More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1961 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1961  AcrB/AcrD/AcrF family protein  100 
 
 		 1038 aa  2074    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2667  AcrB/AcrD/AcrF family protein  45.52 
 
 		 1035 aa  854    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4767  acriflavin resistance protein  45.28 
 
 		 1037 aa  878    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.300742  unclonable  0.0000000523741 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4375  acriflavin resistance protein  46.03 
 
 		 1038 aa  876    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000150121  normal  0.679218 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3430  acriflavin resistance protein  45.53 
 
 		 1037 aa  831    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1475  acriflavin resistance protein  52.66 
 
 		 1027 aa  1068    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.521845  normal  0.0685081 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0044  acriflavin resistance protein  46.17 
 
 		 1036 aa  873    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0140  acriflavin resistance protein  45.13 
 
 		 1026 aa  863    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2381  acriflavin resistance protein D  35.53 
 
 		 1092 aa  600  1e-170  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.422424  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0835  acriflavin resistance protein  34.92 
 
 		 1042 aa  577  1.0000000000000001e-163  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.181435  normal  0.546259 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0917  acriflavin resistance protein  36.15 
 
 		 1054 aa  566  1e-160  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6349  acriflavin resistance protein  33.11 
 
 		 1064 aa  542  9.999999999999999e-153  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.945315 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2405  acriflavin resistance protein  32.3 
 
 		 1051 aa  513  1e-144  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4429  acriflavin resistance protein  32.66 
 
 		 1059 aa  506  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0104  acriflavin resistance protein  32.4 
 
 		 1056 aa  499  1e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4289  acriflavin resistance protein  32.72 
 
 		 1055 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0111  acriflavin resistance protein  32.46 
 
 		 1059 aa  488  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3737  acriflavin resistance protein  31.31 
 
 		 1014 aa  450  1e-125  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3672  acriflavin resistance protein  30.98 
 
 		 1061 aa  419  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1158  cation/multidrug efflux pump-like protein  28 
 
 		 1009 aa  384  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05050  acriflavin resistance protein  28.02 
 
 		 1011 aa  372  1e-101  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000211109  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1939  acriflavin resistance protein  25.86 
 
 		 1044 aa  357  5.999999999999999e-97  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2024  acriflavin resistance protein  26.34 
 
 		 1058 aa  355  4e-96  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000109059  normal  0.508224 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2950  acriflavin resistance protein  28.03 
 
 		 1044 aa  354  5e-96  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2953  acriflavin resistance protein  30.33 
 
 		 1038 aa  353  7e-96  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133437  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0176  acriflavin resistance protein  25.74 
 
 		 1034 aa  351  5e-95  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2369  acriflavin resistance protein  27.38 
 
 		 1050 aa  350  9e-95  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000403174 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3179  acriflavin resistance protein  28.19 
 
 		 1023 aa  349  1e-94  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000434633  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2131  AcrB/AcrD/AcrF family protein  27.79 
 
 		 1024 aa  349  2e-94  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3888  acriflavin resistance protein  27.67 
 
 		 1048 aa  346  1e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.471381  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4520  acriflavin resistance protein  25.3 
 
 		 1043 aa  340  5.9999999999999996e-92  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1937  acriflavin resistance protein  27.46 
 
 		 1034 aa  340  9e-92  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.256217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1942  acriflavin resistance protein  27.41 
 
 		 1040 aa  340  9.999999999999999e-92  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.211904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2180  acriflavin resistance protein  27.76 
 
 		 1030 aa  334  6e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000146343  normal  0.137669 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0880  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  26.81 
 
 		 1068 aa  331  5.0000000000000004e-89  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.288102  normal  0.231109 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4004  acriflavin resistance protein  27.98 
 
 		 1470 aa  328  4.0000000000000003e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0902  acriflavin resistance protein  26.46 
 
 		 1029 aa  327  6e-88  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.621432  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2270  acriflavin resistance protein  28.15 
 
 		 1049 aa  327  7e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0446759  normal  0.133949 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2827  acriflavin resistance protein  26.14 
 
 		 1041 aa  327  7e-88  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0806  acriflavin resistance protein  28.54 
 
 		 1042 aa  326  2e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.326964 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0641  acriflavin resistance protein  26.2 
 
 		 1041 aa  325  3e-87  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1983  acriflavin resistance protein  27.39 
 
 		 1034 aa  324  6e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000463224  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1420  AcrB/AcrD/AcrF family protein  25.86 
 
 		 1081 aa  323  7e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2427  acriflavin resistance protein  27.47 
 
 		 1031 aa  323  9.000000000000001e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000387519 
 
 
-
 
NC_002950  PG0540  AcrB/AcrD/AcrF family protein  25.99 
 
 		 1049 aa  321  3.9999999999999996e-86  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1020  acriflavin resistance protein  26.22 
 
 		 1037 aa  320  7e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.00000109455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1037  acriflavin resistance protein  27.36 
 
 		 1036 aa  320  7.999999999999999e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6213  acriflavin resistance protein  26.24 
 
 		 1055 aa  319  2e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5577  acriflavin resistance protein  25.31 
 
 		 1037 aa  318  3e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.500475 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3207  acriflavin resistance protein  26.08 
 
 		 1037 aa  316  1.9999999999999998e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0543905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1732  acriflavin resistance protein  27.82 
 
 		 1027 aa  315  1.9999999999999998e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1383  acriflavin resistance protein  26.8 
 
 		 1022 aa  315  1.9999999999999998e-84  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2033  acriflavin resistance protein  27.04 
 
 		 1044 aa  315  1.9999999999999998e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01735  RND family efflux transporter  27.25 
 
 		 1035 aa  315  3.9999999999999997e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0945  acriflavin resistance protein  26.8 
 
 		 1040 aa  314  5.999999999999999e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000402917 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1659  acriflavin resistance protein  27.1 
 
 		 1031 aa  314  5.999999999999999e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.178159  normal  0.998047 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1882  AcrB/AcrD/AcrF family protein  27.55 
 
 		 1031 aa  313  1e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1705  acriflavin resistance protein  26.8 
 
 		 1031 aa  313  1e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0236776  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1797  acriflavin resistance protein  27.23 
 
 		 1031 aa  313  1e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0223723  hitchhiker  0.000000350495 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2549  acriflavin resistance protein  27.23 
 
 		 1031 aa  313  1e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0932297  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0559  acriflavin resistance protein  26.46 
 
 		 1062 aa  312  2e-83  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2587  acriflavin resistance protein  27.19 
 
 		 1031 aa  312  2e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000412735  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2664  acriflavin resistance protein  27.13 
 
 		 1031 aa  312  2e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1006  acriflavin resistance plasma membrane protein  26.03 
 
 		 1040 aa  312  2e-83  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.236802  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2337  acriflavin resistance protein  27 
 
 		 1031 aa  312  2e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120926  hitchhiker  0.000298899 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2409  acriflavin resistance protein  27 
 
 		 1031 aa  313  2e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.677885  normal  0.0307662 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1682  acriflavin resistance protein  26.16 
 
 		 1064 aa  311  2.9999999999999997e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.377778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4493  multidrug efflux protein  26.62 
 
 		 1009 aa  311  4e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0361963 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1383  acriflavin resistance protein  26.28 
 
 		 1014 aa  311  5e-83  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.00000000121579  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3471  acriflavin resistance protein  27.65 
 
 		 1033 aa  310  8e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0282385  normal  0.0800862 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4543  acriflavin resistance protein  27.65 
 
 		 1033 aa  310  8e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.266065 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2000  acriflavin resistance protein  28.03 
 
 		 1028 aa  310  9e-83  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2556  acriflavin resistance protein  27.46 
 
 		 1051 aa  310  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2815  acriflavin resistance protein  26.78 
 
 		 1051 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.874616  normal  0.995091 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1852  acriflavin resistance protein  27.37 
 
 		 1042 aa  310  1.0000000000000001e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0174296  hitchhiker  0.000605557 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2223  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux pump  27.91 
 
 		 1048 aa  310  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.445176  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3296  acriflavin resistance protein  25.07 
 
 		 1006 aa  310  1.0000000000000001e-82  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0229109  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0965  AcrB/AcrD/AcrF family protein  26.34 
 
 		 1024 aa  308  3e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00708155  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1922  acriflavin resistance protein  26.07 
 
 		 1022 aa  308  3e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209297  normal  0.294162 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1989  acriflavin resistance protein  26.19 
 
 		 1031 aa  308  4.0000000000000004e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2000  acriflavin resistance protein  26.89 
 
 		 1024 aa  308  4.0000000000000004e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1146  acriflavine resistance protein  25.53 
 
 		 1026 aa  307  5.0000000000000004e-82  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.199335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1738  acriflavin resistance protein  27.53 
 
 		 1038 aa  307  6e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1905  AcrB/AcrD/AcrF family protein  27.44 
 
 		 1034 aa  307  6e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.209576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1892  acriflavin resistance protein  26.61 
 
 		 1031 aa  307  7e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2787  acriflavin resistance protein  28.19 
 
 		 1046 aa  307  9.000000000000001e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000304862  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0165  acriflavin resistance protein  26.17 
 
 		 1032 aa  306  1.0000000000000001e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0175  acriflavin resistance protein  27.59 
 
 		 1046 aa  306  2.0000000000000002e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481543 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2664  acriflavin resistance protein  26.49 
 
 		 1039 aa  305  2.0000000000000002e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2193  acriflavin resistance protein  25.29 
 
 		 1095 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0267  acriflavin resistance protein  27.41 
 
 		 1040 aa  305  2.0000000000000002e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.856769 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1924  AcrB/AcrD/AcrF family protein  25.73 
 
 		 1091 aa  305  3.0000000000000004e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0899  acriflavin resistance protein  27.7 
 
 		 1048 aa  305  3.0000000000000004e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1628  acriflavin resistance protein  25.63 
 
 		 1087 aa  305  4.0000000000000003e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  27.47 
 
 		 1405 aa  304  5.000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1338  acriflavin resistance protein  26.6 
 
 		 1044 aa  304  5.000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1703  acriflavin resistance protein  25.72 
 
 		 1087 aa  304  5.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1029  acriflavin resistance protein  27.27 
 
 		 1034 aa  303  8.000000000000001e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.2741  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2480  acriflavin resistance protein  25.31 
 
 		 1028 aa  303  8.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1208  multidrug efflux protein  26.23 
 
 		 1017 aa  303  1e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.584016  normal  0.669413 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>