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 168 aa  48.9  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 112 aa  48.9  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 107 aa  48.1  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 97 aa  48.5  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2898  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 83 aa  47.8  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  35.19 
 
 		 107 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 112 aa  47.8  0.00006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 198 aa  47  0.00009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  33.9 
 
 		 106 aa  47  0.00009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 196 aa  46.6  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  40.38 
 
 		 80 aa  46.6  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 137 aa  46.6  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  39.66 
 
 		 196 aa  46.6  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 201 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 		 223 aa  45.8  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 201 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 98 aa  45.4  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  40.68 
 
 		 347 aa  45.4  0.0002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 135 aa  45.4  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  42.31 
 
 		 69 aa  46.2  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 513 aa  45.4  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  39.29 
 
 		 201 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 101 aa  45.4  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 93 aa  45.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 97 aa  45.4  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1476  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 91 aa  45.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 97 aa  45.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 488 aa  45.1  0.0004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 97 aa  45.1  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  37.5 
 
 		 516 aa  44.7  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2426  hypothetical protein  35.48 
 
 		 75 aa  44.3  0.0005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 230 aa  44.7  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  34.38 
 
 		 200 aa  44.7  0.0005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 210 aa  44.7  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  29.85 
 
 		 99 aa  44.3  0.0006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 181 aa  44.3  0.0006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0683  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 239 aa  43.9  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0567  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 82 aa  43.9  0.0007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.102591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 68 aa  43.9  0.0008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  32.08 
 
 		 175 aa  43.9  0.0008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 210 aa  43.9  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 99 aa  43.5  0.0009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  29.85 
 
 		 99 aa  43.5  0.0009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  33.85 
 
 		 178 aa  43.5  0.0009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  35.19 
 
 		 185 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 197 aa  43.5  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0065  hypothetical protein  33.33 
 
 		 79 aa  43.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3680  helix-turn-helix domain protein  35.09 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3681  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 109 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0155  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 83 aa  43.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.540606  hitchhiker  0.00139635 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 505 aa  43.5  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2410  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 141 aa  43.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000774173  normal  0.481646 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 115 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 77 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  27.27 
 
 		 118 aa  43.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1442  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 103 aa  43.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 126 aa  43.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3859  hypothetical protein  38.46 
 
 		 233 aa  43.5  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0107  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 93 aa  43.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.396345 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 114 aa  42.7  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 199 aa  42.4  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1447  putative transcription regulator protein  32.81 
 
 		 84 aa  42.4  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  35.19 
 
 		 185 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  35.19 
 
 		 185 aa  42.7  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  35.19 
 
 		 185 aa  42.7  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  35.19 
 
 		 185 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  36.84 
 
 		 94 aa  42.7  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4237  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 140 aa  42.7  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.55821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.84 
 
 		 481 aa  42.7  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  33.93 
 
 		 517 aa  42.4  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3505  transcriptional regulator, XRE family  31.03 
 
 		 97 aa  42.4  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  35.19 
 
 		 185 aa  42.7  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  38.6 
 
 		 376 aa  42.4  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001517  predicted transcriptional regulator  37.93 
 
 		 84 aa  42.4  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000562754  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  30.43 
 
 		 117 aa  42.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  35.19 
 
 		 185 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 113 aa  42.4  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12056  transcriptional regulator  31.82 
 
 		 101 aa  42.7  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 199 aa  42.4  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003247  putative transcription regulator protein  31.03 
 
 		 88 aa  42  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 84 aa  42.4  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4441  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 123 aa  42.4  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4036  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 84 aa  42.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.610056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00900  predicted transcriptional regulator  39.06 
 
 		 369 aa  42.4  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.506264 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3103  transcriptional regulator, XRE family  30.36 
 
 		 503 aa  42.4  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597911  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  33.33 
 
 		 101 aa  42  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 117 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 222 aa  42  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5705  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 139 aa  41.6  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.712971 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>