259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cfla_3488 on replicon NC_014151
Organism: Cellulomonas flavigena DSM 20109



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014151  Cfla_3488  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
265 aa  508  1e-143  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.483454 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  50.16 
 
 
333 aa  251  1e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  51.43 
 
 
328 aa  248  5e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  47.48 
 
 
321 aa  233  2.0000000000000002e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.1 
 
 
326 aa  220  1.9999999999999999e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.91 
 
 
317 aa  105  7e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  41.05 
 
 
318 aa  102  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.69 
 
 
319 aa  100  3e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  30 
 
 
316 aa  100  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.47 
 
 
337 aa  97.4  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  29.21 
 
 
323 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 
321 aa  95.1  9e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  25.78 
 
 
323 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  29.31 
 
 
360 aa  90.5  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.16 
 
 
339 aa  90.1  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  32.18 
 
 
317 aa  89.7  4e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.18 
 
 
317 aa  89.7  4e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.38 
 
 
320 aa  89.7  5e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.95 
 
 
317 aa  89  7e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.81 
 
 
339 aa  81.6  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  34.24 
 
 
238 aa  80.1  0.00000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.91 
 
 
328 aa  79.7  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  25.24 
 
 
332 aa  79.7  0.00000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.17 
 
 
321 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
318 aa  79  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.95 
 
 
312 aa  78.2  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.39 
 
 
319 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.11 
 
 
324 aa  78.6  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.21 
 
 
334 aa  77  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.04 
 
 
333 aa  76.3  0.0000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
333 aa  76.3  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.53 
 
 
324 aa  75.9  0.0000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.55 
 
 
317 aa  75.5  0.0000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.16 
 
 
325 aa  75.5  0.0000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
318 aa  75.1  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.68 
 
 
335 aa  73.9  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.73 
 
 
324 aa  74.3  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.31 
 
 
317 aa  73.6  0.000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.91 
 
 
232 aa  73.2  0.000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.34 
 
 
230 aa  72.8  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.61 
 
 
320 aa  72.8  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.03 
 
 
336 aa  72.4  0.000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  31.61 
 
 
337 aa  72.4  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.29 
 
 
327 aa  72  0.000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.5 
 
 
324 aa  71.6  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.12 
 
 
317 aa  71.2  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  27.42 
 
 
317 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  27.05 
 
 
317 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.16 
 
 
332 aa  70.9  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.36 
 
 
335 aa  70.5  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.14 
 
 
313 aa  70.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.33 
 
 
339 aa  70.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  27.66 
 
 
317 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.31 
 
 
320 aa  69.7  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
332 aa  70.1  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.45 
 
 
327 aa  70.1  0.00000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.62 
 
 
233 aa  69.7  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  26.88 
 
 
317 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  35.84 
 
 
327 aa  69.7  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  26.88 
 
 
317 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.88 
 
 
317 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  37.3 
 
 
323 aa  69.7  0.00000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  27.66 
 
 
317 aa  69.3  0.00000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.68 
 
 
334 aa  68.9  0.00000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.74 
 
 
318 aa  68.9  0.00000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  27.66 
 
 
348 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  26.88 
 
 
317 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.55 
 
 
318 aa  68.2  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  27.66 
 
 
317 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.15 
 
 
324 aa  67.4  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  34.1 
 
 
230 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.12 
 
 
339 aa  67.8  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  34.59 
 
 
327 aa  67  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.93 
 
 
325 aa  66.6  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.91 
 
 
320 aa  66.6  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  33.53 
 
 
230 aa  65.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.82 
 
 
334 aa  65.9  0.0000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  33.53 
 
 
230 aa  65.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  35.29 
 
 
326 aa  65.5  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.07 
 
 
313 aa  65.5  0.0000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.93 
 
 
320 aa  65.1  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.51 
 
 
323 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.66 
 
 
337 aa  65.5  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
319 aa  64.3  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  26.4 
 
 
314 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  30.39 
 
 
327 aa  63.9  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
322 aa  63.5  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  31.38 
 
 
326 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.9 
 
 
330 aa  63.9  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  35.43 
 
 
388 aa  63.5  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.16 
 
 
316 aa  63.5  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 
329 aa  63.2  0.000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.37 
 
 
324 aa  61.6  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.09 
 
 
321 aa  62  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
317 aa  61.6  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  26.53 
 
 
230 aa  61.2  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.76 
 
 
328 aa  61.2  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.02 
 
 
332 aa  61.2  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.51 
 
 
322 aa  61.2  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.91 
 
 
321 aa  60.8  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>