More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0044 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1961  AcrB/AcrD/AcrF family protein  45.87 
 
 		 1038 aa  849    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2667  AcrB/AcrD/AcrF family protein  54.39 
 
 		 1035 aa  1083    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4767  acriflavin resistance protein  85.74 
 
 		 1037 aa  1780    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.300742  unclonable  0.0000000523741 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4375  acriflavin resistance protein  86.54 
 
 		 1038 aa  1786    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000150121  normal  0.679218 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3430  acriflavin resistance protein  81.28 
 
 		 1037 aa  1631    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1475  acriflavin resistance protein  44.48 
 
 		 1027 aa  806    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.521845  normal  0.0685081 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0044  acriflavin resistance protein  100 
 
 		 1036 aa  2071    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0140  acriflavin resistance protein  75.75 
 
 		 1026 aa  1537    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2381  acriflavin resistance protein D  34.11 
 
 		 1092 aa  580  1e-164  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.422424  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6349  acriflavin resistance protein  33.74 
 
 		 1064 aa  576  1.0000000000000001e-163  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.945315 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0835  acriflavin resistance protein  33.05 
 
 		 1042 aa  538  1e-151  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.181435  normal  0.546259 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0917  acriflavin resistance protein  36.09 
 
 		 1054 aa  533  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3737  acriflavin resistance protein  33.54 
 
 		 1014 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2405  acriflavin resistance protein  31.13 
 
 		 1051 aa  479  1e-134  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3726  acriflavin resistance protein  31.82 
 
 		 1061 aa  461  9.999999999999999e-129  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.226552 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3672  acriflavin resistance protein  31.82 
 
 		 1061 aa  460  9.999999999999999e-129  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0104  acriflavin resistance protein  30.5 
 
 		 1056 aa  450  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4429  acriflavin resistance protein  30.95 
 
 		 1059 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4289  acriflavin resistance protein  30.69 
 
 		 1055 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0111  acriflavin resistance protein  30.75 
 
 		 1059 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1178  acriflavin resistance protein  29.63 
 
 		 1042 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0176  acriflavin resistance protein  27.79 
 
 		 1034 aa  358  3.9999999999999996e-97  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3888  acriflavin resistance protein  29.19 
 
 		 1048 aa  357  5.999999999999999e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.471381  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1158  cation/multidrug efflux pump-like protein  27.05 
 
 		 1009 aa  356  2e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1029  acriflavin resistance protein  28.97 
 
 		 1034 aa  354  5e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.2741  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1267  acriflavin resistance protein  27.73 
 
 		 1035 aa  343  9e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0368024  hitchhiker  0.0000615461 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05050  acriflavin resistance protein  28.02 
 
 		 1011 aa  342  2e-92  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000211109  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1366  acriflavin resistance protein  27.72 
 
 		 1035 aa  342  2e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0602713  hitchhiker  0.00132005 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01445  hypothetical protein  28.63 
 
 		 1037 aa  340  7e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1155  acriflavin resistance protein  27.94 
 
 		 1036 aa  340  9.999999999999999e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00884759  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0473  acriflavin resistance protein  28.06 
 
 		 1033 aa  337  5.999999999999999e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.239628  normal  0.228728 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1882  AcrB/AcrD/AcrF family protein  28.79 
 
 		 1031 aa  336  1e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1187  acriflavin resistance protein  29.17 
 
 		 1036 aa  336  1e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.359485  normal  0.0265423 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2409  acriflavin resistance protein  28.82 
 
 		 1031 aa  335  2e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.677885  normal  0.0307662 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2369  acriflavin resistance protein  26.07 
 
 		 1050 aa  335  3e-90  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000403174 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2337  acriflavin resistance protein  28.72 
 
 		 1031 aa  335  3e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120926  hitchhiker  0.000298899 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1659  acriflavin resistance protein  28.72 
 
 		 1031 aa  335  3e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.178159  normal  0.998047 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4520  acriflavin resistance protein  25.16 
 
 		 1043 aa  333  1e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0965  AcrB/AcrD/AcrF family protein  26.56 
 
 		 1024 aa  329  1.0000000000000001e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00708155  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0439  putative multidrug resistance protein  28.75 
 
 		 1036 aa  328  2.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00223634  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0540  AcrB/AcrD/AcrF family protein  25.95 
 
 		 1049 aa  328  3e-88  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2953  acriflavin resistance protein  27.57 
 
 		 1038 aa  328  4.0000000000000003e-88  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133437  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004021  RND multidrug efflux transporter  28.08 
 
 		 1037 aa  328  4.0000000000000003e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0276647  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0763  acriflavin resistance protein  28.1 
 
 		 1039 aa  328  5e-88  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2427  acriflavin resistance protein  28.12 
 
 		 1031 aa  326  2e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000387519 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1922  acriflavin resistance protein  27.39 
 
 		 1022 aa  325  3e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209297  normal  0.294162 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3314  acriflavin resistance protein  27.97 
 
 		 1047 aa  324  4e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.378933 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3171  acriflavin resistance protein  27.97 
 
 		 1047 aa  324  5e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0148776  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3170  acriflavin resistance protein  27.97 
 
 		 1047 aa  324  6e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130532  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2131  AcrB/AcrD/AcrF family protein  28.09 
 
 		 1024 aa  323  7e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1200  acriflavin resistance protein  27.97 
 
 		 1047 aa  323  7e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.994972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1705  acriflavin resistance protein  27.8 
 
 		 1031 aa  323  9.999999999999999e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0236776  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1983  acriflavin resistance protein  28.29 
 
 		 1034 aa  323  9.999999999999999e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000463224  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1579  acriflavin resistance protein  25.92 
 
 		 1046 aa  322  1.9999999999999998e-86  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1667  acriflavin resistance protein  26.85 
 
 		 1095 aa  322  1.9999999999999998e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2787  acriflavin resistance protein  27.87 
 
 		 1046 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000304862  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1852  acriflavin resistance protein  28.46 
 
 		 1042 aa  322  3e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0174296  hitchhiker  0.000605557 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2549  acriflavin resistance protein  27.91 
 
 		 1031 aa  321  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0932297  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6213  acriflavin resistance protein  27.19 
 
 		 1055 aa  321  5e-86  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1083  acriflavin resistance protein  28.28 
 
 		 1051 aa  321  5e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.126768  normal  0.966269 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1083  acriflavin resistance protein  28.28 
 
 		 1051 aa  321  5e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1797  acriflavin resistance protein  27.96 
 
 		 1031 aa  320  9e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0223723  hitchhiker  0.000000350495 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2587  acriflavin resistance protein  27.96 
 
 		 1031 aa  320  1e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000412735  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0211  acriflavin resistance protein  27.22 
 
 		 1026 aa  320  1e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.824478 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2664  acriflavin resistance protein  27.87 
 
 		 1031 aa  319  1e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2821  acriflavin resistance protein  26.08 
 
 		 1087 aa  319  1e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000195255  normal  0.2689 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1149  acriflavin resistance protein  27.98 
 
 		 1051 aa  318  4e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.460529  normal  0.362909 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2180  acriflavin resistance protein  28.45 
 
 		 1030 aa  318  5e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000146343  normal  0.137669 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1420  AcrB/AcrD/AcrF family protein  26.15 
 
 		 1081 aa  317  6e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1780  acriflavin resistance protein  26.47 
 
 		 1102 aa  316  9.999999999999999e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2635  acriflavin resistance protein  26.28 
 
 		 1085 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1829  acriflavin resistance protein  26.19 
 
 		 1085 aa  314  5.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00817457  normal  0.578454 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3484  AcrB/AcrD/AcrF family protein  28.05 
 
 		 1046 aa  313  6.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2522  acriflavin resistance protein  26.14 
 
 		 1085 aa  313  1e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0165  acriflavin resistance protein  26.22 
 
 		 1032 aa  313  1e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2515  acriflavin resistance protein  26.09 
 
 		 1085 aa  313  1e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0795793  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1939  acriflavin resistance protein  26.17 
 
 		 1044 aa  312  2e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2276  acriflavin resistance protein  26.23 
 
 		 1083 aa  312  2e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.440839  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1006  acriflavin resistance protein  26.41 
 
 		 1058 aa  312  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00411218  normal  0.136084 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1732  acriflavin resistance protein  28.3 
 
 		 1027 aa  311  4e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0902  acriflavin resistance protein  25.71 
 
 		 1029 aa  311  5e-83  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.621432  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1682  acriflavin resistance protein  26.44 
 
 		 1064 aa  310  9e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.377778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2950  acriflavin resistance protein  26.79 
 
 		 1044 aa  310  1.0000000000000001e-82  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1942  acriflavin resistance protein  26.05 
 
 		 1040 aa  309  2.0000000000000002e-82  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.211904  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4004  acriflavin resistance protein  25.93 
 
 		 1470 aa  308  3e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0267  acriflavin resistance protein  27.63 
 
 		 1040 aa  308  3e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.856769 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5161  acriflavin resistance protein  26.59 
 
 		 1050 aa  307  7e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.938326  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2664  outer membrane efflux protein  26.23 
 
 		 1496 aa  306  9.000000000000001e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1043  nodulation protein precursor  27.12 
 
 		 1069 aa  306  9.000000000000001e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0894  acriflavin resistance protein  26.18 
 
 		 1060 aa  306  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0752  acriflavin resistance protein  26.17 
 
 		 1071 aa  305  3.0000000000000004e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2349  acriflavin resistance protein  26.3 
 
 		 1070 aa  305  3.0000000000000004e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.253914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3179  acriflavin resistance protein  26.53 
 
 		 1023 aa  305  3.0000000000000004e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000434633  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2827  acriflavin resistance protein  24.77 
 
 		 1041 aa  304  7.000000000000001e-81  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1905  AcrB/AcrD/AcrF family protein  26.8 
 
 		 1034 aa  303  1e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.209576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2232  acriflavin resistance protein  27.79 
 
 		 1069 aa  302  2e-80  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.977365 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1350  acriflavin resistance protein  27.71 
 
 		 1024 aa  302  2e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0568344 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0559  acriflavin resistance protein  25.87 
 
 		 1062 aa  302  3e-80  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3031  acriflavin resistance protein  26.39 
 
 		 1042 aa  300  1e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.050113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2283  acriflavin resistance protein  26.07 
 
 		 1051 aa  300  1e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>