More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2887 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_2887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
251 aa  501  1e-141  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.755812  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.78 
 
 
250 aa  298  7e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.96 
 
 
255 aa  291  9e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.466174  normal  0.349855 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3459  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.87 
 
 
249 aa  286  2.9999999999999996e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.26 
 
 
249 aa  285  5.999999999999999e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.11 
 
 
271 aa  279  2e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.03 
 
 
248 aa  271  6e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.03 
 
 
248 aa  271  6e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.470556  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.03 
 
 
248 aa  269  4e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.03 
 
 
249 aa  268  5.9999999999999995e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.865881  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.87 
 
 
248 aa  264  8e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.28 
 
 
248 aa  264  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1091  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  53.23 
 
 
246 aa  263  3e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.05 
 
 
248 aa  258  6e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.01 
 
 
248 aa  255  6e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.378694  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1298  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.41 
 
 
248 aa  254  7e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 
248 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.245983 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.42 
 
 
249 aa  252  5.000000000000001e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4562  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.82 
 
 
248 aa  251  6e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0570869  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 
262 aa  251  7e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.84 
 
 
274 aa  251  1e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.21341 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.06 
 
 
250 aa  251  1e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.82 
 
 
248 aa  249  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.61 
 
 
248 aa  248  1e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.997672 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.25 
 
 
248 aa  246  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2114  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.44 
 
 
248 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.4 
 
 
251 aa  245  6e-64  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
251 aa  242  3e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.47 
 
 
249 aa  242  5e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.63 
 
 
248 aa  240  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0266  putative short-chain dehydrogenase  50.81 
 
 
248 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3542  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
249 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0247071  normal  0.033589 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.99 
 
 
249 aa  238  1e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.508042  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.39 
 
 
249 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.728081  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
249 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  43.67 
 
 
255 aa  206  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.35 
 
 
246 aa  202  6e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
254 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
254 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.54 
 
 
250 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  0.145853 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4242  putative short-chain dehydrogenases/reductases (SDR) family protein  49.19 
 
 
250 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.214717 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
246 aa  196  3e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
246 aa  192  3e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.6 
 
 
247 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.53 
 
 
261 aa  188  9e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.898845  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
245 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0547462  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
249 aa  183  3e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
247 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23650  short chain dehydrogenase  42.68 
 
 
248 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0188614 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000874  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  44.67 
 
 
243 aa  181  7e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
246 aa  181  8.000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
247 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.973802  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.62 
 
 
247 aa  181  1e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2692  short chain dehydrogenase  42.63 
 
 
246 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2004  short chain dehydrogenase  41.87 
 
 
248 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.108608  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.39 
 
 
246 aa  179  4.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.95 
 
 
250 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0108  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
254 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0592411  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1852  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.24 
 
 
249 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.454003  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
250 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.711404 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.85 
 
 
245 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.455308  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.11 
 
 
245 aa  177  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1428  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
247 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.96 
 
 
248 aa  176  3e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
250 aa  176  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.24 
 
 
249 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3357  short chain dehydrogenase  39.43 
 
 
247 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0533956 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4442  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
250 aa  176  4e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
246 aa  174  9.999999999999999e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
254 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 
249 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5811  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 
245 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.2 
 
 
246 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
245 aa  171  9e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
257 aa  171  9e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
245 aa  171  9e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314744  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3099  short chain dehydrogenase  38.52 
 
 
247 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0900092 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
246 aa  170  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2870  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.71 
 
 
254 aa  169  3e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
249 aa  169  4e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03190  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  42.46 
 
 
255 aa  169  5e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
249 aa  168  6e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2058  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
246 aa  168  7e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
247 aa  168  8e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
252 aa  168  8e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
260 aa  167  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
275 aa  167  1e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.679484 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
249 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.399133  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1753  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
248 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.21 
 
 
247 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.5 
 
 
269 aa  166  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.51 
 
 
246 aa  166  4e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_12103  predicted protein  41.77 
 
 
273 aa  166  4e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.932364  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
255 aa  165  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.432373 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3448  short chain dehydrogenase  38.31 
 
 
246 aa  166  5e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0769  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
244 aa  165  8e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5602  glucose-1-dehydrogenase  41.37 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.853929 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2191  glucose-1-dehydrogenase  42.17 
 
 
253 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>