More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0601 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0601  signal transduction histidine kinase, LytS  100 
 
 		 359 aa  727    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1793  signal transduction histidine kinase, LytS  49.22 
 
 		 391 aa  342  4e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.947551 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1316  signal transduction histidine kinase, LytS  41.07 
 
 		 372 aa  232  9e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2090  signal transduction histidine kinase, LytS  38.64 
 
 		 362 aa  195  1e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0316441  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1788  signal transduction histidine kinase, LytS  53.59 
 
 		 448 aa  185  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992442  normal  0.938374 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2254  signal transduction histidine kinase, LytS  35.16 
 
 		 366 aa  179  5.999999999999999e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.694185 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2776  signal transduction histidine kinase, LytS  40.35 
 
 		 343 aa  178  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.647041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6103  signal transduction histidine kinase, LytS  41.63 
 
 		 362 aa  176  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4868  signal transduction histidine kinase, LytS  37.05 
 
 		 340 aa  175  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2867  signal transduction histidine kinase, LytS  43.78 
 
 		 399 aa  170  4e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1315  signal transduction histidine kinase, LytS  39.72 
 
 		 333 aa  167  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1837  signal transduction histidine kinase, LytS  33.64 
 
 		 342 aa  167  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.230047  normal  0.631331 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5311  signal transduction histidine kinase, LytS  34.01 
 
 		 342 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.169527 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0602  signal transduction histidine kinase, LytS  38.66 
 
 		 356 aa  166  4e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2660  signal transduction histidine kinase, LytS  41.82 
 
 		 342 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1792  signal transduction histidine kinase, LytS  33.64 
 
 		 323 aa  157  4e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2255  signal transduction histidine kinase, LytS  33.04 
 
 		 359 aa  155  1e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.637469 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5404  signal transduction histidine kinase, LytS  40.7 
 
 		 362 aa  149  7e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.597323 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2440  histidine kinase internal region  34.12 
 
 		 375 aa  149  7e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2790  histidine kinase internal region  33.55 
 
 		 312 aa  149  8e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1445  signal transduction histidine kinase, LytS  40 
 
 		 366 aa  145  9e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.355242 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0836  signal transduction histidine kinase, LytS  41.18 
 
 		 380 aa  144  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0805  signal transduction histidine kinase, LytS  36.2 
 
 		 365 aa  142  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0757  signal transduction histidine kinase, LytS  37.74 
 
 		 339 aa  139  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.836755  normal  0.978772 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11998  hypothetical protein  35.62 
 
 		 454 aa  139  1e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.899904  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3727  signal transduction histidine kinase, LytS  36.65 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.330539 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4913  signal transduction histidine kinase, LytS  35.75 
 
 		 445 aa  136  5e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.759043  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2353  signal transduction histidine kinase, LytS  43.02 
 
 		 1021 aa  135  8e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6677  signal transduction histidine kinase, LytS  32.89 
 
 		 344 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0308  signal transduction histidine kinase, LytS  33.18 
 
 		 357 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3230  signal transduction histidine kinase, LytS  35.82 
 
 		 364 aa  134  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4002  signal transduction histidine kinase, LytS  35.27 
 
 		 338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0272  signal transduction histidine kinase, LytS  28.57 
 
 		 352 aa  133  5e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7150  signal transduction histidine kinase, LytS  35.27 
 
 		 345 aa  133  5e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6059  signal transduction histidine kinase, LytS  32 
 
 		 343 aa  132  9e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1474  signal transduction histidine kinase, LytS  33.98 
 
 		 339 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0623535 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5825  signal transduction histidine kinase, LytS  35.08 
 
 		 341 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.466187  normal  0.0531961 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4669  signal transduction histidine kinase, LytS  30.18 
 
 		 523 aa  122  9e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.959572  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0857  signal transduction histidine kinase, LytS  34.95 
 
 		 342 aa  119  7e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0799  signal transduction histidine kinase, LytS  33.33 
 
 		 342 aa  119  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.324616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1210  histidine kinase internal region  36.51 
 
 		 351 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6407  signal transduction histidine kinase, LytS  33.68 
 
 		 355 aa  106  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3488  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.25 
 
 		 357 aa  103  4e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2185  signal transduction histidine kinase, LytS  30.48 
 
 		 831 aa  102  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3160  histidine kinase internal region  30.1 
 
 		 350 aa  100  5e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1526  signal transduction histidine kinase, LytS  35.68 
 
 		 377 aa  97.8  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5336  signal transduction histidine kinase, LytS  28.63 
 
 		 347 aa  96.7  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.339163 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3837  periplasmic senrsor signal transduction histidine kinase  30.22 
 
 		 384 aa  96.3  7e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1861  signal transduction histidine kinase, LytS  33.16 
 
 		 389 aa  95.5  1e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.923195  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1441  signal transduction histidine kinase, LytS  30.04 
 
 		 559 aa  95.5  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.645903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4032  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.41 
 
 		 446 aa  95.1  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0162124  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2061  signal transduction histidine kinase, LytS  32.2 
 
 		 350 aa  94.4  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0225  hypothetical protein  34.73 
 
 		 558 aa  94.4  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10410  signal transduction histidine kinase, LytS  30.23 
 
 		 578 aa  93.6  5e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014237  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3789  signal transduction histidine kinase, LytS  34.1 
 
 		 351 aa  93.2  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.938742  normal  0.0445947 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1480  signal transduction histidine kinase, LytS  35.19 
 
 		 557 aa  92.8  8e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336148  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000975  autolysin sensor kinase  28.3 
 
 		 342 aa  92.8  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.948194  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2094  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase internal region:5TM Receptors of the LytS-YhcK type, transmembrane region  32.45 
 
 		 577 aa  91.7  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0375  signal transduction histidine kinase, LytS  30.51 
 
 		 346 aa  91.7  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01917  sensor histidine kinase  31.55 
 
 		 357 aa  91.7  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2761  signal transduction histidine kinase, LytS  27.68 
 
 		 394 aa  90.9  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4800  signal transduction histidine kinase, LytS  30.92 
 
 		 374 aa  90.9  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.670817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0419  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.13 
 
 		 394 aa  90.5  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.287755  normal  0.0120323 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0489  histidine kinase internal region  32.75 
 
 		 372 aa  90.5  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4381  signal transduction histidine kinase, LytS  26.1 
 
 		 377 aa  90.5  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0978  signal transduction histidine kinase, LytS  33.33 
 
 		 345 aa  90.5  4e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0251166 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1380  histidine kinase internal region  32.65 
 
 		 390 aa  90.1  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.837243 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2907  signal transduction histidine kinase, LytS  29.41 
 
 		 362 aa  90.1  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1017  sensor histidine kinase, putative  34.22 
 
 		 579 aa  89.7  6e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1965  histidine kinase internal region  38.39 
 
 		 576 aa  89.7  7e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2576  two-component sensor histidine kinase  31.6 
 
 		 349 aa  89.7  7e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4283  signal transduction histidine kinase, LytS  32.49 
 
 		 349 aa  89.4  9e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.479453  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2882  signal transduction histidine kinase, LytS  35.9 
 
 		 558 aa  89  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0010106  unclonable  0.0000000000662994 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2024  sensor histidine kinase LytS  34.23 
 
 		 591 aa  88.2  2e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5141  signal transduction histidine kinase, LytS  28.49 
 
 		 367 aa  88.2  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2171  ATP-binding region, ATPase-like  36.67 
 
 		 455 aa  88.2  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346246  normal  0.0306612 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3090  histidine kinase internal region  28.95 
 
 		 349 aa  88.2  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0037  histidine kinase internal region  31.41 
 
 		 340 aa  88.2  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2330  signal transduction histidine kinase, LytS  28.57 
 
 		 362 aa  87.8  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0802688  hitchhiker  0.00786489 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2444  signal transduction histidine kinase, LytS  29.12 
 
 		 566 aa  87.8  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.221441  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4847  signal transduction histidine kinase, LytS  29 
 
 		 382 aa  87.8  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.716218  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0392  signal transduction histidine kinase, LytS  29.26 
 
 		 331 aa  87.8  3e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.555047  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3113  sensor histidine kinase  30.32 
 
 		 561 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00985  hypothetical protein  36.89 
 
 		 556 aa  87  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0056  signal transduction histidine kinase, LytS  30.22 
 
 		 557 aa  87  4e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0698199  decreased coverage  0.000000126428 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0054  signal transduction histidine kinase, LytS  30.22 
 
 		 557 aa  87  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0736236  hitchhiker  0.000664675 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1766  signal transduction histidine kinase, LytS  34.62 
 
 		 558 aa  87  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.420125  hitchhiker  0.00747728 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3001  DEAD/DEAH box helicase-like  29.94 
 
 		 370 aa  87  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271978 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2398  sensor histidine kinase  30.13 
 
 		 561 aa  86.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0616  signal transduction histidine kinase, LytS  29.14 
 
 		 349 aa  86.7  6e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.650329  normal  0.363889 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2394  sensor histidine kinase  30.13 
 
 		 561 aa  86.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2305  sensor histidine kinase  30.13 
 
 		 561 aa  86.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2349  sensor histidine kinase  30.13 
 
 		 561 aa  86.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.896071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2506  sensor histidine kinase  30.13 
 
 		 561 aa  86.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.454206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1178  signal transduction histidine kinase, LytS  29.69 
 
 		 413 aa  86.3  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2355  signal transduction histidine kinase, LytS  27.27 
 
 		 580 aa  86.3  7e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.461368  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0956  signal transduction histidine kinase, LytS  31.47 
 
 		 563 aa  86.3  8e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.324121  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6587  signal transduction histidine kinase, LytS  26.1 
 
 		 352 aa  85.9  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.423236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1319  membrane receptor, histidine kinase  38.05 
 
 		 560 aa  85.5  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0189  histidine kinase internal region  26.57 
 
 		 642 aa  85.5  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>