More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1475 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1475  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 255 aa  524  1e-148  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.059663 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6060  two component transcriptional regulator, LytTR family  61.18 
 
 		 253 aa  332  3e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4001  LytTR family two component transcriptional regulator  59.22 
 
 		 255 aa  327  1.0000000000000001e-88  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7151  two component transcriptional regulator, LytTR family  54.47 
 
 		 249 aa  288  6e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0758  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.25 
 
 		 256 aa  207  1e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.649382 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6406  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.41 
 
 		 252 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5335  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.57 
 
 		 253 aa  196  3e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.709567 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6676  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.32 
 
 		 253 aa  192  4e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2661  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.76 
 
 		 252 aa  191  7e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5824  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.15 
 
 		 258 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0489181 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2091  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.6 
 
 		 259 aa  189  5e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  normal  0.478744 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3726  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.96 
 
 		 252 aa  179  4.999999999999999e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.304835 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5312  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.89 
 
 		 255 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0977362 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0307  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.83 
 
 		 250 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0271  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.74 
 
 		 256 aa  169  3e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2789  response regulator receiver  35.69 
 
 		 254 aa  167  1e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4908  LytTR family two component transcriptional regulator  36.5 
 
 		 255 aa  167  2e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2256  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.46 
 
 		 262 aa  166  4e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.596319 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1794  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.85 
 
 		 260 aa  165  6.9999999999999995e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0804  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.26 
 
 		 251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1317  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.05 
 
 		 261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3229  LytTR family two component transcriptional regulator  36.61 
 
 		 250 aa  163  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2354  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.91 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0800  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.43 
 
 		 251 aa  159  4e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6102  two component transcriptional regulator, LytTR family  35 
 
 		 252 aa  157  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12408  two-component system response regulator  32.68 
 
 		 251 aa  157  2e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.401855  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1444  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.81 
 
 		 256 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.317386 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0600  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.8 
 
 		 265 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.315052 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2868  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.24 
 
 		 259 aa  152  4e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0154807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2775  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.74 
 
 		 258 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1836  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.16 
 
 		 258 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.367672  normal  0.467017 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5405  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.46 
 
 		 243 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.379459 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2439  LytTr DNA-binding region  33.2 
 
 		 255 aa  144  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2084  response regulator receiver protein  55.08 
 
 		 202 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4674  LytTR family two component transcriptional regulator  32.31 
 
 		 254 aa  125  4.0000000000000003e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.124147  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1209  LytTr DNA-binding region  31.25 
 
 		 240 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0837  response regulator receiver protein  43.97 
 
 		 153 aa  107  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.925678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  31.23 
 
 		 238 aa  101  9e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 270 aa  101  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0858  response regulator receiver protein  50 
 
 		 141 aa  100  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.748894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.48 
 
 		 261 aa  97.4  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.08 
 
 		 237 aa  95.9  6e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.44 
 
 		 257 aa  94  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  28 
 
 		 236 aa  94  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 262 aa  93.2  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.57 
 
 		 260 aa  92.8  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 317 aa  92.8  5e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  30.41 
 
 		 242 aa  92.8  5e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  27.89 
 
 		 237 aa  92  7e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.19 
 
 		 245 aa  92.4  7e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  28.17 
 
 		 246 aa  92  8e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 247 aa  92  8e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.03 
 
 		 275 aa  92  8e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  28.17 
 
 		 246 aa  92  8e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 253 aa  90.9  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  26.27 
 
 		 242 aa  90.9  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.85 
 
 		 248 aa  90.9  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  30.77 
 
 		 245 aa  90.1  3e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  26.69 
 
 		 254 aa  90.1  3e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  27.19 
 
 		 246 aa  89.4  6e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.14 
 
 		 244 aa  88.6  8e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0183  response regulator  26.91 
 
 		 246 aa  88.6  9e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.32 
 
 		 265 aa  87.8  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2035  response regulator receiver protein  26.35 
 
 		 282 aa  88.2  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.150352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.92 
 
 		 253 aa  87.4  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  27.63 
 
 		 261 aa  87.4  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.69 
 
 		 243 aa  85.9  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  26.75 
 
 		 246 aa  86.3  5e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  27.43 
 
 		 255 aa  85.9  6e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.39 
 
 		 242 aa  85.5  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.8 
 
 		 256 aa  85.5  7e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  26.32 
 
 		 246 aa  85.5  8e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  26.61 
 
 		 268 aa  85.5  8e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  28.18 
 
 		 247 aa  85.5  8e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  28.76 
 
 		 279 aa  85.1  9e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  26.75 
 
 		 246 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  26.75 
 
 		 246 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  26.75 
 
 		 246 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  26.75 
 
 		 246 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  26.75 
 
 		 246 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  26.75 
 
 		 246 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  25.49 
 
 		 268 aa  84.7  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  26.75 
 
 		 246 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  25.98 
 
 		 244 aa  84  0.000000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 252 aa  84  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0847  response regulator receiver  26.54 
 
 		 232 aa  84  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2282  response regulator receiver protein  27.07 
 
 		 276 aa  84  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.81  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  26.58 
 
 		 243 aa  83.6  0.000000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  25.75 
 
 		 265 aa  82.8  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3408  LytTr DNA-binding region  25.46 
 
 		 240 aa  82.4  0.000000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.111489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.38 
 
 		 261 aa  82  0.000000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.33 
 
 		 258 aa  82  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.43 
 
 		 246 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  25.88 
 
 		 246 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.87 
 
 		 254 aa  81.6  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.32 
 
 		 257 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 258 aa  81.6  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 254 aa  81.3  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  27.67 
 
 		 268 aa  81.3  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.57 
 
 		 260 aa  80.9  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>