More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4621 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4621  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 386 aa  773    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0618  RND family efflux transporter MFP subunit  42.78 
 
 		 387 aa  307  3e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03415  hypothetical protein  43.58 
 
 		 371 aa  304  2.0000000000000002e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2570  hypothetical protein  41.1 
 
 		 370 aa  291  2e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.295981  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0157  hypothetical protein  42.21 
 
 		 366 aa  284  2.0000000000000002e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002593  membrane-fusion protein  46.47 
 
 		 372 aa  282  6.000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00429247  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0868  RND family efflux transporter MFP subunit  35.98 
 
 		 358 aa  236  6e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.231559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2743  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.73 
 
 		 358 aa  218  1e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.125422  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0171  RND family efflux transporter MFP subunit  31.25 
 
 		 378 aa  211  2e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2511  RND family efflux transporter MFP subunit  34.38 
 
 		 354 aa  209  5e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0216385  normal  0.245234 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1680  RND family efflux transporter MFP subunit  33.71 
 
 		 360 aa  205  9e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.560813 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2624  RND family efflux transporter MFP subunit  30.35 
 
 		 357 aa  192  1e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0345  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 360 aa  188  2e-46  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0426386  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2051  RND family efflux transporter MFP subunit  32.85 
 
 		 364 aa  180  4.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0552963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0520  secretion protein HlyD  30.26 
 
 		 356 aa  176  4e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0510  RND family efflux transporter MFP subunit  31.01 
 
 		 358 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0586812  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3333  RND family efflux transporter MFP subunit  29.25 
 
 		 377 aa  160  4e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1163  efflux transporter  31.54 
 
 		 383 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.707562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2197  secretion protein HlyD  24.71 
 
 		 446 aa  129  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.378347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0988  secretion protein HlyD  25.08 
 
 		 415 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2113  RND family efflux transporter MFP subunit  27.46 
 
 		 360 aa  120  4.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0151  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 		 348 aa  108  2e-22  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.961169  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  28.9 
 
 		 360 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2818  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.36 
 
 		 349 aa  89.4  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.84 
 
 		 383 aa  86.7  6e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0453  secretion protein HlyD family protein  25.78 
 
 		 287 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2269  RND family efflux transporter MFP subunit  22.41 
 
 		 390 aa  84.3  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0264196  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.67 
 
 		 349 aa  82  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  26.21 
 
 		 403 aa  82  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  23.96 
 
 		 366 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.95 
 
 		 356 aa  82  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1861  RND family efflux transporter MFP subunit  24.84 
 
 		 370 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.680929  hitchhiker  0.00126667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2117  RND family efflux transporter MFP subunit  24.84 
 
 		 370 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00784562 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  27.31 
 
 		 397 aa  80.1  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  27.1 
 
 		 380 aa  79.7  0.00000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  25.98 
 
 		 403 aa  80.1  0.00000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  25 
 
 		 372 aa  79  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  25.11 
 
 		 372 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 355 aa  77.4  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  26.98 
 
 		 397 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  27.52 
 
 		 397 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  26.32 
 
 		 379 aa  77  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2224  multidrug efflux pump, membrane fusion protein  25 
 
 		 388 aa  76.6  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2952  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.64 
 
 		 374 aa  77  0.0000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0900  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 388 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 397 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  27.23 
 
 		 368 aa  74.7  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.83 
 
 		 380 aa  75.1  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0390  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  26.05 
 
 		 367 aa  74.3  0.000000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  27.67 
 
 		 363 aa  74.7  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0119  CmeA  23.32 
 
 		 373 aa  74.3  0.000000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  23.58 
 
 		 390 aa  73.9  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 365 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  27.35 
 
 		 368 aa  73.9  0.000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  24.58 
 
 		 390 aa  73.9  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  24 
 
 		 358 aa  73.9  0.000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.75 
 
 		 356 aa  73.6  0.000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0623416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3718  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.19 
 
 		 353 aa  73.6  0.000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.0568343 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  25.33 
 
 		 372 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4053  RND family efflux transporter MFP subunit  24.78 
 
 		 414 aa  73.2  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  25.66 
 
 		 374 aa  73.2  0.000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0508  RND family efflux transporter MFP subunit  23.57 
 
 		 363 aa  72.8  0.000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0276  transporter, putative  21.79 
 
 		 383 aa  72  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  27.31 
 
 		 365 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  25.73 
 
 		 365 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  25.73 
 
 		 365 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  26.91 
 
 		 367 aa  71.6  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.18 
 
 		 372 aa  72  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0290  putative transporter  21.79 
 
 		 383 aa  71.6  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.43 
 
 		 400 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.65 
 
 		 354 aa  72  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.36 
 
 		 397 aa  71.6  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 365 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1590  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  24.79 
 
 		 367 aa  71.2  0.00000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0416  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  26.05 
 
 		 367 aa  71.2  0.00000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  27.11 
 
 		 353 aa  71.2  0.00000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 340 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  25.42 
 
 		 372 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.57 
 
 		 354 aa  70.9  0.00000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  27.67 
 
 		 415 aa  70.9  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  25.41 
 
 		 365 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  23.95 
 
 		 372 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  25.41 
 
 		 365 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  25.41 
 
 		 365 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000654  putative efflux protein  24.57 
 
 		 360 aa  70.9  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  25.41 
 
 		 365 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  26.56 
 
 		 359 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  25.41 
 
 		 365 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2795  RND family efflux transporter MFP subunit  23.6 
 
 		 388 aa  70.5  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1389  HlyD family secretion protein  25.59 
 
 		 435 aa  70.5  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379904  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0139  secretion protein HlyD  25.77 
 
 		 356 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  24.88 
 
 		 372 aa  70.1  0.00000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  24.07 
 
 		 372 aa  70.1  0.00000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.58 
 
 		 360 aa  70.1  0.00000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  25.16 
 
 		 365 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0766  HlyD family secretion protein  23.42 
 
 		 392 aa  70.1  0.00000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4789  RND family efflux transporter MFP subunit  26.35 
 
 		 392 aa  70.1  0.00000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  22.62 
 
 		 350 aa  69.3  0.00000000009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  23.66 
 
 		 372 aa  69.7  0.00000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.32 
 
 		 375 aa  69.7  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>