117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHAB381_0412 on replicon NC_009714
Organism: Campylobacter hominis ATCC BAA-381



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009714  CHAB381_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
219 aa  442  1e-123  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.502749  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  57.34 
 
 
217 aa  244  4.9999999999999997e-64  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1151  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.67 
 
 
218 aa  224  7e-58  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0827  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.62 
 
 
217 aa  213  1.9999999999999998e-54  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.027438  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.37 
 
 
218 aa  179  4e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.91 
 
 
218 aa  177  1e-43  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.234547  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0171  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.37 
 
 
218 aa  175  4e-43  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1421  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.15 
 
 
220 aa  167  1e-40  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0162  protein of unknown function DUF558  37.39 
 
 
222 aa  154  7e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0506655  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1911  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.48 
 
 
225 aa  129  2.0000000000000002e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  22.98 
 
 
248 aa  67.8  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.52 
 
 
243 aa  63.5  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.32 
 
 
249 aa  63.2  0.000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  29.6 
 
 
245 aa  61.2  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.17 
 
 
249 aa  59.3  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.37 
 
 
243 aa  58.5  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.37 
 
 
243 aa  58.5  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0216  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.58 
 
 
257 aa  58.5  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.32 
 
 
243 aa  58.5  0.00000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.37 
 
 
243 aa  58.5  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  23.21 
 
 
244 aa  58.2  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.51 
 
 
243 aa  58.2  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.51 
 
 
243 aa  58.2  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3079  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.69 
 
 
246 aa  57  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.816692 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.94 
 
 
243 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.88 
 
 
242 aa  57  0.0000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.94 
 
 
243 aa  56.2  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.13 
 
 
247 aa  56.2  0.0000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  24.09 
 
 
243 aa  55.8  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.58 
 
 
244 aa  55.8  0.0000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  26.54 
 
 
250 aa  55.8  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.44 
 
 
243 aa  55.8  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.89 
 
 
239 aa  55.5  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4716  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.43 
 
 
251 aa  55.1  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.440412  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25 
 
 
238 aa  55.1  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.07 
 
 
241 aa  54.3  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0372  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.45 
 
 
248 aa  54.7  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.431914  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.96 
 
 
246 aa  54.7  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  24.15 
 
 
248 aa  54.3  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.83 
 
 
243 aa  54.3  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  27.18 
 
 
250 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1332  protein of unknown function DUF558  27.65 
 
 
246 aa  54.7  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000369372  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  26.79 
 
 
250 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.09 
 
 
243 aa  53.1  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.85 
 
 
250 aa  52.8  0.000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0661  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.32 
 
 
244 aa  52.8  0.000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  21.43 
 
 
249 aa  52.8  0.000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.64 
 
 
220 aa  52.8  0.000004  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.312887  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.05 
 
 
250 aa  52.4  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1497  protein of unknown function DUF558  26.38 
 
 
236 aa  52.4  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  24.55 
 
 
245 aa  52.4  0.000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  23.79 
 
 
251 aa  52.4  0.000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.08 
 
 
244 aa  52  0.000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0388  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.02 
 
 
245 aa  51.6  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.522888 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1342  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.97 
 
 
251 aa  51.6  0.000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306242  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25 
 
 
247 aa  50.8  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.21 
 
 
244 aa  50.1  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.48 
 
 
226 aa  50.4  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3099  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.52 
 
 
249 aa  50.1  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377172  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.67 
 
 
247 aa  50.8  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1449  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.68 
 
 
222 aa  50.1  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.110046  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.83 
 
 
228 aa  50.1  0.00003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.08 
 
 
244 aa  49.7  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.27 
 
 
243 aa  50.1  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.13 
 
 
245 aa  49.7  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.71 
 
 
243 aa  49.3  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4116  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26 
 
 
251 aa  48.9  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5384  hypothetical protein  28.78 
 
 
250 aa  48.9  0.00006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.28797 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  24.78 
 
 
245 aa  48.5  0.00008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.52 
 
 
247 aa  48.5  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.39 
 
 
225 aa  48.5  0.00008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  20.81 
 
 
243 aa  48.5  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1292  protein of unknown function DUF558  25.14 
 
 
241 aa  47.8  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.137961  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  23.15 
 
 
244 aa  48.1  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1352  protein of unknown function DUF558  24.58 
 
 
239 aa  48.1  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.13252  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0540  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.99 
 
 
241 aa  47.8  0.0001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00650711  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.26 
 
 
250 aa  47.8  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1403  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.05 
 
 
222 aa  47.8  0.0001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.295774  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.12 
 
 
244 aa  48.1  0.0001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3186  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.18 
 
 
261 aa  47  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.261837  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2960  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.07 
 
 
248 aa  47.4  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000379617  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  25.51 
 
 
249 aa  47.4  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0656  hypothetical protein  21.1 
 
 
264 aa  47  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.605183 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  27.88 
 
 
267 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  26.47 
 
 
243 aa  46.6  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3912  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.74 
 
 
245 aa  46.6  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0215  hypothetical protein  26.42 
 
 
254 aa  46.6  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.79026  normal  0.274516 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.12 
 
 
245 aa  46.6  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.98 
 
 
243 aa  46.6  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.98 
 
 
243 aa  46.6  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.98 
 
 
243 aa  46.6  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.78 
 
 
251 aa  46.6  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.86 
 
 
257 aa  46.2  0.0004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.14 
 
 
263 aa  46.2  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  21.03 
 
 
242 aa  46.2  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.21 
 
 
245 aa  45.8  0.0005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  22.91 
 
 
247 aa  45.8  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.91 
 
 
251 aa  45.4  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.24 
 
 
244 aa  45.1  0.0009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.67 
 
 
251 aa  44.7  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>