More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2291 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2291  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 292 aa  605  9.999999999999999e-173  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  37.5 
 
 		 294 aa  229  3e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3095  AraC family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 313 aa  179  4e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6086  transcriptional regulator, AraC family  34.49 
 
 		 288 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.993456 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7100  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 292 aa  115  8.999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.723966  normal  0.268951 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23290  transcriptional regulator, AraC family  30.24 
 
 		 276 aa  100  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 290 aa  99.8  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2677  transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 		 274 aa  96.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  25.49 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  26.81 
 
 		 273 aa  94.4  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  27.05 
 
 		 311 aa  94  2e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2354  transcriptional regulator, AraC family  26.45 
 
 		 274 aa  92.8  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.227413 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1862  transcriptional regulator, AraC family  28.69 
 
 		 300 aa  92.8  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3518  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 275 aa  92  1e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.630647 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1546  AraC family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 275 aa  89.7  5e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000827637  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 284 aa  89.4  7e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0415  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 288 aa  89  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.547266  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0347  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 288 aa  87.8  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 302 aa  87.4  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  27.35 
 
 		 291 aa  86.7  4e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  25.51 
 
 		 279 aa  86.7  4e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 278 aa  86.3  5e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  24.89 
 
 		 306 aa  85.9  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4772  AraC family transcriptional regulator  24 
 
 		 293 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54610  putative transcriptional regulator  24 
 
 		 303 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.53981  normal  0.0153543 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1012  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 274 aa  83.2  0.000000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3869  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.37 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3428  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 		 265 aa  82.8  0.000000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  25.37 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 333 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1378  AraC family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230612  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0991  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 		 276 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1573  transcriptional regulator MmsR  22.91 
 
 		 297 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1993  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 508 aa  77.4  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.04683  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 277 aa  78.2  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18110  transcriptional regulator MmsR  23.02 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2912  AraC family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 293 aa  76.6  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5109  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 330 aa  77  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0905505  normal  0.0237076 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 329 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3596  transcriptional regulator, AraC family  22.86 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000994716  hitchhiker  0.0000611237 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3137  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3104  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 282 aa  75.5  0.0000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  43.01 
 
 		 337 aa  75.5  0.0000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0841  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 300 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  33 
 
 		 294 aa  75.5  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0353  MSM (multiple sugar metabolism) operon regulatory protein  23.47 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2167  AraC family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 261 aa  74.7  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.241927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  26.48 
 
 		 298 aa  73.9  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 281 aa  73.6  0.000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 204 aa  73.2  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 344 aa  73.2  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  24.68 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  26.5 
 
 		 286 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0768  AraC family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 261 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1284  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 168 aa  72.4  0.000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 306 aa  72.4  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  30.43 
 
 		 537 aa  72.4  0.000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3907  AraC family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 271 aa  72.4  0.000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.869248  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1472  transcriptional regulator, AraC family  27.12 
 
 		 269 aa  71.6  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 261 aa  72  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  30.93 
 
 		 318 aa  72  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1753  AraC family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 322 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143469  normal  0.226934 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1299  transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 		 334 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1722  two component AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 508 aa  72  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0236  transcriptional regulator, AraC family  23.97 
 
 		 273 aa  71.2  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4950  transcriptional regulator, AraC family  24.59 
 
 		 271 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.839222 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 338 aa  70.9  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  33.58 
 
 		 530 aa  70.5  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0219  helix-turn-helix domain-containing protein  32.54 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.882333  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  24.24 
 
 		 282 aa  70.5  0.00000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 271 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0864  two component AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 503 aa  70.1  0.00000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  22.58 
 
 		 307 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.42509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0023  transcriptional regulator, AraC family  22.58 
 
 		 297 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3324  AraC family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 328 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4189  AraC family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 297 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0536  transcriptional regulator  34.04 
 
 		 318 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03507  hypothetical protein  22.58 
 
 		 307 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.702446  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5113  transcriptional regulator, AraC family  22.58 
 
 		 297 aa  69.7  0.00000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.52445 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  33.66 
 
 		 261 aa  69.7  0.00000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  25.68 
 
 		 276 aa  69.7  0.00000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1312  AraC family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 309 aa  69.3  0.00000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0877  AraC family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 298 aa  68.9  0.00000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000000157744  decreased coverage  0.000000000198967 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 162 aa  69.3  0.00000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  36 
 
 		 325 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2914  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 318 aa  68.9  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4565  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 332 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.644708 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5090  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 332 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893585 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03436  putative regulatory protein  25.1 
 
 		 271 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4046  AraC family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 297 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03387  hypothetical protein  25.1 
 
 		 271 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3601  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3197  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 355 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5170  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 355 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119945  normal  0.398909 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  34.41 
 
 		 287 aa  68.6  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4929  transcriptional regulator, AraC family  40.82 
 
 		 322 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.202383  normal  0.326932 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5109  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 332 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.771046  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>