More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0769 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0769  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
244 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3357  short chain dehydrogenase  64.17 
 
 
247 aa  330  8e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0533956 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3099  short chain dehydrogenase  63.75 
 
 
247 aa  330  1e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0900092 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3448  short chain dehydrogenase  62.08 
 
 
246 aa  316  2e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.64 
 
 
246 aa  312  2.9999999999999996e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.08 
 
 
246 aa  312  3.9999999999999997e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 
247 aa  306  1.0000000000000001e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.85 
 
 
247 aa  307  1.0000000000000001e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.58 
 
 
254 aa  303  1.0000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0504887  normal  0.311319 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.42 
 
 
246 aa  303  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348425  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1622  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.58 
 
 
245 aa  298  4e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.41 
 
 
247 aa  298  4e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.973802  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.32 
 
 
247 aa  296  2e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.681241  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2692  short chain dehydrogenase  58.75 
 
 
246 aa  292  3e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5811  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.9 
 
 
245 aa  290  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.74 
 
 
269 aa  289  2e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.13 
 
 
260 aa  290  2e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.26 
 
 
246 aa  288  8e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1428  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.23 
 
 
247 aa  285  5e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.09 
 
 
254 aa  284  8e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.56 
 
 
245 aa  278  7e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0547462  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0321  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.32 
 
 
247 aa  275  5e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.732036  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1104  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.32 
 
 
247 aa  275  5e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.12325  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0256  short chain dehydrogenase  57.32 
 
 
247 aa  275  5e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1687  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.32 
 
 
247 aa  275  5e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1272  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.32 
 
 
247 aa  275  5e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.07 
 
 
245 aa  275  5e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0103  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.32 
 
 
247 aa  275  5e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3012  putative short-chain dehydrogenase  55.23 
 
 
247 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.65 
 
 
245 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.912792 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.49 
 
 
245 aa  271  5.000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.455308  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1775  dehydrogenases with different specificities  56.9 
 
 
247 aa  270  1e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4640  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.14 
 
 
246 aa  266  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.384242  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.14 
 
 
245 aa  263  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.14 
 
 
245 aa  263  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314744  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.5 
 
 
254 aa  248  5e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.150923 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.62 
 
 
248 aa  246  2e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2373  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.65 
 
 
261 aa  243  9.999999999999999e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.812252  normal  0.718016 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3856  short chain dehydrogenase  53.14 
 
 
245 aa  243  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.578417  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45430  short chain dehydrogenase  51.87 
 
 
245 aa  241  9e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06560  short chain dehydrogenase  49.17 
 
 
245 aa  237  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.21 
 
 
245 aa  237  1e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.08 
 
 
245 aa  234  9e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.44 
 
 
253 aa  234  9e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0785  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  46.28 
 
 
246 aa  230  1e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.86 
 
 
246 aa  228  6e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.12 
 
 
245 aa  227  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.821225  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.83 
 
 
250 aa  222  4e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.146293 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.33 
 
 
247 aa  221  8e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.963194  normal  0.327663 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.03 
 
 
246 aa  221  9e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.03 
 
 
246 aa  216  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3139  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.93 
 
 
244 aa  204  8e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.44 
 
 
247 aa  201  7e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
246 aa  197  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.49 
 
 
247 aa  196  3e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.67 
 
 
242 aa  183  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000101099  normal  0.101895 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06450  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G01040)  40.74 
 
 
247 aa  181  1e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.83 
 
 
236 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  41.91 
 
 
255 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.33 
 
 
246 aa  169  3e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.49 
 
 
246 aa  169  3e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.49 
 
 
246 aa  169  3e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
249 aa  167  1e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1886  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
252 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1932  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
252 aa  167  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.362835  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1712  short chain dehydrogenase  37.14 
 
 
252 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1689  short chain dehydrogenase  37.14 
 
 
252 aa  167  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
254 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1847  short chain dehydrogenase  37.14 
 
 
252 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
254 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4263  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
247 aa  166  4e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.218256  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1852  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.17 
 
 
249 aa  165  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.454003  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
251 aa  165  8e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.755812  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.93 
 
 
248 aa  164  8e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3493  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
243 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.151121  normal  0.0260274 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1705  short chain dehydrogenase  37.14 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.957083  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
253 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1849  short chain dehydrogenase  37.14 
 
 
252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.96 
 
 
246 aa  162  5.0000000000000005e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.756389  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1315  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.96 
 
 
246 aa  162  5.0000000000000005e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.75 
 
 
249 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
249 aa  161  9e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.508042  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1664  short chain dehydrogenase  36.73 
 
 
252 aa  161  9e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.316007  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.33 
 
 
249 aa  161  9e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0797  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.08 
 
 
244 aa  160  1e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
242 aa  159  3e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
243 aa  159  3e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1614  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.59 
 
 
253 aa  159  4e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0547221  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
253 aa  159  5e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2043  short chain dehydrogenase  37.9 
 
 
254 aa  159  5e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.179832  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.89 
 
 
250 aa  159  6e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.372073  normal  0.103756 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2927  short chain dehydrogenase  37.9 
 
 
254 aa  158  7e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3213  short chain dehydrogenase  37.1 
 
 
254 aa  158  7e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 
250 aa  158  9e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
249 aa  158  9e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.865881  normal  0.154046 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00146  oxidoreductase, putative (Eurofung)  32.8 
 
 
265 aa  157  1e-37  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.465009  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3239  short chain dehydrogenase  37.9 
 
 
254 aa  157  1e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.304035  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2906  short chain dehydrogenase  36.69 
 
 
257 aa  157  2e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.01573  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.92 
 
 
249 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.619727  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>