224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_1152 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010622  Bphy_1152  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 335 aa  672    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  74.47 
 
 		 331 aa  483  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  75.41 
 
 		 326 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 296 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1033  RpiR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 305 aa  108  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  29.86 
 
 		 296 aa  100  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 285 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 286 aa  98.2  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  28.95 
 
 		 310 aa  94.7  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  24.11 
 
 		 287 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  27.93 
 
 		 285 aa  94  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  29.07 
 
 		 285 aa  93.6  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  23.76 
 
 		 302 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 301 aa  92.4  9e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 277 aa  92  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  28.11 
 
 		 285 aa  90.9  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  30.34 
 
 		 277 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 307 aa  90.1  5e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  25 
 
 		 309 aa  90.1  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  24.9 
 
 		 310 aa  89.7  7e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  29.77 
 
 		 256 aa  88.2  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 278 aa  87  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  23.93 
 
 		 280 aa  86.3  6e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 294 aa  86.7  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 288 aa  86.3  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 288 aa  86.3  7e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  27.95 
 
 		 291 aa  86.3  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  28.35 
 
 		 288 aa  85.9  8e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  28.52 
 
 		 282 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  27.59 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  28.35 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2326  RpiR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 292 aa  84.3  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  26.51 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  26.1 
 
 		 303 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  26.1 
 
 		 375 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 301 aa  82.4  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 293 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 293 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 293 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 293 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 293 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 315 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 284 aa  80.5  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 284 aa  80.1  0.00000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 311 aa  78.6  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 286 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 284 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 294 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 319 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 319 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 305 aa  79  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 284 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3563  RpiR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 284 aa  77.4  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123663 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0075  transcriptional regulator RpiR family  26.09 
 
 		 277 aa  77.8  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  28.73 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 286 aa  76.6  0.0000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  27.65 
 
 		 290 aa  76.3  0.0000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  20.77 
 
 		 287 aa  75.5  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 293 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 278 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 299 aa  73.6  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0175  RpiR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 286 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 314 aa  70.5  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 286 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 286 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 286 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 286 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  24.24 
 
 		 290 aa  69.7  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 314 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 286 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 314 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  27.67 
 
 		 285 aa  68.6  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  28.47 
 
 		 285 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 334 aa  68.9  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 292 aa  68.6  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 337 aa  68.6  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  23.29 
 
 		 302 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  29.46 
 
 		 285 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 279 aa  67.8  0.0000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  22.75 
 
 		 297 aa  67  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  22.13 
 
 		 287 aa  67  0.0000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 291 aa  67  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  22.83 
 
 		 288 aa  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 313 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 285 aa  64.7  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3590  RpiR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.67368  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  23.17 
 
 		 290 aa  64.3  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  26.67 
 
 		 286 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>