More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2449 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_2449  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  100 
 
 
643 aa  1301    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000629318  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0714  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  44.07 
 
 
694 aa  522  1e-147  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000369991  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1728  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  42.11 
 
 
672 aa  518  1e-146  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0455896  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.97 
 
 
672 aa  473  1e-132  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.91 
 
 
661 aa  465  1e-129  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  37.8 
 
 
676 aa  453  1.0000000000000001e-126  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  37.42 
 
 
677 aa  446  1.0000000000000001e-124  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1019  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  38.66 
 
 
686 aa  433  1e-120  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.901496  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  37.93 
 
 
705 aa  430  1e-119  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.26 
 
 
654 aa  431  1e-119  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  35.39 
 
 
678 aa  402  1e-111  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  35.68 
 
 
687 aa  399  9.999999999999999e-111  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1327  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  34.82 
 
 
663 aa  329  7e-89  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1623  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  34.45 
 
 
810 aa  325  2e-87  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.603124  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2405  30S ribosomal protein S1  41.14 
 
 
378 aa  256  1.0000000000000001e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2117  30S ribosomal protein S1  41.14 
 
 
378 aa  256  1.0000000000000001e-66  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1233  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  28.23 
 
 
854 aa  250  7e-65  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1606  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  46.29 
 
 
288 aa  248  3e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.236487  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0639  30S ribosomal protein S1  41.05 
 
 
400 aa  248  3e-64  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.136649  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0896  30S ribosomal protein S1  43.26 
 
 
408 aa  246  9.999999999999999e-64  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000252731  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  35.62 
 
 
400 aa  245  1.9999999999999999e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0763  30S ribosomal protein S1  40.06 
 
 
416 aa  243  7.999999999999999e-63  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000378884  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  36.62 
 
 
405 aa  242  2e-62  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  36.16 
 
 
403 aa  241  4e-62  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  34.93 
 
 
720 aa  240  5e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  33.79 
 
 
736 aa  236  1.0000000000000001e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  35.45 
 
 
492 aa  236  1.0000000000000001e-60  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1349  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  43.4 
 
 
280 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000185456  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  34.02 
 
 
427 aa  234  3e-60  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  35.48 
 
 
529 aa  234  4.0000000000000004e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  33.16 
 
 
492 aa  234  4.0000000000000004e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  35.09 
 
 
403 aa  233  6e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  33.95 
 
 
479 aa  232  1e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  33.95 
 
 
479 aa  232  1e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  34.28 
 
 
481 aa  232  1e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  33.95 
 
 
479 aa  232  1e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  34.28 
 
 
481 aa  232  2e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  35.53 
 
 
596 aa  231  2e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  34.05 
 
 
488 aa  231  3e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  34.25 
 
 
488 aa  231  3e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1703  RNA binding S1 domain protein  37.28 
 
 
385 aa  231  3e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000241805  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  34.64 
 
 
487 aa  231  3e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  34.08 
 
 
491 aa  231  4e-59  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  33.82 
 
 
487 aa  231  5e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  35.88 
 
 
411 aa  230  5e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  32.8 
 
 
493 aa  231  5e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  36.02 
 
 
499 aa  230  5e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2604  penicillin tolerance protein LytB  43.9 
 
 
282 aa  230  6e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.927409  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  33.43 
 
 
480 aa  229  1e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  34.01 
 
 
495 aa  229  1e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1515  RNA binding S1 domain protein  35.14 
 
 
490 aa  228  2e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.906108  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  33.82 
 
 
495 aa  228  2e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1152  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  44.64 
 
 
282 aa  228  2e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  34.08 
 
 
481 aa  228  3e-58  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  33.7 
 
 
488 aa  228  4e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0866  LytB protein  43.55 
 
 
282 aa  227  5.0000000000000005e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000463051  normal  0.245876 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  33.05 
 
 
490 aa  227  6e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1466  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  43.93 
 
 
282 aa  227  6e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000045798  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  36.01 
 
 
598 aa  226  1e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19980  SSU ribosomal protein S1P  34.83 
 
 
407 aa  226  1e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1341  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  44.48 
 
 
282 aa  226  1e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0822919  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  34.29 
 
 
418 aa  225  2e-57  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  32.85 
 
 
500 aa  225  2e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  33.61 
 
 
493 aa  224  3e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  34.15 
 
 
496 aa  224  3e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  34.64 
 
 
493 aa  224  3e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2146  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  42.01 
 
 
280 aa  224  4e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000652763  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1292  SSU ribosomal protein S1P  38.76 
 
 
396 aa  224  4.9999999999999996e-57  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00025498  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  33.24 
 
 
492 aa  223  6e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  33.82 
 
 
644 aa  223  7e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  35.38 
 
 
500 aa  222  9.999999999999999e-57  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  32.33 
 
 
485 aa  222  9.999999999999999e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1221  30S ribosomal protein S1  36.39 
 
 
382 aa  223  9.999999999999999e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000730459  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  36.16 
 
 
557 aa  221  1.9999999999999999e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  33.06 
 
 
496 aa  222  1.9999999999999999e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1408  30S ribosomal protein S1  38.44 
 
 
382 aa  221  3e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000102607  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1380  30S ribosomal protein S1  38.44 
 
 
382 aa  221  3e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107777  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1519  30S ribosomal protein S1  38.44 
 
 
382 aa  221  3e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000156073  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1661  30S ribosomal protein S1  38.44 
 
 
382 aa  221  3e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000640216  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1592  30S ribosomal protein S1  38.44 
 
 
382 aa  221  3e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0386100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1150  30S ribosomal protein S1  40.22 
 
 
400 aa  221  3.9999999999999997e-56  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000136012  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1421  30S ribosomal protein S1  37.39 
 
 
382 aa  221  3.9999999999999997e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00177938  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  33.81 
 
 
515 aa  221  3.9999999999999997e-56  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1379  30S ribosomal protein S1  38.44 
 
 
382 aa  221  5e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000385959  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  34.43 
 
 
491 aa  220  6e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  34.43 
 
 
491 aa  220  7e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3791  30S ribosomal protein S1  37.84 
 
 
382 aa  219  1e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000784339  hitchhiker  0.000188764 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2024  SSU ribosomal protein S1P  34.86 
 
 
411 aa  219  1e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  35.91 
 
 
597 aa  219  2e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1553  30S ribosomal protein S1  37.84 
 
 
382 aa  218  2e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00270143  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  36.47 
 
 
573 aa  218  2e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0110  RNA binding S1 domain-containing protein  36.93 
 
 
558 aa  218  2e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000433742  normal  0.284586 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3140  30S ribosomal protein S1  32.7 
 
 
493 aa  218  2.9999999999999998e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3369  30S ribosomal protein S1  33.15 
 
 
493 aa  218  2.9999999999999998e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.412554  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  35.63 
 
 
485 aa  218  4e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  37.39 
 
 
387 aa  217  5.9999999999999996e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  35.63 
 
 
609 aa  216  9.999999999999999e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1625  30S ribosomal protein S1  37.08 
 
 
382 aa  215  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000150504  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  32.56 
 
 
485 aa  215  1.9999999999999998e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3572  RNA binding S1 domain protein  36.17 
 
 
557 aa  215  1.9999999999999998e-54  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>