More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_1140 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_1140  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
132 aa  263  5e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000113848 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0113  PAS sensor protein  59.14 
 
 
160 aa  105  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1662  putative PAS/PAC sensor protein  56.99 
 
 
157 aa  102  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18425  normal  0.642578 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0526  putative PAS/PAC sensor protein  52.48 
 
 
157 aa  100  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3363  PAS sensor protein  55.91 
 
 
158 aa  99.4  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.435353  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4785  PAS sensor protein  55.91 
 
 
158 aa  99.4  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6357  PAS sensor protein  52.69 
 
 
156 aa  97.8  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1833  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.68 
 
 
687 aa  94.7  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.07 
 
 
419 aa  94.7  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3344  signal transduction histidine kinase  44 
 
 
336 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1888  PAS sensor protein  42.86 
 
 
326 aa  90.1  9e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.99 
 
 
1562 aa  89.4  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0507  signal transduction histidine kinase  43.2 
 
 
336 aa  88.6  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2903  putative PAS/PAC sensor protein  35.34 
 
 
400 aa  85.9  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.097748  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  41.18 
 
 
425 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.26 
 
 
1059 aa  85.1  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.192885 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0167  signal transduction histidine kinase  42.64 
 
 
336 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1217  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.17 
 
 
1877 aa  84.3  5e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4536  putative PAS/PAC sensor protein  40.95 
 
 
194 aa  82.8  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0288  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.04 
 
 
884 aa  81.3  0.000000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.11 
 
 
905 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  39.5 
 
 
418 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  39.66 
 
 
581 aa  80.9  0.000000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  42.22 
 
 
792 aa  79  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.59 
 
 
448 aa  78.2  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  36.11 
 
 
1741 aa  78.2  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.78 
 
 
1692 aa  78.2  0.00000000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.45 
 
 
1820 aa  77  0.00000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1159  PAS:GGDEF  31.62 
 
 
748 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1259  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 
578 aa  76.3  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.27 
 
 
1238 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0219  hypothetical protein  31.3 
 
 
292 aa  75.9  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0188  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.87 
 
 
578 aa  75.9  0.0000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0386  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.18 
 
 
1342 aa  75.5  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0219  hypothetical protein  31.3 
 
 
292 aa  75.1  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.61 
 
 
1021 aa  75.1  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.44 
 
 
424 aa  74.3  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_35077  predicted protein  37.25 
 
 
110 aa  73.9  0.0000000000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0655449 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000382  putative sensory box sensor histidine kinase/response regulator  38.95 
 
 
873 aa  73.2  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.38 
 
 
814 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1348  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  30.77 
 
 
763 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.65 
 
 
1052 aa  72  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.697707  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0342  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.95 
 
 
827 aa  72  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.32 
 
 
1002 aa  71.6  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.121951  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.93 
 
 
929 aa  71.2  0.000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4276  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.1 
 
 
779 aa  71.6  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
1138 aa  70.9  0.000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.84915  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1716  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.24 
 
 
1238 aa  71.2  0.000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.86 
 
 
654 aa  70.9  0.000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3503  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.62 
 
 
1101 aa  70.9  0.000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0662  putative PAS/PAC sensor protein  34.86 
 
 
644 aa  70.9  0.000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.2 
 
 
1027 aa  70.5  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01583  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  34.74 
 
 
477 aa  70.5  0.000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4262  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.18 
 
 
861 aa  70.5  0.000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1353  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.7 
 
 
1029 aa  70.1  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.283316  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02206  hypothetical protein  31.62 
 
 
827 aa  70.1  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.21 
 
 
569 aa  70.1  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0317  bacterio-opsin activator  31.09 
 
 
680 aa  69.3  0.00000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.331726  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1893  LOV-regulator, Blue-light sensing  38.89 
 
 
920 aa  68.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.423791  normal  0.136547 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  36.04 
 
 
760 aa  68.2  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  36.04 
 
 
723 aa  68.6  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.56 
 
 
812 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0244  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.41 
 
 
1066 aa  67.4  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1231  LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
223 aa  67.8  0.00000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0698119  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3478  putative signal transduction histidine kinase  37.14 
 
 
354 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1894  PAS sensor protein  34.38 
 
 
387 aa  67  0.00000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.383857  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3160  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.67 
 
 
389 aa  67.4  0.00000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.350023  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1244  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.64 
 
 
1090 aa  67  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.258549  normal  0.879339 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0882  putative PAS/PAC sensor protein  32.04 
 
 
166 aa  66.2  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0895  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.41 
 
 
894 aa  66.2  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.530834 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1335  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.55 
 
 
920 aa  65.9  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0269119  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1367  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.23 
 
 
905 aa  65.9  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0722784  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.61 
 
 
416 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1135  putative signal transduction histidine kinase  40.86 
 
 
338 aa  65.9  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.177976  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
1568 aa  65.1  0.0000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0511  putative PAS/PAC sensor protein  29.31 
 
 
495 aa  65.1  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.61 
 
 
416 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  33.96 
 
 
541 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  33.96 
 
 
541 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0839  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.19 
 
 
1207 aa  64.3  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1292  putative PAS/PAC sensor protein  29.75 
 
 
147 aa  64.3  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0836  putative PAS/PAC sensor protein  31.93 
 
 
487 aa  63.9  0.0000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6934  signal transduction histidine kinase  32.67 
 
 
375 aa  63.9  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0476013  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2739  sensory box protein, putative  31.36 
 
 
151 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3652  signal transduction histidine kinase  32.29 
 
 
491 aa  63.5  0.0000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
1061 aa  63.5  0.0000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4361  putative PAS/PAC sensor protein  28.57 
 
 
365 aa  63.2  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.16012  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.26 
 
 
1254 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.38 
 
 
481 aa  63.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3597  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 
587 aa  63.2  0.000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3170  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
148 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0594815  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3753  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.48 
 
 
913 aa  63.2  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0468324  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3014  putative PAS/PAC sensor protein  31.36 
 
 
148 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4032  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.88 
 
 
1036 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.661545 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1510  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.9 
 
 
581 aa  63.2  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.865852  normal  0.193576 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1778  putative PAS/PAC sensor protein  32.17 
 
 
131 aa  63.2  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0428766  normal  0.338613 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3346  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.5 
 
 
781 aa  63.2  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.570391  normal  0.852351 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  34.38 
 
 
541 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  35.11 
 
 
570 aa  63.5  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1578  putative PAS/PAC sensor protein  28.69 
 
 
151 aa  62  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>