More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3471 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3471  acriflavin resistance protein  100 
 
 
1033 aa  2070    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0282385  normal  0.0800862 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3922  acriflavin resistance protein  47.98 
 
 
1046 aa  847    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.081539 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0427  acriflavin resistance protein  48.18 
 
 
1039 aa  877    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.513566  normal  0.0142489 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7283  Acr family transporter  50.79 
 
 
1018 aa  953    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5103  acriflavin resistance protein  47.79 
 
 
1044 aa  845    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.869946 
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  89.3 
 
 
1405 aa  1798    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03086  transporter transmembrane protein  53.52 
 
 
1034 aa  1043    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.43508  normal  0.286784 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1505  acriflavin resistance protein  44.66 
 
 
1088 aa  845    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0176509 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1280  acriflavin resistance protein  48.55 
 
 
1037 aa  894    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0345102 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2622  acriflavin resistance protein  52.07 
 
 
1014 aa  984    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2083  RND superfamily multidrug efflux system protein  47.93 
 
 
1036 aa  934    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.334854  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0459  acriflavin resistance protein  57.24 
 
 
1027 aa  1142    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3825  acriflavin resistance protein  48.37 
 
 
1036 aa  863    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3300  acriflavin resistance protein  42.75 
 
 
1108 aa  776    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.992116  normal  0.412729 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1374  acriflavin resistance protein  48.81 
 
 
1028 aa  822    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.244767  decreased coverage  0.0000403817 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1148  acriflavin resistance protein  48.75 
 
 
1048 aa  942    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.356784  normal  0.75467 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3031  acriflavin resistance protein  45.69 
 
 
1042 aa  853    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.050113  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2855  cation efflux transporter  44.55 
 
 
1088 aa  832    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.478721  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0466  acriflavin resistance protein  47.72 
 
 
1031 aa  836    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0468485  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3373  acriflavin resistance protein  57.18 
 
 
1031 aa  1150    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.306386  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5659  acriflavin resistance protein  51.18 
 
 
1022 aa  1026    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.891494  normal  0.720908 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2927  acriflavin resistance protein  48.08 
 
 
1009 aa  894    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.310729  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0894  acriflavin resistance protein  44.7 
 
 
1060 aa  843    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5161  acriflavin resistance protein  44.58 
 
 
1050 aa  856    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.938326  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0397  acriflavin resistance protein  47.72 
 
 
1031 aa  823    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.675147 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0039  acriflavin resistance protein  42.99 
 
 
1060 aa  798    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2375  acriflavin resistance protein  43.87 
 
 
1103 aa  818    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.296544 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4104  acriflavin resistance protein  57.78 
 
 
1031 aa  1144    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0885  acriflavin resistance protein  45.47 
 
 
1053 aa  835    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3045  acriflavin resistance protein  42.37 
 
 
1108 aa  769    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.256053  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3023  acriflavin resistance protein  49.07 
 
 
1027 aa  890    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.904124 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1338  acriflavin resistance protein  45.42 
 
 
1044 aa  823    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2354  acriflavin resistance protein  46.72 
 
 
1027 aa  924    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0806  acriflavin resistance protein  44.87 
 
 
1042 aa  855    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.326964 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1006  acriflavin resistance protein  44.86 
 
 
1058 aa  850    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00411218  normal  0.136084 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4395  acriflavin resistance protein  48.08 
 
 
1047 aa  847    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.882422 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4034  acriflavin resistance protein  48.02 
 
 
1037 aa  862    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3610  acriflavin resistance protein  45.52 
 
 
1040 aa  836    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.35819  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2399  acriflavin resistance protein  46.75 
 
 
1032 aa  925    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.774253  normal  0.772443 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0907  acriflavin resistance protein  45.43 
 
 
1043 aa  818    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.582716  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3464  Acr family transporter  43.26 
 
 
1101 aa  814    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7483  Acr family transporter  53.18 
 
 
1027 aa  1036    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.10196  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1892  acriflavin resistance protein  44.49 
 
 
1031 aa  817    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4543  acriflavin resistance protein  100 
 
 
1033 aa  2070    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.266065 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2378  acriflavin resistance protein  44.11 
 
 
1044 aa  820    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.856569  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0557  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  44.81 
 
 
1046 aa  830    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.644093  normal  0.291985 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4744  acriflavin resistance protein  45.45 
 
 
1028 aa  855    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.277916 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2410  acriflavin resistance protein  60 
 
 
1036 aa  1205    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.904497  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1667  acriflavin resistance protein  48.02 
 
 
1037 aa  882    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29656  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3889  acriflavin resistance protein  47.04 
 
 
1018 aa  862    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0552128  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0430  acriflavin resistance protein  48.03 
 
 
1031 aa  823    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.31117  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4664  acriflavin resistance protein  58.94 
 
 
1025 aa  1141    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3964  acriflavin resistance protein  57.99 
 
 
1035 aa  1173    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000156628 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2967  acriflavin resistance protein  53 
 
 
1032 aa  1045    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.510734  normal  0.0225941 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3902  acriflavin resistance protein  59.84 
 
 
1044 aa  1212    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.263563  normal  0.110043 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4023  acriflavin resistance protein  57.18 
 
 
1031 aa  1152    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.349324  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4834  acriflavin resistance protein  55.29 
 
 
1083 aa  1089    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4290  acriflavin resistance protein  48.08 
 
 
1046 aa  848    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0982359  normal  0.0358979 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4107  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  48.07 
 
 
1067 aa  871    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.666055  normal  0.120279 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2137  putative transporter lipoprotein transmembrane  61.02 
 
 
1028 aa  1224    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.379778  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1438  acriflavin resistance protein  44.79 
 
 
1088 aa  832    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.539754  normal  0.0180094 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5613  acriflavin resistance protein  52.41 
 
 
1050 aa  1041    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0165  acriflavin resistance protein  35.11 
 
 
1032 aa  635  1e-180  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4004  acriflavin resistance protein  36.81 
 
 
1470 aa  628  1e-178  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2664  outer membrane efflux protein  35.7 
 
 
1496 aa  622  1e-177  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0815  acriflavin resistance protein  36.84 
 
 
1036 aa  614  9.999999999999999e-175  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2518  acriflavin resistance protein  35.69 
 
 
1041 aa  613  9.999999999999999e-175  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00118511  normal  0.514323 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2953  acriflavin resistance protein  34.29 
 
 
1038 aa  608  9.999999999999999e-173  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133437  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2349  acriflavin resistance protein  34.91 
 
 
1070 aa  592  1e-167  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.253914  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1667  acriflavin resistance protein  34.47 
 
 
1095 aa  588  1e-166  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0763  acriflavin resistance protein  36.42 
 
 
1039 aa  588  1e-166  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1043  nodulation protein precursor  35.03 
 
 
1069 aa  587  1e-166  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0238  acriflavin resistance protein  36.61 
 
 
1067 aa  578  1.0000000000000001e-163  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6179  acriflavin resistance protein  34.17 
 
 
1065 aa  570  1e-161  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.160015  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0237  acriflavin resistance protein  36.94 
 
 
1054 aa  570  1e-161  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0248  acriflavin resistance protein  36.75 
 
 
1054 aa  568  1e-160  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0226  acriflavin resistance protein  37.07 
 
 
1054 aa  567  1e-160  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.38584  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0752  acriflavin resistance protein  34.51 
 
 
1071 aa  551  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2601  acriflavin resistance protein  33.68 
 
 
1066 aa  546  1e-154  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2480  acriflavin resistance protein  36.63 
 
 
1028 aa  547  1e-154  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3955  acriflavin resistance protein  34.58 
 
 
1075 aa  540  9.999999999999999e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.542775  normal  0.203686 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2392  acriflavin resistance protein  36.24 
 
 
1028 aa  534  1e-150  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.430925  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6213  acriflavin resistance protein  35.64 
 
 
1055 aa  530  1e-149  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.717195  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2982  acriflavin resistance protein  36.42 
 
 
1028 aa  520  1e-146  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.05054  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0160  acriflavin resistance protein  34.97 
 
 
1033 aa  517  1.0000000000000001e-145  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2369  acriflavin resistance protein  32.28 
 
 
1050 aa  510  1e-143  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000403174 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2099  acriflavin resistance protein  34.26 
 
 
1043 aa  501  1e-140  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2024  acriflavin resistance protein  31.54 
 
 
1058 aa  501  1e-140  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000109059  normal  0.508224 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1006  acriflavin resistance plasma membrane protein  30.05 
 
 
1040 aa  498  1e-139  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.236802  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0122  acriflavin resistance protein  31.44 
 
 
1073 aa  496  9.999999999999999e-139  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00495446  hitchhiker  0.00000000019698 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1941  acriflavin resistance protein  33.2 
 
 
1041 aa  491  1e-137  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.143318  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1856  acriflavin resistance protein  33.11 
 
 
1041 aa  489  1e-136  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1476  acriflavin resistance protein  35.12 
 
 
1028 aa  488  1e-136  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.30053  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2022  acriflavin resistance protein  33.4 
 
 
1041 aa  486  1e-136  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.625222  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1942  acriflavin resistance protein  31.71 
 
 
1040 aa  485  1e-135  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.211904  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0176  acriflavin resistance protein  30.23 
 
 
1034 aa  484  1e-135  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0559  acriflavin resistance protein  32.75 
 
 
1062 aa  485  1e-135  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0063  acriflavin resistance protein  31.28 
 
 
1033 aa  482  1e-134  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4555  acriflavin resistance protein  33.94 
 
 
1042 aa  482  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.296261  normal  0.764409 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0354  acriflavin resistance protein  33.93 
 
 
1101 aa  480  1e-134  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00649102  unclonable  0.0000000737583 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>