More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5556 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5556  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 352 aa  717    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487576  normal  0.0420739 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5316  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  52.99 
 
 		 354 aa  386  1e-106  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1132  transcriptional regulator  50.14 
 
 		 355 aa  366  1e-100  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.99008 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3553  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  51.44 
 
 		 348 aa  347  2e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528491 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1271  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  49.57 
 
 		 350 aa  343  4e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  50.72 
 
 		 352 aa  340  2e-92  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2022  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60.33 
 
 		 589 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1040  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  51.06 
 
 		 365 aa  149  5e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0463  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  50 
 
 		 403 aa  149  7e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0648  diguanylate phosphodiesterase  51.54 
 
 		 403 aa  149  7e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.215101 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0649  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  54.33 
 
 		 387 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.736737  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0065  response regulator receiver domain-containing protein  49.19 
 
 		 196 aa  137  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.670969  normal  0.0252366 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0584  response regulator receiver protein  52.07 
 
 		 216 aa  136  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0767221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4447  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 227 aa  130  3e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 204 aa  129  6e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.68 
 
 		 236 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4889  two component AraC family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 288 aa  127  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  hitchhiker  0.00503781 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  44.12 
 
 		 265 aa  125  9e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1037  response regulator receiver protein  46.88 
 
 		 247 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.76 
 
 		 236 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2296  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.3 
 
 		 394 aa  112  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3807  AraC family two component transcriptional regulator  43.8 
 
 		 289 aa  111  2.0000000000000002e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.536318  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.94 
 
 		 1651 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1997  two component transcriptional regulator  47.11 
 
 		 234 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000742772  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 1341 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0589  response regulator receiver modulated serine phosphatase  33.33 
 
 		 371 aa  107  3e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.420228  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.28 
 
 		 235 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2387  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 229 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00115026  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2844  two component transcriptional regulator  45.08 
 
 		 248 aa  105  1e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  41.86 
 
 		 232 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1110  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.53 
 
 		 234 aa  104  2e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 225 aa  104  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3455  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 237 aa  104  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 215 aa  104  3e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.115662  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2887  LuxR family two component transcriptional regulator  39.67 
 
 		 225 aa  102  1e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.526109  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1086  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.48 
 
 		 1431 aa  101  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0882  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.83 
 
 		 230 aa  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148935 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001059  putative two-component response regulator  44.26 
 
 		 235 aa  101  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.13 
 
 		 1646 aa  101  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.17 
 
 		 228 aa  100  3e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3628  two component LuxR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 225 aa  100  3e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.717242  normal  0.142765 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1102  DNA-binding response regulator  43.7 
 
 		 225 aa  100  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  41.27 
 
 		 1378 aa  100  4e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 231 aa  100  4e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4388  DNA-binding response regulator  47.01 
 
 		 227 aa  100  5e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4604  histidine kinase  40.28 
 
 		 663 aa  99.8  6e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 226 aa  99.8  6e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4611  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.01 
 
 		 1002 aa  99.8  7e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.367657 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2657  response regulator receiver protein  40.34 
 
 		 128 aa  99.8  7e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0140925  normal  0.150861 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 226 aa  99.8  7e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.35 
 
 		 233 aa  99.4  8e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  42.4 
 
 		 961 aa  99  1e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2987  LuxR family two component transcriptional regulator  36.84 
 
 		 231 aa  99  1e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1115  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.33 
 
 		 243 aa  99  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0950226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.77 
 
 		 231 aa  98.6  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.48 
 
 		 1415 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2399  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.81 
 
 		 1131 aa  99  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0804  two component transcriptional regulator  39.46 
 
 		 236 aa  99  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.324741  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4234  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.94 
 
 		 248 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0997  two component transcriptional regulator  39.26 
 
 		 230 aa  98.2  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.679101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2336  response regulator receiver protein  42.64 
 
 		 133 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.103968  normal  0.760096 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.48 
 
 		 1426 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  44.44 
 
 		 239 aa  98.2  2e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0805  two component transcriptional regulator  41.22 
 
 		 229 aa  98.6  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  36.96 
 
 		 229 aa  98.2  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2338  GAF sensor-containing adenylate/guanylate cyclase  39.06 
 
 		 1180 aa  97.8  2e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0263037  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.46 
 
 		 236 aa  97.4  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  39.68 
 
 		 1427 aa  97.8  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1572  two component transcriptional regulator  45.9 
 
 		 225 aa  97.4  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000784208  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3818  two component transcriptional regulator  38.76 
 
 		 230 aa  97.4  4e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386967  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1414  two component transcriptional regulator  42.02 
 
 		 235 aa  97.1  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.17 
 
 		 234 aa  97.4  4e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2665  response regulator receiver protein  42.62 
 
 		 133 aa  97.1  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0531061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2763  DNA-binding response regulator  42.02 
 
 		 235 aa  97.1  4e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0137809  hitchhiker  0.000236663 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1304  DNA-binding response regulator  42.02 
 
 		 235 aa  97.1  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.18531  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0905  two component transcriptional regulator  36.43 
 
 		 238 aa  96.7  5e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.16 
 
 		 236 aa  96.7  5e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4400  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 236 aa  96.7  5e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1181  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.9 
 
 		 234 aa  96.7  5e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00335068 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5511  two component transcriptional regulator  43.44 
 
 		 236 aa  96.3  6e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.567595 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1538  phosphate regulon transcriptional regulatory protein  30.8 
 
 		 228 aa  96.7  6e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.280381 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 228 aa  96.7  6e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3311  response regulator receiver protein  39.38 
 
 		 321 aa  96.7  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.479786 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0578  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.24 
 
 		 244 aa  96.3  7e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1605  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.82 
 
 		 216 aa  95.9  8e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1580  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.82 
 
 		 216 aa  95.9  8e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1176  two component transcriptional regulator  41.09 
 
 		 229 aa  95.9  9e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.149936 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.06 
 
 		 228 aa  95.9  9e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.4 
 
 		 1383 aa  95.9  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.34 
 
 		 201 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4539  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  37.5 
 
 		 1152 aa  95.9  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329946  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 247 aa  95.5  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.520505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.34 
 
 		 201 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  38.71 
 
 		 1202 aa  95.5  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2881  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.81 
 
 		 212 aa  95.5  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2199  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  35.71 
 
 		 344 aa  95.5  1e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.425276 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.9 
 
 		 1559 aa  95.5  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.93 
 
 		 488 aa  95.5  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56950  putative two-component response regulator  40.83 
 
 		 227 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  37.42 
 
 		 227 aa  95.5  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>